بررسی‌ها نشان می‌دهد حوزه‌های علمیه در زمینه تامین مالی بیش از پیش به دولت و اموال عمومی وابسته شده‌اند. چنین اتفاقی معلول چند عامل است. نخست، تمایل به پرداخت وجوهات شرعی در جامعه کاهش ملموسی داشته است. این روند که با گسترش مدرنیته، رشد طبقه متوسط و ریزش پایگاه اجتماعی سنت همراه بوده باعث شده است تا از شمار افرادی که مبالغی را در اختیار مراجع مذهبی و روحانیت می‌گذاشتند کاسته شود. البته در جامعه مذهبی نیز رواج دیدگاه‌های نوگرایانه و افول رویکرد روحانی محور نیز باعث قوت گرفتن دیدگاه‌هایی شده است که از منظر درون دینی پرداخت وجوه شرعی به روحانیت مانند خمس و سهم سادات را رد می‌نمایند.
عامل دیگر، سیاست حکومت برای وابسته سازی حوزه‌های علمیه است. نیاز به تامین مالی از سوی حکومت، اهرم و ابزار مناسبی برای تحقق و حفظ سیاست فوق بشمار می‌آید. استقلال مالی حوزه باعث می‌شود مقاوت در برابر دست اندازی حکومت افزایش یافته و تمایل به مخالفت با سیاست‌های حکومت نیز بی‌پروا‌تر ابراز گردد. اما عامل سوم، سیاست کنترل حوزه‌های علمیه از سوی دولت است که فعالیت نهادهای کنترل کننده چون شورای اداره حوزه‌های علمیه نیازمند تامین بودجه مالی از سوی حکومت است.
اما افزایش ریسک پرداخت وجوهات به مراجع مستقل و غیرحکومتی نیز باعث شده است تا تجار و ثروتمندان مذهبی یا از خیر وجاهت گذشته و یا مبالغ مورد نظر را در اختیار مراجع حکومتی و یا علی خامنه‌ای پرداخت قرار دهند. بر مبنای برخی از اخبار غیررسمی و تایید نشده، خامنه‌ای جلسات منظمی با تجار و بازاری‌های بزرگ مذهبی دارد.
بودجه سال ۹۴ و تخصیص منابع مالی از اموال عمومی به نهادهای مربوط به حوزه‌های علمیه بستر مناسبی برای درک وابستگی مالی فزاینده به بودجه عمومی دولت است.
ارقام بودجه‌های تخصیصی بشرح زیر هستند:
دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم: ۵. ۹۰ میلیارد تومان
شورای عالی حوزه‌های علمیه قم: ۸ . ۲۸۳میلیارد تومان
مدیریت حوزه‌های علمیه خراسان: ۳. ۴۲میلیارد تومان
مرکز خدمات حوزه‌های علمیه قم: ۵۰۷ میلیارد تومان
کتابخانه مرعشی نجفی: ۶. ۱ میلیارد تومان
موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (وابسته به مصباح): ۳. ۱۴میلیارد تومان
دائره المعارف فقه اسلامی: ۶ . ۴میلیارد تومان
شورای سیاستگذاری حوزه‌های علمیه خواهران: ۷ . ۱۵۲ میلیارد تومان
جامعه المصطفی العالمیه: ۵ . ۲۰۳میلیارد تومان
شورای هماهنگی تبلیغات اسلامی: ۱. ۲۸میلیارد تومان
مرکز تحقیقات علوم کامپیوتری اسلامی: ۱۲ میلیارد تومان
دانشگاه مذاهب اسلامی: ۶ . ۸ میلیارد تومان
دانشگاه اهل بیت: ۱ . ۲ میلیارد تومان
سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی: ۵. ۲۱۵ میلیارد تومان
رقم کلی بودجه‌ای که مستقیماً از سوی دولت در سال ۱۳۹۴ به حوزه‌های علمیه پرداخت می‌شود در حدود ۱۵۷۰ میلیارد تومان است. البته موسسات حوزوی، مراجع و روحانیون، دریافتی‌های دیگری نیز از مراجع حاکمیتی دارند. بخشی از آن‌ها از ردیف‌های دیگر فرهنگی و آموزشی بودجه به صورت غیر مستقیم تامین می‌شود. بخش دیگر از بیت رهبری و بودجه‌های نهادهای انتصابی مانند سپاه پاسداران بدست می‌آید. سهم این رقم در بودجه کلی دولت، ناچیز و در حد ۰. ۲ درصد است. اما در مجموع، نسبت به سال‌های گذشته رشد داشته و درصد پیشرفت آن از نرخ افزایش کل بودجه بیشتر است.
نهاد‌هایی همچون سازمان فرهنگ و ارتباطات اسلامی، مرکز خدمات حوزه علمیه قم، موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (وابسته به مصباح یزدی) و جامعه المصطفی هر کدام به ترتیب با ٩٠، ٢١، ٢٧ و ١۶ درصد بیشترین سهم از درصد رشد بودجه در سال١٣٩۴ را تجربه می‌کنند.
کافی است توجه شود بودجه ستاد وزارت علوم در حدود یک‌هزارو٢٠٠میلیاردتومان است. نکته مهم دیگر دیگر، برابری بودجه نهاد‌هایی همچون جامعه‌المصطفی با بودجه دانشگاه‌های شهیدبهشتی و صنعتی شریف و رقمی بالا‌تر از دانشگاه‌هایی همچون تربیت مدرس، دانشگاه صنعتی امیرکبیر، دانشگاه علم و صنعت و دانشگاه علامه طباطبایی است. همچنین بودجه ۵٠٠میلیاردتومانی مرکز خدمات حوزه علمیه قم از بودجه ۴٠٠میلیاردتومانی دانشگاه تهران بیشتر است.
دریافت مستقیم منابع مالی حوزه‌های علمیه از بودجه دولتی مختص بعد از انقلاب است. در پیش از انقلاب، روال حاکم بر سنت حوزه‌های علمیه این چنین بود که منابع مالی مستقل از دولت تهیه می‌شد. منابع اصلی مالی روحانیان، اوقاف، وجوه شرعی از جمله خمس و زکات و نیز درآمدهای حاصل از فعالیت‌های تبلیغی، کمک‌های بازرگانان، بازاری‌ها و ثروتمندان معتقد به مراجع تقلید و علمای سر‌شناس بود. از این رو مراجع و فقهای شیعه مزیت شیعه بر اهل سنت را در استقلال مالی فق‌ها و حوزه‌های علمیه از حکومت می‌دانستند.
اما اینک به نظر می‌رسد هزینه‌های حوزه‌ها در حدی است که دریافت منابع غیر دولتی پاسخگوی آن نیست. افزایش جمعیت طلاب، بموازات کاهش تمایل به پرداخت وجوه شرعی در جامعه، مدیریت حوزه‌ها را ناگزیر می‌سازد برای حمایت مالی به دولت روی آورد.
در حال حاضر اطلاعات دقیقی در خصوص میزان وجوهات دریافتی از سوی مراجع تقلید ایرانی وجود ندارد. اما بر اساس برخی تخمین‌های کلی می‌توان حدس زد کل وجوهات دریافتی مراجع و روحانیون برجسته غیرحکومتی در قم سالانه از ۱۰۰میلیارد تومان تجاوز نمی‌کند. بخشی از این وجوهات نیز از خارج از ایران تامین می‌گردد.
در حال حاضر آیت الله‌ها، وحید خراسانی، علی خامنه‌ای، سیستانی، صافی گلپایگانی، مکارم شیرازی، مظاهری، نوری همدانی، موسوی اردبیلی، سید صادق روحانی، سید صادق شیرازی، علوی گرگانی عهده‌دار پرداخت شهریه طلاب هستند. آیت الله محفوظی پس از فوت آیت الله بهجت پرداخت شهریه ایشان به طلاب را ادامه می‌دهد. همچنین شهریه مرحوم آیت الله فاضل لنکرانی زیر نظر فرزندش پرداخت می‌شود. برخی از مراجع وروحانیت در شهرستان‌ها نیز به صورت پراکنده شهریه می‌دهند. میزان رقم شهریه‌ای که از سوی خامنه‌ای کلاً به صورت سالانه به طلاب در کل کشور پرداخت می‌گردد بین ۲۰۰ تا ۳۵۰ میلیارد تومان تخمین زده می‌شود.
مقایسه ارقام فوق نشان می‌دهد قدرت مالی مراجع مستقل در برابر ولی فقیه ناچیز است. این وضعیت تا زمانی که حیات جمهوری اسلامی ادامه دارد منجر به وابستگی مالی بیشتر حوزه خواهد شد و نهادهای حوزوی نیز منابع مالی مورد نیازشان را تامین می‌کنند. اما در صورتی که حکومتی سکولار در افق سیاسی آینده ایران شکل بگیرد آنگاه پرداخت منابع مالی به حوزه‌های علمیه وروحانیون از اموال عمومی به مانع برخواهد خورد. در نتیجه حوزه‌ها و نهادهای وابسته به روحانیت باید به سمت کاهش فعالیت و خودگردانی پیش بروند.
دشواری‌های این رویکرد باعث می‌شود که نوعی اشتراک منافع بین حوزه‌های علمیه و جمهوری اسلامی و به طور کلی حکومت دینی در ایران بوجود آید. همچنین انگاره معدل قرار دادن فروپاشی نظام ولایت فقیه با تعطیلی حوزه‌های علمیه حامیان بیشتری پیدا کند. از این رو توجه به این مساله و یافتن راه حلی برای رفع نگرانی‌های مالی روحانیت در عصر پساجمهوری اسلامی یکی از موضوعات مهم گذار به سکولاریسم در ایران است.
