شیخ محمد یزدی در روزهای گذشته نسبت به گسترش دیدگاه جدایی دین از سیاست در حوزه علمیه قم ابراز نگرانی کرده است. این اظهارات در نوع خود کم سابقه است که یک مقام بلند پایه حکومت علنا وجود دیدگاه‌های مخالف با فعالیت سیاسی و در هم آمیختگی دین و دولت را می‌پذیرد و حتی نسبت به رشد آنها هشدار می‌دهد. سخنان شیخ محمد یزدی در جمع هیات رئیسه مجمع نمایندگان طلاب بشرح زیر است:
«نگرانی اول من این است که در حوزه متاسفانه درس و بحث‌ها به سمت جدایی دین از سیاست حرکت می‌‌کند لذا نمایندگان طلاب باید آنان را تحت نظر و کنترل داشته باشند؛ چرا که یک طلبه باید هم خوب درس بخواند و هم از مسائل فرهنگی و سیاسی کشور مطلع باشد.»
او عدم توجه کافی به مسائل اخلاقی طلاب را دومین نگرانی خود عنوان و تاکید کرد: «آموزش‌های غیرمستقیم از طریق اساتید به طلاب باید صورت پذیرد و حتی مسائل خانوادگی هم باید در قالب مسائل اخلاقی گنجانده شود و یا جلساتی برای خانواده‌‌های طلاب برگزار شود و از اساتید فن استفاده شود.»
خامنه‌ای نیز سال ۱۳۹۱ در طی سفر به خراسان شمالی درباره رشد سکولاریسم در حوزههای علمیه هشدار داده و از حامیان خود خود خواست تا در برابر این جریان بایستند. او گفت:
«هیچ کس در عالم روحانیت، اگر انصاف و خرد را میزان قرار بدهد، نمی‌تواند خودش را از نظام اسلامی جدا بگیرد … این که یک آقائی در یک گوشه‌ای عبایش را بکشد به کول خودش، بگوید من به کارهای کشور کار ندارم، من به نظام کار ندارم، افتخار نیست؛ این ننگ است. روحانی باید از وجود یک چنین نظامی که پرچمش اسلام است، قانونش فقه اسلامی است، با همه‌ی وجود استقبال کند. مراجع تقلید کنونی، مکرر متعددی‌شان به بنده گفتند که ما تضعیف این نظام را به هر کیفیتی حرام قطعی می‌دانیم. خیلی‌شان از روی لطف به من پیغام می‌دهند یا می‌گویند که ما تو را مرتبا دعا می‌کنیم. این نشان دهنده‌ی قدرشناسی از نظام اسلامی است. حالا یک معممی یک گوشه‌ای بیاید خودش را از نظام کنار بگیرد؛ بهانه هم این است که ما فلان انتقاد را داریم. خیلی خوب، صد تا انتقاد داشته باش؛ دویست تایش به خود ما عمامه‌ای‌ها وارد است. مگر به ما انتقاد وارد نیست؟ وجود انتقاد و عیب در یک مجموعه مگر موجب می‌شود که انسان این همه محسنات و نقاط قوت را در آن مجموعه نبیند و ملاحظه نکند؟ در روحانیت هم همین جور است؛ عیوب الی ماشاءاللّه. بنده آخوندم، طلبه هستم، از قبل از بلوغ طلبه بودم تا الان؛ بیائید برای شما همین جا یک فهرست از بر بنویسم. صد تا اشکال در ما هست؛ اما این صد تا اشکال موجب می‌شود ما از روحانیت اعراض کنیم؟ ابدا. در مقابل این صد تا اشکال، هزار تا حسن وجود دارد. در کسر و انکسار مصالح و مفاسد است که انسان می‌تواند خط مستقیم را پیدا کند … بنابراین حوزههای علمیه نمی‌توانند سکولار باشند. اینکه ما به مسائل نظام کار نداریم، به مسائل حکومت کار نداریم، این سکولاریسم است. …
حوزههای علمیه نمی‌توانند سکولار و نسبت به نظام اسلامی بی‌تفاوت باشند و هیچ روحانی نمی‌تواند خود را جدای از نظام اسلامی بداند.»
این سخنان برگ تاییدی است که گرایش به سمت تفکیک دین و دولت در حوزههای علمیه در حدی رو به گسترش است که اسباب نگرانی جدی حکومت شده است.
البته بر خلاف ادعای خامنه‌ای گرایش فوق و نوع نگاه طلبه‌ها و روحانیت هوادار جدایی دین از سیاست منطبق بر بنیان‌های سکولاریسم نیست. آنها با تصدی مناصب حکومتی مخالف هستند و شان روحانیت را حضور در حکومت و دولت و ایفای نقش حکمرانی نمی‌دانند. این موضع آنها ریشه در جان مایه مدرن سکولاریسم ندارد بلکه منطبق با دیدگاه سنتی حاکم بر حوزههای علمیه است که پیش از جمهوری اسلامی است. در این سنت با تفکیک ولایت سیاسی و ولایت دینی، روحانیت حکمرانی و تصدی خدمات عمومی را به نیروهای عرفی می‌سپارد و از دخالت مستقیم در مملکت داری پرهیز می‌نماید. اما از ضرورت رعایت احکام شرع توسط دولت حمایت می‌کنند. در گذشته این نیرو بر تصدی اداره حوزههای آموزشی، قضائی، ثبت اسناد، ازدواج و … تاکید داشت. اما بعد از نوسازی دوران رضا شاه آنها به ناگزیر از این ادعا ها دست کشیدند. در جمهوری اسلامی فقط قوه قضائیه به روحانیت بازگشت اما دیگر حوزه‌ها در انحصار روحانیت نیست.
بنابراین نیروهای مخالف تلفیق دین از دولت در حوزه های علمیه و بین روحانیت سکولار در معنای متعارف نیستند و به‌خصوص سکولاریسم در حوزه فلسفی و نظری را قبول ندارند اما پیامدهای عملی دیدگاه‌های آنها به تسریع سکولاریسم سیاسی در ایران کمک می‌نماید. این نیروها جمهوری اسلامی را قبول ندارند و از سیاست‌های آن حمایت نمی‌کنند. این مساله علت اصلی ناخرسندی رهبری از این نیروها است و نگرانی اصلی امنیتی و سیاسی حکومت در مراکز دینی کشور را تشکیل می‌دهد. خامنه‌ای انتظار دارد روحانیت و تمامیت حوزههای علمیه از سیاست‌ها و عملکرد کلی نظام پشتیبانی کرده و مشروعیت آن را تصدیق نمایند.
اما نیروهای مخالف آمیختگی دین و دولت از دو زاویه به این خواست حکومت بی‌اعتنا هستند. نخست تاکید آنها بر ضرورت دوری روحانی از امور سیاسی به معنای حزبی و اعمال معطوف به قدرت است. از دید آنان روحانیت باید بی‌طرف باشد و به‌خصوص مسوولیت توجیه اعمال حکومت را بر عهده نگیرد. همچنین نسبت به ایفای نقش اپوزیسیون و بیان انتقاد و مخالفت نیز نظر منفی دارند. از دید آنها هدف اصلی روحانی باید پرداختن به امور دینی و معنوی باشد. البته بخشی از آنها نسبت به ایفای مسوولیت سیاسی و مشارکت در تعیین سرنوشت کشور و توجه به بهبود شرایط زندگی مردم نظر مثبت دارند اما در قالب فعال سیاسی و یا سیاست‌مدار تمایل ندارند ظاهر شوند. الگوی این مدل از فعالیت آیت‌الله سیستانی است که پیروی از مشی وی در حال گسترش در حوزههای علمیه است. این نیروها ولایت فقیه را نیز قبول ندارند.
اما زاویه مهم دیگری که منجر به حمایت این نیروها از تفکیک دین و دولت و عدم اعتقاد به تشکیل حکومت اسلامی می‌شود، عدم مشروعیت حکومت اسلامی در دوره غیبت است. به باور آنها تنها امام زمان می‌تواند حکومت اسلامی مشروع تشکیل دهد و در دوره غیبت چنین امکانی وجود ندارد و شرایط برای تشکیل حکومت اسلامی مساعد نیست. آنها شرایطی برای حکومت اسلامی تعیین می‌کنند که حکومت‌های مدعی اسلامی بودن آنها را ندارند. به عنوان نمونه اخیرا آیت‌الله محمد اسحاق فیاض از مراجع بزرگ شیعه در تازه‌ترین اظهار نظر خود در پاسخ به پرسشی دربارۀ «جدایی دین و سیاست در اسلام» اظهار داشته است که در دنیای امروز در هیچ کجای جهان حکومتی اسلام وجود ندارد.
مراجعی در حوزه علمیه قم که از تفکیک دین و دولت به صورت آشکار و یا پوشیده و تلویحی حمایت می‌کنند و یا حداقل به تایید نظام جمهوری اسلامی و نظریه ولایت فقیه و توجیه مذهبی اعمال خامنه‌ای نمی‌پردازند و اساسا مدافع تشکیل حکومت اسلامی نیستند، وزن بالایی در بین روحانیون و جامعه دین‌داران ایران دارند. آیت‌الله‌ها وحید خراسانی، موسی شبیری زنجانی، سید صادق روحانی، سید صادق شیرازی از چهره‌های شاخص آنها هستند.
رشد دیدگاه آنها در حوزههای علمیه فرایند گذار مسالمت آمیز به دمکراسی را تقویت می‌نماید و در عین حال بر شکاف بین نظام و حوزههای علمیه می‌افزاید. نتیجه این روند افزایش اهمیت استقلال حوزههای علمیه و نهادهای مذهبی خواهد بود.
