خامنه‌ای در دیدار با محسن رضایی به بحث پیرامون تبعات صلح می‌پردازند. از گفتگوها معلوم می‌شود که خامنه‌ای به رضایی اطلاع می دهد که صلح قطعی است و جنگ پایان می‌پذیرد و او و دیگر فرماندهان سپاه باید این واقعیت را بپذیرند. البته نگرانی‌های مشترکی چون امکان بمباران مراکز صنعتی مهم ایران توسط عراق قبل از امضای معاهده صلح وجود داشته است.
نظر مخالف آمریکا به صدام در پایان جنگ
خامنه‌ای در پاسخ محسن رضایی که می‌گوید معلوم است آمریکا صدام را نمی‌خواهد، گفته است: «آمریکایی‌ها نمی‌خواهند به صدام کمک کنند. درحال حاضر صدام را روس‌ها دارند تقویت می‌کنند.» همچنین رضایی و خامنه‌ای هر دو در آن مقطع فکر می‌کردند عملیات فروغ جاویدان با حمایت شوروی صورت گرفته است.
خامنه‌ای همچنین می‌گوید برای شوروی لزوما قدرت گرفتن حزب کمونیست در کشورها مهم نیست بلکه اگر دولتی سیاست‌هایش با آن‌ها هماهنگ باشد چشم‌شان را بر روی سرکوب حزب کمونیست و کشتار کمونیست‌ها می‌بندند. او به مصر در دوران ناصر و عراق در زمان قاسم و صدام اشاره می‌کند. متن صحبت خامنه‌ای در این خصوص چنین است:
«کمونیست‌ها را که می‌کشد، دلیلش این نیست که با روس‌ها بد است، مثل عبدالناصر، عبدالناصر حزب کمونیست را غیرقانونی کرد و شدیدترین فشارها را به کمونیست‌ها وارد کرد. حزب کمونیست در هر کشوری عبارت است از جزئی از پیکر شوروی، اما وقتی حکومتی کمونیستی شد، می‌گوید خب، من که با شما هستم، این حزب کمونیست را برای چه می‌خواهید؟ لذا آن را حذف می‌کند. حزب کمونیست را که از بین برد، ارتش از بین می‌رود. این زمان حسن البکر بود، هنوز صدام مسلط نشده بود، حسن البکر یک سال قبل از انقلاب، کمونیست‌های داخل ارتش را اعدام کرد، ۴۰ یا ۵۰ نفر بودند. این از باب این است که می‌داند اگر حزب کمونیست پا گرفت، روس‌ها به آن حکومت قانع نیستند و حزب کمونیست را جایگزین حکومت می‌کنند.»
خامنه‌ای در عین حال توضیح نمی‌دهد که اقدام مشابه و در مقیاس وسیع‌تر توسط خود جمهوری اسلامی انجام شد. شاید سخنان خامنه‌ای اعتراف تلویحی به اطمینان حکومت از عدم واکنش شوروی و چه بسا بده بستان‌هایی باشد. ادعا‌های خامنه‌ای در خصوص حمایت روس‌ها از ابقای صدام با مواضع رسمی جمهوری اسلامی و به‌خصوص نظرات علنی خامنه‌ای در دوران رهبری و سیاست نگاه به شرق او تعارض دارد و نوعی دوگانگی را به نمایش می‌گذارد.
مخالفت آیت‌الله خمینی با عملیات بر علیه عراق بعد از آتش‌بس
خامنه‌ای در گفتگو با محسن رضایی توضیح می‌دهد که آیت الله خمینی پیشنهاد وی مبنی بر انجام علمیات بر علیه عراق بعد از پذیرش قطع‌نامه ۵۹۸ را رد کرده است. وی ماجرا را این‌گونه روایت می‌کند: «ما دیشــب که از شما جدا شــدیم، نامه استاندار را آوردند پیش من، (عصری حاج احمد آقا می‌خواست با من تماس بگیرد، موفق نشده بود)، یعنی من برنامه داشــتم و آمده بودم در مسجد پادگان گلف و با رؤسای ادارات استان ملاقات داشتم. هنگامی که برگشتم، گفتند حاج احمدآقا تماس گرفته بود. خلاصه پس از دو، سه بار تماس، ایشان پیام امام را به استاندار داده‌اند و آقای میردامادی نیز پیام را برای من فرستادند. ایشان نوشته است که متن پیوست را جناب حاج احمدآقا قصد داشتند به جنابعالی منعکس کنند، ولی موفق به پیدا کردن شما نشدند، با توجه به فوریت مسأله، تقدیم می‌گردد. مطلب را تلفنی برای بنده قرائت کردند که عینا تقدیم می‌گردد البتــه من نگفتم که به امام بگویند، ما بــا خود احمدآقا در میان گذاشتیم که یک فشــاری… ایجاد کند، اما احمدآقا گفت که من بروم به امام بگویم و ببینم نظر ایشان چیست. متن پیام این است:
«حضرت حجت الاسلام خامنه‌ای، دامت افاضاته
پس از ســلام ، پیغام شــما را به حضرت امام رســاندم که رزمندگان آماده هستند عملیات کنند. حضرت امام فرمودند که بــه هیچ وجه به خاک عراق حمله نکنید، حتی گلوله‌ای به طرف آن‌ها شلیک نکنید. در صورتی که بمباران کردند، شما هم اگر صالح دانستید، دستور بمباران را بدهید. شما نیروی مهیا داشته باشید، در صورتی که آن‌ها حمله کردند و زمینی را تصرف کردند، شما هم به آن‌ها حمله کنید. من اعلام کرده‌ام که قبول قطع‌نامه تاکتیکی نیست، حمله نقض آن است، قبل و بعد آتش بس ندارد.»
این روایت با سخنان رفسنجانی در جمع فرماندهان سپاه تطبیق می‌کند. این گفتار نشان می‌دهد خامنه‌ای با نظر فرماندهی وقت سپاه در به هم زدن آتش بس و ادامه دادن به جنگ موافق بوده است. در عین حال معلوم می‌شود نه او و نه فرماندهان وقت سپاه ارزشی برای قول و تعهدات بین المللی قائل نبودند.
حفظ نیروهای رزمنده و سازماندهی آن‌ها در قالبی نظامی و سیاسی
خامنه از رضایی می‌پرسد که برنامه وی برای نیروهای رزمنده داوطلب بعد از پایان جنگ چیست؟ رضایی می‌گوید: «باید برگردند به خانه‌های‌شان.» اما خامنه‌ای این چنین مخالفت می‌کند:
«به اعتقاد بنده اگر این‌ها برگردند، دو ضرر دارد؛ یکی این که این‌ها خودشــان احساس بدی پیدا می‌کنند، دوم این که یک نیروی حاضر و آماده‌ای از دست خواهد رفت، در حالی که می‌شود کاری کرد که این‌ها از دست نروند، نه این که این‌جا بمانند بلکه از آن‌ها طبق یک برنامه مشخصی استفاده شود. طرح کدبندی نیروهای شــهری برنامه خوبی است. کدگذاری گردانــی را روی این‌ها انجام بدهیم. مثل تیپ الغدیر، یعنی ۱۵ گردان از آن‌ها را جدا کنیم و در یک مکان معین چند روز با هم زندگی کنند و همدیگر را خوب بشناســند. شغل، اسم گردان و فرمانده گردان را خوب آشــنایی پیدا کنند، مأموریت‌شــان مشخص شود و سپس به شهرشان برگردند. سپاه می‌تواند مانند رابطون برای نگهداری خطوط هر سال یک گردان را به منطقه بیاورد. اصلا در اسلام هم رابطون یعنی مرزداران، فقط مرزداری می‌کنند، چه امر جالبی اســت. چون این نیروها تا جنگ است در منطقه حضور دارند اما جنگ که تمام شد، طبیعی است که بروند دنبال کارشــان، در حالی که می‌شود به آن‌ها گفت ما در طول سال به نیرو نیاز داریم. سپاه از قبل بگوید برای نگهداری از مرز به این تعداد نیرو نیاز اســت و این گردان‌ها با مأموریت سرزمینی برگردند. در این حالت دو کار انجام گرفته است؛ هم ارتباط آن‌ها با سپاه نزدیک‌تر شده است و هم شما برای مرزداری واحدهای منظمی درســت کرده‌اید. ایــن کار در حال حاضر آسان‌تر و سهل‌تر انجام می گیرد.»
بدین ترتیب خامنه‌ای نشان می‌دهد که سازماندهی و نگاه تشکیلات از ابتدا برای وی مهم بوده است و از همین رو بعد از رهبر شدن تلاش‌های زیادی را برای سازمان دادن به نیروهای هوادارش در قالب بسیج انجام داد. البته منفعتش را هم برد. نیروهایی که در دهه‌های هشتاد و نود استخوان بندی حامیان وی کارگزاران جدید دولتی را تشکلیل می‌دهند و تضمین کننده ولایت مطلقه وی هستند در دورن هسته‌ها و محافل تشکیلاتی متصل به رهبری پرورش یافته و رشد کرده اند. دستیابی به اطلاعات منتشر نشده و به‌خصوص سخنرانی‌های غیر علنی خامنه‌ای در دهه شصت منابع ارزشمندی در شناخت شخصیت وی و چگونگی تحولات در نظام سیاسی در دوران رهبری وی است.
