همانگونه که بعد از هشدار خامنه‌ای پیشبینی می‌شد، پرونده بورسیه‌های غیر قانونی بدون اجرای عدالت بسته شد.
محمد فرهادی وزیر علوم در نشست خبری که روز ۱۷ مرداد در ساختمان وزارت علوم برگزار شد اظهار داشت: «پرونده بورسیه‌های غیرقانونی جمع و جور شده و به غیر از ۳۶ مورد که قبلا نیز اعلام شده بود، سایرین می‌توانند ادامه تحصیل دهند. ضمنا هیچ اسمی از طرف وزارت علوم منتشر نشده است.»
وی در ادامه وضعیت دریافت کنندگان بورسیه‌های غیر قانونی را بشرح زیر توصیف کرد: «این داستان به ۳۰۰۰ بورسیه غیرقانونی ختم نمی‌شود، بلکه ۶۰۰۰ بورسیه بی‌مشکل نیز وجود دارد که از این تعداد ۵۰۰۰ بورسیه مربوط به دولت قبل بوده است…. ۳۰۰۰ بورسیه دارای وضعیت خاصی هستند و به چند دسته تقسیم می‌شوند. دسته اول افرادی بودند که بدون امتحان پذیرش شده‌اند، در حالی که افراد باید طبق آیین نامه از طریق امتحان بورسیه شوند. افراد دوم افرادی بودند که بدون گرفتن حکم بورس در دوره قبل تحصیل خود را آغاز کردند.
این افراد باید تعیین تکلیف شوند. در واقع صلاحیت علمی آن‌ها تایید شده اما صلاحیت عمومی آن‌ها مورد تایید قرار نگرفته است. دسته دیگر افرادی هستند که بورسیه شده‌اند، اما جایابی نشده‌اند و تلاش بر این است که این افراد جایابی شوند. چنانچه این افراد جایابی شوند دیگر موردی وجود ندارد، اما اگر جایابی آن‌ها تعیین تکلیف نشود، وزارت علوم جای دیگری را مشخص می‌کند. دسته دیگر افرادی هستند که مربی بودند و به دو دسته رسمی و پیمانی تقسیم می‌شوند. در مورد مربی‌های رسمی مشکلی وجود ندارد، اما در مورد مربی‌های پیمانی که قرارداد آن‌ها سر سال تمام می‌شود، باید مصوبه هیئت امنای دانشگاه در مورد آن‌ها تصمیم گیری کند. عده‌ای وجود دارند که دارای شغل دولتی و رسمی هستند یعنی از دو صندوق حقوق دریافت می‌کنند.
بسیاری از این مسائل به دیوان محاسبات بازمی‌گردد. در مورد این افراد تصمیم گیری به این نحو است که یا نباید کارمند باشند یا بورسیه آن‌ها باید لغو شود و با هزینه نقدی تحصیل کنند. عده‌ای دیگر طبق آیین نامه ایثارگران ادامه تحصیل می‌دهند که در این راستا با بنیاد شهید هماهنگی صورت گرفته است. عده‌ای که قرار شد در خارج از کشور بدون محدودیت تحصیل کنند باید جایابی آن‌ها تعیین تکلیف شود. دسته آخر افرادی هستند که طبق شرایط و ضوابط زمان در مورد معدل، سن و… که سال به سال توسط وزارتخانه اعلام می‌شد با توجه به این شرایط و ضوابط عده‌ای یا از شرایط سنی برخوردار نبودند یا معدل مقطع کار‌شناسی یا کار‌شناسی ارشد یا هر دو مقطع پایین‌تر از میزان تعیین شده بود. تصمیمی که در مورد این افراد گرفته شد این بود که با هزینه شخصی خود ادامه تحصیل دهند.»
بدینرتیب معلوم می‌شود جلوی ادامه تحصیل اکثر قریب به اتفاق دریافت کنندگان بورسیه‌های غیر قانونی گرفته نشده و تنها بورسیه بخشی از آن‌ها لغو شده است. بدیهی است کسب مدرک دکتری توسط افرادی که فاقد شرایط لازم بوده‌اند ضمن اینکه بی‌عدالتی فاحشی بوده و از مصادیق بارز فساد علمی است، تبعات مخربی برای وضعیت علمی و پژوهشی کشور دارد.
طبق گزارش مستند وزارت علوم در دوره سرپرستی جعفر توفیقی از بین ۳۷۷۲ پذیرفته شده بدون آزمون طی سالهای ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۲ قریب به ۱۳۰۰ نفر از دانشجویان دکتری و مربیان فاقد شرایط و ضوابط لازم برای ادامه بورسیه شناخته شدند. سرانجام وزارت علوم در دوره سرپرستی محمد رضا نجفی با تساهل بورسیه ۸۴۰ نفر از دانشجویان دکتری را لغو کرد اما امکان تحصیل با هزینه شخصی را برای آنان باز گذاشت. تنها ۶۲ نفر لغو تحصیل شده و پرونده آموزشی آن‌ها مختومه گردید. ۴۴۸ تن از مربیان شاغل به تحصیل نیز علی رغم اینکه در وضعیت استخدامی «پیمانی» بودند و بدون تصویب هیئت امنای دانشگاه‌ها پذیرفته شده و به لحاظ قانونی امکان استفاده از بورس بـرای ادامه تحصیل را نداشتند، در اختیار هیات امنای دانشگاه‌ها برای تعیین تکلیف قرار گرفتند.
اما بعد از آنکه رهبری در مراسم ضیافت افطاری با برخی از دانشگاهیان مسئله پرداختن به بورسیه‌ها را یکی از غلط‌ترین کار‌ها در حوزه دانشگاهی در سالیان اخیر نامید، عقب نشینی وزارت علوم دولت روحانی شتاب بیشتری یافت. فرهادی در واکنش به اظهارات فوق کمیته‌ای مرکب از نمایندگان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی و نهاد نمایندگی مقم رهبری در دانشگاه‌ها و رییس کمیسیون اصل ۹۰ مجلس شورای اسلامی تشکیل داد.
حال به نظر می‌رسد کمیته جمعبندی نهایی را انجام داده و عملا جز ۳۶ نفر دریافت کنندگان بورسیه‌های غیر قانونی به تحصیل ادامه می‌دهند و بخش کمی از آن‌ها نیز امتیاز بورسیه را از دست داده‌اند.
این اقدام تسلیم وزارت علوم روحانی در برابر یکی از بزگ‌ترین تخلفات تاریخ دانشگاهی کشور را نشان می‌دهد و همچنین تفاوت زیاد مشی فرهادی با فرجی دانا وزیری که استیضاح شده را نشان می‌دهد.
از آنجاییکه دارندگان بورسیه‌های فوق عمدتا افراد مورد نظر دولت احمدی‌نژاد بوده و با نقش آفرینی ویژه کامران دانشجو برگزیده شدند، بازگشت به تحصیل آن‌ها و ناتوانی وزارت علوم روحانی در برخورد با این مساله باعث می‌شود نیرو‌های وابسته به دولت قبل در دانشگاه‌ها و بدنه وزارت علوم تجدید نیرو کرده و با اعتماد به نفس بیشتری به بازگشت شرایط امیدوار شوند.
از سوی دیگر برخورد نیمه تمام با مفاسد و زخمی کردن آن‌ها به مراتب تاثیرات بدتری نسبت به عدم پیگیری دارد.
عدم ایستادگی فرهادی و شکاف چشمگیر عملکرد وی با وعده‌های روحانی در حوزه دانشگاهی ودانشجویی فقط محدود به این مستله نمی‌شود. بلکه وی در پاسخ به ادامه دغدغه‌های رهبری اعلام داشت به هیچوجه در دانشگاه‌ها اردوهای مختلط و کنسرت‌های موسیقی برگزار نمی‌شود. البته وی مدعی شده هیچگاه در دانشگاه‌ها چنین مواردی مجوز نداشته والان نیز وجود ندارد. او همچنین اعلام کرد برگزاری کنسرت در دانشگاه‌ها ممنوع است و اگر چنین مراسمی در دانشگاه‌ها برگزار گردد، برخورد صورت می‌گیرد.
بر خلاف ادعای فرهادی برگزاری اردوهای مختلط و کنسرت‌های موسیقی از اواخر دوره ریاست جمهوری رفسنجانی شروع شد و در دوران اصلاحات به اوج رسید. در دوره ریاست جمهوری احمدی‌نژاد این فعالیت در دانشگاه‌ها به مانع برخوردند. یکی از مطالبات دانشجویان در دوره اعتدال برخورداری از این آزادی‌های فرهنگی در محیط‌های دانشگاهی است.
پیشبینی می‌شود گشایش‌های اندک سیاسی برقرار شده در دانشگاه‌ها بعد از ریاست جمهوری روحانی نیز دستخوش محدودیت‌های جدیدی بشود. فضای مدیریتی فرهادی واتفاقاتی که در عرصه دانشگاهی در حال وقوع است تقریبا بازگشت به دروان اصلاحات را منتفی ساخته و در روندی معکوس به سمت دوران احمدی‌نژاد حرکت می‌کند.
به نظر می‌رسد گفتمان مورد نظر آیت الله خامنه‌ای در دانشگاه‌ها تداوم یابد. سکته‌ای که بعد از تشکیل دولت اعتدال بوجود امد نیز توانایی تغییر بزرگ را نداشته و اقدامات اصلاحی صورت گرفته شکننده بوده و حداکثر در حد ماکتی از دوران اصلاحات بوده است. بر این اساس دانشگاهیان و دانشجویان در سال تحصیلی ۹۴-۹۵ ممکن است روز‌های دشوار تری نسبت به دو سال قبل را تجربه کنند.
