در این بخش به دیدگاه‌های سیاسی مصطفی خمینی و نقاط اشتراک و افتراق وی با آیت الله خمینی پرداخته می‌شود. در آثار به جای مانده از مصطفی خمینی، مطالب کمی در خصوص مواضع سیاسی وی وجود دارد. این مساله شناخت نظرات سیاسی او و سیر تحولات آن‌ها را دشوار می‌سازد. بررسی اندک منابع موجود گویای تغییر مواضع سیاسی وی است و بین دیدگاه‌های متقدم و متاخر او تفاوت‌های قابل ملاحظه‌ای وجود دارد.
مصطفی خمینی در تمامی عمرش کنار پدرش بوده و به نوعی در سایه او حرکت کرده است. در عین حال شخصیت متمایز خودش را نیز داشته است. اما او به رسم سنت حوزه علمیه جای‌گاه آقازادگی را برای خود برگزیده بود که به عنوان ارشد فرزندان پدرش در بیت او فعالیت کرده و امور را در چارچوب اهداف و خواست وی جلو ببرد.
مصطفی خمینی خیلی زود شروع به فراگیری دروس علوم دینی نمود و از اساتید برجسته حوزه علمیه قم بهره جست. در هفده سالگی لباس روحانیت به تن کرد. اساتید وی عبارت بودند از پدرش، سید رضا بهاء الدینی، مرتضی حائری یزدیی ( بعد‌ها پدر زن وی شد)، محمد جواد اصفهانی، محمد صدوقی و سید محمدباقر سلطانی، ابوالحسن رفیعی قزوینی، علامه طباطبایی، سید محمد داماد، بروجردی، سید رضا صدر، حجت کوه کمره‌ای. در نجف نیز در محضر آیت‌الله خوئی، سید محسن حکیم، سید محمود شاهرودی، سید حسن بجنوردی.
به موازات درس خواندن، درس دادن را شروع کرد. از این رو زود به جرگه مدرسین و مجتهدین حوزه علمیه قم پیوست. او علاوه بر فقه در زمینه فلسفه، کلام، نجوم، حکمت و عرفان نیز درس آموخت و سعی کرد مجتهدی چند بعدی باشد. مشرب فقهی او متاثر از پدرش و به خصوص نوآوری‌های اصولی او بود. اما در عین حال شباهت بیشتری به دیدگاه سنتی حاکم در حوزه‌ها داشت. اگر در دیدگاه فقهی آیت‌الله خمینی بعد سیاسی پر رنگ‌تر است و خصلت ایدئولوژیک نیز پیدا می‌کند، سید مصطفی چنین نبود.
او نزدیک به بیست جلد کتاب در حوزه فقه شیعه نوشت و منتشر کرد. در هیچ‌یک از آثار قلمی و مباحثی که در کلاس‌هایش مطرح نموده است، ذکری از ولایت فقیه به میان نیامده است. دیدگاه وی در خصوص حکومت مشخص نیست اما شباهت آن با دیدگاه سنتی که حکومت را شان امام زمان می‌داند و معتقد به تقسیم حکومت به ولایت دینی و سیاسی در عصر غیبت است، به مشرب فقهی او نزدیک‌تر است.
مصطفی خمینی فعالیت سیاسی پر رنگی انجام نداده است. در اصل ورود او به میدان سیاست محصول نزدیکی و تبعیت از پدر است. تا پیش از طرح لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی فعالیت سیاسی نداشت.
آن‌گونه که صادق خلخالی روایت می‌کند او شیفته و علاقمند به نواب صفوی بوده است. همچنین با عبدالحسین واحدی از اعضای فداییان اسلام دوست بوده است. مصطفی خمینی در باب فداییان اسلام گفته بود: «جمعیتی در ایران معروف بودند به فداییان اسلام، رییس آن‌ها مردی بود به نام نواب صفوی (مجتبی) که واقعا دلیر و توانا و از روی احساس، سنگ اسلام را به سینه می‌زد و نمی‌توان او را دور از حقیقت دانست؛ و مرد شماره دو آن‌ها، دوست عزیز خودم، شهید عبدالحسین واحدی بود. این طایفه، دیر زمانی در قم زیست می‌کردند و آن وقت ما قم بودیم و از دور آن‌ها را می‌پاییدیم. تا آن که شبانه، عده‌ای با چوب و چماق، در پیش چشم چند صد نفر طلبه، بر آنان هجوم بردند و آنان را زدند که دیگر کار به آخر رسیده، دیگر نتوانستند در قم بمانند و در نتیجه رحل اقامت را به تهران بردند…. سرانجام به دست پسر رضاخان جلب شدند و با سکوت مرگ‌بار علما، آن‌ها را تیرباران کردند، گرچه دوست من عبدالحسین را در جای دیگر از بین بردند و داغش را به دل ما گذاردند».
بعد از طرح لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، آیت الله خمینی فعالیت سیاسی اعتراضی خود شروع کرد و سخنانی در نقد شاه در محافل خصوصی و سخنرانیها به زبان آورد. مصطفی خمینی در این دوره تا قبل از ۱۵ خرداد، بیانیه‌ها و سخنرانیهای پدرش را به کربلا و نجف می‌برد و در زمینه چاپ و توزیع متن سخنرانی وی فعال بود. محمد تقی درچه‌ای می‌گوید تحت نظارت و مدیریت مصطفی خمینی به طور خصوصی و مخفیانه به تنظیم و انتشار متن سخنرانیهای آیت الله خمینی در قم می‌پرداختند.
با سخنرانی آیت الله خمینی در ۱۵ خرداد و هجوم مامورین انتظامی، فعالیت‌های مصطفی خمینی وارد فصل جدیدی شد. وی بعد از دستگیری پدرش، به حرم حضرت معصومه رفت و مردم را جمع کرد و طی سخنرانی کوتاهی تداوم حضور آن‌ها را باعث آزادی پدرش بشمار آورد. بعد با توجه به تهدید مامورین امنیتی از مردم خواست متفرق شوند. اما وی تا زمان آزادی پدرش، دفتر وی را فعال نگه داشت. بخشی از فعالیت‌هایش جلب حمایت از روحانیون و بخش‌های مختلف جامعه برای آزادی پدرش بود و در عین حال برای پدرش از طریق توزیع بیانیه‌ها، سخنرانیها و رساله‌ها نیز تبلیغ نیز می‌کرد. او توانست شبکه‌ای از نیرو‌های حامی پدرش سامان دهد.ساواک نسبت به فعالیت‌های وی حساس می‌شود و وی را مورد تعقیب و مراقبت قرار می‌دهد اما مانع کارهایش نمی شود. بعد از انتقال آیت الله خمینی به حبس خانگی، او تنها کسی بود که می‌توانست با پدرش ارتباط داشته باشد.
در این دوره بر اساس مشاهدات افراد مطلع، مصطفی خمینی، فعالیت‌هایی بر علیه آیت الله شریعتمداری و تخطئه وی در حوزه علمیه قم نیز انجام داد.
نصیری فرمانده وقت شهربانی کل کشور، او را احضار کرده و وی را تهدید می‌کند در صورتی که در کارهایش تجدید نظر نکند با او برخورد می‌شود.
احمد خمینی مدعی است مصطفی خمینی در این دوره خیلی فعال بوده و در تلاش برای گسترش نهضت اعتراضی بوده است. وقتی وی همراه با مصطفی خمینی برای اولین بار پدرشان را بعد از دستگیری در تهران در حبس خانگی ملاقات می‌کنند، مصطفی می‌گوید: «حالا تکلیف چیست؟ به اعتقاد من، ما باید از همین امروز شروع کنیم تا مردم دل‌سرد نشوند و فکر نکنند قضیه تمام شده است»
با آزادی آیت الله خمینی، فعالیت‌های سیاسی مصطفی خمینی فروکش می‌کند. اما بعد از دستگیری و تبعید وی در آبان ۱۳۴۲ مجددا وی فعال می‌شود. به فاصله کوتاهی از دستگیری پدرش، در منزل آیت الله مرعشی نجفی بازداشت می‌شود و به مدت تقریبا دو ماه را در حبس می‌گذراند. در زندان قزل قلعه مدتی با زندانیان سیاسی بوده و دوستی بین وی و داریوش فروهر برقرار می‌گردد.
در حین تشریفات آزادی، سرهنگ مولوی با وی قرار گذاشت که به مدت کوتاهی به قم رفته و بعدا به تهران برگشته و به بورسای ترکیه پیش پدرش برود. ساواک بلیط هواپیما را برای وی فراهم کرده بود. او به قم می‌رود و بعد از مشورت با برخی از روحانیون تصمیم می‌گیرد به بهانه این‌که مادرش موافق نیست، از رفتن به ترکیه امتناع بورزد. اما با فشار و تهدید ساواک مجبور به رفتن به ترکیه می‌شود.
مطابق روایت محتشمی‌پور، آیت الله خمینی وقتی وی را می‌بیند می‌گوید به پای خودت آمدی یا مجبورت کرده‌اند؟ و وقتی می‌فهمد مجبورش کرده‌اند، می‌گوید اگر به پای خودت آمده بودی، تو را بر می‌گرداندم.
اما مدت زمان زیادی از اقامت وی نمی‌گذرد که آهنگ بازگشت سر می‌دهد. البته خانواده‌اش در ایران نیز چنین درخواستی از وی داشته بودند. او در آخرین روز اسفند ماه ۱۳۴۳ از طریق مامورین امنیتی بورسا با مقامات ساواک تماس گرفته و تقاضای زیر را مطرح می‌کند:
«جناب سرهنگ چنتر: متمنی است لطفا اقدام فرمایید که بنده بتوانم به ایران مراجعت کنم چه آن که از اوضاع خانوادگی هیچ اطلاعی در دست نیست و بدین جهت هم آقای والد ناراحت هستند البته از بذل لطف دریغ نخواهید فرمود و ناراحتی من هم برای بچه‌هایم موجب ناراحتی ایشان می‌باشد البته هر چه زودتر اقدام خواهید فرمود.»
اما ساواک در نهایت با خواست وی موافقت نمی‌کند. طرف‌داران آیت الله خمینی این اقدام را ناشی از یک برنامه سیاسی هوش‌مندانه با موافقت آیت الله خمینی توصیف می‌کنند که هدف از آن فعال کردن نهضت اسلامی، توسعه شبکه ارتباطی و پر کردن خلاء ارتباطی پدرش بوده است. در این دوره طبق گزارش ساواک ارسال وجود شرعی به حساب آیت الله خمینی راکد شده بود.
اما دلیل بازگشت همان‌طور که پیشتر گفته شد، بیشتر ناشی از تقاضای خانواده وی و همچنین شرایط نامساعد زندگی در ترکیه بود. روابط پدر و پسر نیز خالی از تنش نبود. آیت الله خمینی نیز نظر مساعد نسبت به حضور وی در ترکیه نداشت. محمد رضا ناصری به نقل از مصطفی خمینی خاطره زیر را نقل می‌نماید:
«حاج آقا مصطفی (ره) در ترکیه یار و همراه امام (ره) بود. وقتی امام (ره) کتاب تحریرالوسیله را می‌نوشتند، مسایل آن را با ایشان بحث می‌کردند. حاج آقا مصطفی (ره) می‌گفت: در آن موقع، گاهی سر بحث، قیل و قال ما به حدی بالا می‌گرفت که ساواکی‌ها می‌آمدند و می‌گفتند: آقا دعوا نکنید، پدر و پسر که با هم دعوا نمی‌کنند. بعد از آن که بحث ما تمام می‌شد و با هم می‌نشستیم و چای می‌خوردیم، می‌گفتند: این چه دعوایی است که بعد آن با هم می‌نشینند و چای می‌خورند؟»
آیت الله مرعشی نجفی نیز با دولت مکاتبه می‌کند تا خمینی‌ها آزاد شده و به کشور بازگردند و یا حداقل مصطفی مشمول امتیاز فوق شود. مسوولین ساواک ابتدا می‌پذیرند اما در ادامه پشیمان شده و با تقاضای یاد شده مخالفت می‌گردد.
