سرانجام همانطور که پیشبینی می شد دکتر محمود نیلی احمد آبادی نتوانست رای اعتماد از نمایندگان مجلس بگیرد و در نتیجه از پوشیدن ردای وزارت علوم بازماند. نمایندگان مجلس نهم از مجموع ۲۴۶ رای ماخوذه با ۷۹ رأی موافق، ۱۶۰ رأی مخالف و ۷ رأی ممتنع به نیلی‌احمدآبادی برای تصدی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری رأی اعتماد ندادند.
نیلی در مقایسه با دیگر وزیران پیشنهادی حسن روحانی که از مجلس تاییده نگرفتند، رای موافق کمتری داشت و مخالفت‌ها با وی نیز بیشتر بود. اما آنگونه که محمد رضا باهنر روایت کرده است پیش از جلسه رای‌گیری نظر منفی مجلس به روحانی ابلاغ شده بود. باهنر ماجرا را اینگونه تعریف می‌کند: «بالاخره با توجه به تجربیات و نیز گفت‌وگوهایی که درباره وزیر پیشنهادی علوم با نمایندگان مجلس انجام داده بودیم، اتفاق امروز صحن علنی کاملا قابل پیشبینی بود، ما داستان امروز را صبح روز گذشته به اطلاع مقامات دولتی رسانده بودیم، ما این موضوع را به معاونان و رابطان آقای رئیس‌جمهور در مجلس گفته بودیم که امیدی نیست آقای نیلی احمدآبادی بتواند از پارلمان بتواند رأی اعتماد بگیرد…پاسخ آنان این بود که دیگر نمی‌تواند کاری کرد، عده‌ای از نمایندگان پیشنهاد داده بودند آقای نیلی احمدآبادی پیش از برگزاری جلسه رأی اعتماد انصراف دهد، اما دولت شاید نظرش این بود که این روش، راه خوبی نباشد و بهتر باشد جلسه رأی اعتماد به وزیر پیشنهادی علوم در صحن علنی برگزار شد.»
نایب رئیس دوم مجلس نهم در بخش دیگری از سخنانش اظهار داشت: «در گذشته یکی دو نفر بودند که پیش از برگزاری جلسه رأی اعتماد انصراف دادند، در همین دولت یازدهم نیز آقای روحانی قبل از معرفی آقای توفیقی به عنوان وزیر پیشنهادی علوم، این موضوع را به صورت شفاهی به مجلس پیشنهاد داد و ما به او گفتیم که در صورت معرفی آقای توفیقی به عنوان وزیر پیشنهادی علوم، عکس‌العمل خوبی از سوی نمایندگان نشان داده نخواهد شد.»
عملکرد ضعیف دولت در حمایت از نیلی و کم تحرکی حتی باعث اعتراض نمایندگان حامی دولت چون علی مطهری و عابد فتاحی نماینده شهر ارومیه شد: «به عنوان رییس فراکسیون اهل سنت مجلس شورای اسلامی، اعلام می‌کنم که به وزیر پیشنهادی رای می‌دهم. اما نه به دلیل اینکه شناختی از آقای نیلی احمدآبادی دارم، بلکه این رای را به حسن روحانی تقدیم می‌کنم. به اعتبار شخصی که ایشان را معرفی کرده است. اما متاسفانه در چند روز اخیر بعد از معرفی وزیر پیشنهادی علوم شاهد صحنه‌هایی بوده‌ایم که باورنکردنی است. واقعا دولتی‌ها در این مورد کم کاری می‌کنند. معاونت‌های پارلمانی کم‌کاری می‌کنند. من به آقای نصیری قیداری کاری ندارم. غیر از آقای نصیری کسی تاکنون با ما تماسی نگرفته است. آیا دولت حمایت ما را نمی‌خواهد؟ اصلا چنین سستی تاکنون ندیده‌ام. با اینکه یکی از طرفداران دولت هستم، البته نه به عنوان وکیل الدوله بلکه به عنوان نماینده‌یی که منافع ملت را در دولت یازدهم تامین می‌کنم، یک‌بار مجبور می‌شوم این انتقاد را بیان کنم. با این شیوه مدیریت روحانی در ارتباط با مجلس باید گفت که دولت وی با نمایندگان خیلی فاصله گرفته است. نمی‌دانم چه دلیلی دارد در حالی که در مجلس نهم اکثریت مجلس با دولت همکاری می‌کنند اما نمی‌دانم چرا این‌ها اینقدر با نمایندگان سرد هستند.
… وزیری معرفی کرده‌اند که می‌خواهد برای اخذ رای اعتماد وارد صحن شود. آن‌وقت نه با فراکسیون‌ها و نه با کمیسیون‌ها رایزنی نکردند. من به عنوان رییس فراکسیون اهل سنت مجلس به نیلی رای می‌دهم اما من به تنهایی؟ خب دولت هم حمایت کند حالا یا مهره اصلی یا فرعی. چرا باید این فرهنگ را در مجلس ایجاد کند؟ مگر ما قرار داشتیم مسیر احمدی‌نژاد را برویم؟ مهره اصلی خود را معرفی می‌کرد و با فراکسیون‌ها و کمیسیون‌های مجلس همکاری می‌کرد تا شاهد یک حرکت زنده در مجلس می‌شدیم. الان وضعیتی شده که نماینده‌ها شوخی می‌کنند و می‌گویند نه موافق و نه مخالفی صحبت نکند و رای‌گیری کنیم. این ناشی از برنامه‌ریزی غلط دولت است. در تاریخ ۱۰۰ ساله مجلس این حرکت دولت بی‌سابقه است. آیا انتظار از دولت این بود؟ از حجت‌الاسلام مجید انصاری و مدیرانی که در صندلی‌های خانه ملت به نام دولت نشسته‌اند انتقاد شدیدی دارم.»
قبل از رای‌گیری تصور غالب در بیرون و داخل مجلس این بود که نیلی گزینه اصلی وزارت علوم نیست. حسن روحانی در نطقش که نسبتا محکم از شایستگی نیلی احمدآبادی دفاع کرد، این ادعا را رد کرد. اما عملکرد مبهم و ضعیف دولت در رایزنی با مجلس و اقدامات حمایتی از نیلی باعث شد تا ذهنیت یاد شده جا بیافتد. این بار حتی با رئیس مجلس و نمایندگان موثر در مجلس که قائل به تعامل با روحانی و دولت اعتدال هستند نیز پیش از معرفی نیلی مشورت نشده بود.
برخورد حسام الدین آشنا مشاور رئیس جمهور که نمایندگان را بین دو راهی رای اعتماد به نیلی و یا تسلیم در برابر باج‌گیران (اعضاء جبهه پایداری) نیز تاثیر منفی داشت. سخنان وی تا آنجا باعث حساسیت نمایندگان شد که بنا به پیشنهاد هیات رئیسه مجلس و صلاحدید دولت وی در جلسه رای اعتماد نیلی ابتدا در بین تماشاگران نشست و بعدا با پادر میانی رسایی و حسینیان وارد صحن علنی مجلس شد.
از این رو روحانی تقریبا می‌دانست که نیلی رای نمی‌آورد. اما معرفی وی لزوما بدین معنا نیست که وی گزینه اصلی مد نظرش نبوده است بلکه روحانی پافشاری خود بر لزوم اداره وزارت علوم توسط افراد منسوب به اصلاح‌طلبان را به نمایش گذاشت. همچنین دولت فرصت دیگری را به نمایش گذاشت که مجلس نهم بنای همکاری و سازگاری ندارد و همانگونه که روحانی در سخنانش در زنجان اعلام داشت بنای لجاجت دارد. بنابراین ممکن است روحانی و حلقه نزدیکانش خواسته‌اند با برجسته سازی کارشکنی مجلس فضا را برای بسیج پایگاه اجتماعی اعتدال و بخش معترض جامعه برای انتخابات مجلس آینده و تغییر ترکیب کنونی نمایندگان مساعد سازند. همچنین دولت از این طریق کوشید تا با اعمال فشار هزینه رای منفی به وزیر بعدی را افزایش دهد.
نیلی در مجلس در مجموع با توجه به محدودیت‌ها و تنگناها دفاع قابل قبولی داشت. اما اکثریت قاطع نمایندگان پیشاپیش تصمیم برای رای منفی به وی را گرفته بودند. دو فراکسیون اکثریت و اقلیت مجلس پیش از جلسه رای اعتماد عدم تمایل خود را ابراز کردند. نیلی اگر چه دفاع صریحی از جنبش سبز و مشارکتش در اعتراضات انتخاباتی سال ۱۳۸۸ انجام نداد اما حاضر نشد پاسخ‌های مورد انتظار اصول‌گرایان افراطی را بدهد. او با تاکید بر ضرورت رعایت حرمت دانشگاه باعث شد تا حساسیت‌ها نسبت به وی افزایش یابد. همچنین تاکید بر ضرورت تغییرات ساختاری در وزارت علوم دیگر نقطه قوت دفاع وی بود. اخذ رای اعتماد منفی از مجلس نهم برای نیلی سرمایه و اعتباری محسوب می‌شود و بالقوه برای وی جایگاه مناسبی در بین دانشگاهیان و دانشجویان ایجاد می‌نماید.
دلایلی که در کل باعث شد نیلی رای نیاورد را در سه سرفصل کلی می توان دسته بندی کرد:
جنبش سبز
یکی از محورهای اصلی حمله به نیلی حمایت وی از مهندس موسوی در جریان انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ و اعتراضات بعد از آن بود. نیلی حاضر نشد آنگونه که اکثریت مجلس انتظار داشت در خصوص جنبش سبز که آنها نام فتنه را بر آن می‌گذارند، مرزبندی کرده و موضع منفی بگیرد. البته وی دفاع صریح هم نکرد اما حرف های دو پهلوی او در مورد جنبش سبز و بخصوص دفاع از کیان دانشگاه و نقادی دانشجویان باعث شد تا نمایندگان قانع نشوند. نیلی از تفکری در نحوه اداره دانشگاه حمایت کرد که اکثریت مجلس با آن تعارض داشته و در صدد ریشه کن کردن این دیدگاه در حکومت است.
ضعف مدیریتی
شاه بیت مخالفت نمایندگان مجلس کمبود تجریه مدیریت کلان و سابقه کاری ضعیف نیلی بود. برخی از نمایندگان به صراحت گفتند او در اندازه وزارت نیست. این ادعا تا حدی درست بود. بالاترین سابقه مدیریتی نیلی سرپرستی چند ماه دانشگاه تهران است. اما این مساله به تنهایی دلیل نمی‌شود که وی از عهده اداره وزارت علوم بر نمی‌آمد. البته احتمال موفقیت وی پایین بود. تحلیل نطق دفاعی وی روشن ساخت که شناخت و آگاهی نسبی خوبی از مسائل دانشگاهی دارد. البته برنامه مشخصی را ارائه نکرد و به نظر می‌رسید به دنبال تداوم برنامه فرجی دانا است. در این خصوص نیز ملاحظه سیاسی اکثریت مجلس نهم پر رنگ بود. این جریان در دو دولت احمدی‌نژاد به کسانی مانند کامران دانشجو و رای داد که سوابق آنها پیش از وزارت در حد و اندازه نیلی بود.
حلقه مدیریتی وزارت علوم در دوره اصلاحات
نیلی وابسته به حلقه‌ای است که در دوران اصلاحات در وزارت علوم ایجاد شدند. دکتر معین در دوران تصدی وزارت علوم در کابینه اول رفسنجانی و دولت های هفتم و هشتم به تدریج کادر و شبکه از مدیران را ساخت. روحانی از این شبکه برای اداره وزارت علوم تا کنون استفاده کرده است که افراد شاخص آن جعفر توفیقی، جعفر میلی منفرد، مجتبی صدیقی، محمد فرجی دانا، سمنانیان و … هستند. اصول‌گرایان افراطی و نیروهای وابسته به سپاه نسبت به این نیروها به‌شدت حساس هستند و از روحانی می‌خواهند کسی خارج از این حلقه را برای اداره وزارت علوم انتخاب کند.
بدین‌ترتیب مجددا وزارت علوم بی وزیر باقی ماند تا محمد علی نجفی کماکان به عنوان سرپرست این وزارتخانه را مدیریت نماید. مطابق آنچه صادق مشاور روحانی اعلام کرده است وی تا پایان مهلت مقرر دو ماهه گزینه جدید را معرفی می‌نماید. از سوی دیگر طبق قانون هر سرپرست حداکثر سه ماه می‌تواند وزارت خانه را اداره نماید. حال باید دید روحانی زودتر کسی را معرفی می‌کند یا عبور سرپرستی نجفی از سه ماه به چالش جدیدی بین مجلس و دولت بدل خواهد شد.
سیاست
نیلی احمدآبادی
