دادگستری تهران بیانیه تندی در پاسخ به مواضع علی مطهری صادر کرده و از او خواسته است تا در دادگاه حضور یافته و پاسخگوی اظهاراتش باشد. دادستانی از چند جنبه، سخنان او را حاوی «عمل مجرمانه» دانسته است.
«زیر سئوال بردن استقلال قوه قضائیه و بیان نفوذ پذیری آن از نهاد‌های امنیتی، نشر اکاذیب از بابت غیرقانونی خواندن احکام صادره در خصوص برخی مجرمان امنیتی، نشر اکاذیب در خصوص عدم تعیین تکلیف محمد رضا رحیمی از دید دادستانی تهران» دلایل مجرمانه بودن سخنان مطهری و عدم اطلاق مصونیت نمایندگی مجلس برای او اعلام شده است.
هم‌زمان وب‌سایت علی مطهری نیز با حکم مقام‌های قضائی فیلتر شده است. این شدید‌ترین برخوردی است که با علی مطهری می‌شود. معلوم نیست بیانیه دادگستری استان تهران جنبه بازدارنده داشته و هدف مهار مطهری را دنبال می‌کند یا اینکه اراده جدی برای حضور او در دادگاه و مواخده‌اش وجود دارد.
در آن سو، علی مطهری نیز با صدور بیانیه‌ای از مواضع خود دفاع و دلایلی دادستانی تهران را رد کرد. او همچنین اظهار بی‌اطلاعی رئیس قوه قضائیه را شوخی بیش ندانست. وی حرف‌های خود را از جنس انتقاد و در راستای وظایف نمایندگی خود اعلام نمود. مطهری قوه قضائیه را متهم کرد که با رسانه‌ای کردن اعلام جرم علیه وی در صدد مرعوب ساختن منتقدین است. او با غیر قانونی خواندن فیلترینگ وب سایتش از موضعی بالا اظهار داشت: «همچنان در انتظار توضیح رئیس قوه قضائیه برای مردم در باره عادلانه بودن احکام زندانیان سیاسی سال ۸۸ و نیز حصر خانگی طولانی مدت آقایان موسوی و کروبی بدون محاکمه هستیم».
او افزوده است: هنوز دیر نشده است و مردم منتظرند، در واقع قاضی و داور واقعی مردم و افکار عمومی هستند. اینجانب به عنوان نماینده ملت در مجلس شورای اسلامی و به عنوان فرزند شهید آیت الله مطهری به نوبه خود اجازه ایجاد اختناق در کشور و انحراف در انقلاب اسلامی را نخواهم داد.
علی مطهری ویژگی‌های منحصر به فردی دارد که او را نمی‌توان در هیچیک از جناح‌های سیاسی داخل نظام قرار داد. او علیرغم اینکه در حوزه فرهنگی دیدگاه محافظه کارانه و به‌شدت سنتی دارد و از تبعیض‌های جنسیتی و دیدگاه‌های بسته و انقباضی در حوزه فرهنگ دفاع می‌کند اما در حوزه سیاسی باز‌تر می‌اندیشد و در طول دو سال گذشته از رسا‌ترین صدا‌های منتقد در درون حکومت بوده است.
او به نظام جمهوری اسلامی و قانون اساسی آن وفادار و معتقد است اما تفسیری را عرضه می‌کند که خوشایند اصحاب قدرت نیست و نسبت به تفسیر اصول گرایان، جامعه باز‌تر و با فاصله کمتر نسبت به دموکراسی را ترویج می‌کند.
علی مطهری فرد شجاعی است. در بند قدرت نیست برای خودش اصولی دارد و سیاست‌ورزی‌اش معطوف به رعایت این اصول است. مشی سیاسی نا‌پایدار و متغیر ندارد. اهل ایستادگی بر روی حرف‌هایش است.
او در حالی که در فهرست‌های اصلی اصول گرایان در انتخابات مجلس قرار نگرفت، خود دست به کار شد و با راه انداختن جریانی تحت عنوان «صدای ملت» توانست با اتکاء به رای مردم و بر خلاف خواست اصول گرایان وارد مجلس شود. تا کنون نیز در مجلس نهم فرد موثری بوده و به مراتب بیشتر از یک رای اثرگذار بوده است. او در جریان انتخابات ریاست جمهوری از افرادی بود که نقش مهمی در اقناع رفسنجانی به کاندیداتوری داشت. نامه او به رهبری بعد از رد صلاحیت رفسنجانی بازتاب زیادی پیدا کرد.
او به شکلی تقریبا صریح خامنه‌ای را آماج انتقاد قرار داد و گفت «در خصوص رد صلاحیت آیت الله هاشمی رفسنجانی برای انتخابات ریاست جمهوری توسط شورای نگهبان، به عرض می‌رساند این رد صلاحیت که با دو دلیل ناموجه ناتوانی جسمی و نقش داشتن در فتنه سال ۸۸ انجام شده است آسیب جدی به انتخابات آینده وارد خواهد کرد و حماسه سیاسی مورد نظر جناب عالی را محقق نخواهد ساخت. حدس قوی دارم که اگر امام خمینی هم، به فرض حیات، با نام مستعار در انتخابات شرکت می‌کردند صلاحیتشان رد می‌شد چون ایشان هم گاهی انتقاداتی داشتند.»
ماجرای افشاگری او نسبت به شنود و و ایستادگی وی بر سر توضیح از سوی وزارت اطلاعات نیز حادثه ساز شد.
اینک با توجه به احضاریه دادگستری به نظر می‌رسد علی مطهری هدف برخورد قضائی و امنیتی قرار گرفته و چه بسا پرونده سازی‌هایی علیه او در جریان است.
تا پیش از این نظام پذیرفته بود که مطهری به عنوان یکی از صدا‌های مشروع برای اعتراض در داخل باشد. از این‌رو متعرض او نمی‌شدند. و گرنه اگر کس دیگری و بخصوص از اصلاح طلبان حرف‌هایی مشابه علی مطهری می‌زد آنگاه خیلی زود‌تر قربانی برخورد امنیتی می‌شد. برای جمهوری اسلامی بد نبود که مخالفش علی مطهری باشد و مدار‌های اپوزیسیون به و خودی‌های معترض به مرز علی مطهری برسد. اما خروج انتقاد‌ها و سخنان مطهری از مرز‌های ممنوعه نیز دردسر آفرین بوده است. اینک به نظر می‌رسد انتقاد‌ها و سخنان مطهری خیلی صریح‌تر شده و از آستانه تحمل نظام عبور کرده است.
حساسیت‌ها نسبت به علی مطهری حول انتقاد‌های وی به مواضع خامنه‌ای و تلقی خاص وی از ولایت فقیه و همچنین رد گفتمان حاکمیت در خصوص جنبش سبز است.
علی مطهری بی‌محابا خامنه‌ای را نقد می‌کند از دید وی ولایت فقیه بدین معنا نیست که کارگزاران حکومتی عقل خود را تعطیل کرده و صرفا دنباله روی ولی فقیه باشند. بلکه باید نظر مستقل خود را مطرح کرده و دنبال کنند مگر آنکه ولی فقیه حکم حکومتی صادر کند.
مطهری مستقل از اینکه حرف وی درست است یا نه، می‌کوشد ولایت فقیه را در چارچوبی متفاوت با استبداد کلاسیک تبیین کند.
از دید او اطاعت از ولی فقیه فقط در محدوده اختیارات قانونی وی مجاز است. همچنین حق انتقاد باید در جامه برقرار باشد و هیچ بخشی از حکومت و از جمله رهبری از انتقاد مصون نباشد. او بر رفع حصر موسوی و کروبی تاکید دارد در عین حال محاکمه آن‌ها در دادگاه صالح را نیز توصیه می‌کند. منتها وی معتقد است احمدی‌نژاد و نیرو‌های تند رو نیز باید محاکمه شوند و مشکلات ر ا دوطرفه می‌داند. او با فتنه خواندن جنبش سبز موافق نیست. از هر فرصتی برای اعتراض به حصر غیر قانونی موسوی و کروبی استفاده می‌کند. او در جریان مرگ غیر منتظره و ناگهانی هاله سحابی از حقوق دگر اندیشان نیز دفاع کرد.
علی مطهری برای جریان‌های دموکراسی خواه گزینه مطلوبی نیست اما در دوره گذار فایده‌مندی‌های خودش را در چالش با استبداد دینی دارد.
علی مطهری در طول دو سال گذشته به لحاظ سیاسی رادیکال‌تر شده و از گفتمان رسمی نظام دور‌تر شده است. او نسبت به گذشته نیز تفاوت‌های زیادی کرده است. در دوران اصلاحات از منتقدین جدی اصلاحات دوم خردادی بود و مواضعش به گروه‌های مخالف اصلاحات نزدیک بود. البته الان هم اگر دوباره اصلاح طلبان حاکم شوند ممکن است لبه اصلی انتقادات مطهری به سمت آن‌ها بر گردد.
او پدیده خاصی در عرصه سیاسی است و نقاط افتراقی هم با اصلاح طلب‌ها وهم با اصول گرایان دارد. به عبارتی او اصلاح طلب اصول گرایان و اصول گرای اصلاح طلب‌ها است. اما توانسته است گونه جدید از اعتراض به وضع موجود را در بین هواداران نظام شکل دهد.
از این‌رو ممکن است وی دیگر به عنوان کارگزار معترض قابل تحمل در حوزه رسمی پذیرفته نشود و نظام به سمت برخورد کنترل شده با وی و ایجاد محدودیت برود. در این حالت محتمل است دیگر مطهری به عنوان منتقدی در درون جامعه و در شکل اپوزیسیون نزدیک به نظام تحمل شود.
حمله تند زهره طبیب‌زاده از نمایندگان وابسته به جبهه پایداری و متهم کردن علی مطهری همسویی و ارتباط با سیستم امنیتی بریتانیا می‌تواند نشانگر شروع سختگیری‌ها علیه مطهری باشد.
برخورد با مطهری فقط سیاست‌ورزی‌اش را تحت الشعاع قرار نمی‌دهد بلکه چالشی برای حسن روحانی و گفتمان اعتدال نیز ایجاد می‌کند.
بعد از ۲۴ خرداد، این انتظار به وجود آمده است که فضای سیاسی باز شده و فشار بر اصلاح طلب‌ها و چهره‌های اپوزیسیون کمتر شود.
اما اگر فضا به سمتی برود که امثال علی مطهری نیز تحمل نشوند و به جرگه محرومین از حقوق سیاسی بپیوندد آنگاه امید‌های کسانی که از منظر توسعه سیاسی و آزادی‌ها دل به گفتمان اعتدال پیوسته‌اند، کم رنگ خواهد شد و دولت روحانی ریزش اجتماعی پیدا می‌کند.
