۵ سال پیش، عبدالحسین هراتی در مالزی به نقل از عمادالدین باقی مدعی شده بود که آیت‌الله خمینی قصد کشتن آیت‌الله منتظری و صد نفر از یارانش را داشته است. این موضوع را بسیاری فراموش کرده بودند تا وقتی که هراتی به ریاست اداره اسناد و مدارک دانشگاه آزاد منصوب شد. طه هاشمی معاونت فرهنگی دانشگاه آزاد بعد از بالا گرفتن اعتراضات وی را برکنار کرد. او مدعی بود که اداره حراست و وزارت اطلاعات صلاحیت هراتی را تایید کرده‌اند. وزارت اطلاعات علی‌رغم سوال علنی جمعی از نیرو‌های بسیجی در این خصوص سکوت کرده است.
معترضان که به طیف افراطی اصول‌گرایان تعلق داشتند سوابق فعالیت‌های هراتی در گذشته و به‌خصوص نامه‌اش به حجت السلام کروبی در جریان تحرک جنبش سبز را پیش کشیدند و دادن پست مدیریتی به وی را عملی خطا و در راستای عدول از آرمان‌های انقلاب و نظام به‌شمار آوردند. هراتی از فعالان انجمن‌های اسلامی دانشجویان خارج از کشور در پیش از انقلاب و هواداران دکتر علی شریعتی است که بعد از انقلاب به جرگه حامیان و نزدیکان هاشمی رفسنجانی می‌پیوندد. وی در عین حال روابط خوبی با نهضت آزادی، میناچی و آیت‌الله منتظری داشته است.
رصد کردن سوابق او شخصیتی معما گونه را ترسیم می‌نماید که آرمان‌گرایی شریعتی را با مصلحت‌سنجی و مشی غیراصولی و نوسانی رفسنجانی پیوند زده است. اما وجه معما گونه شخصیتی وی در جایی بیشتر می‌شود که او بعد از خروج از ایران و اقامت در استرالیا مطالب تندی بر علیه آیت‌الله خمینی در وب سایت ایران امروز منتشر می‌کند و در جریان جنبش سبز به موسوی و کروبی ایراد می‌گیرد که چرا دم از پیروی از مشی آیت‌الله خمینی می‌زنند.
اما بعد از انتخابات به ایران رفته و مشاور فرهنگی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام می‌شود. حساسیت‌ها نسبت به وی نیز تا زمانی که مسوولیت در دانشگاه آزاد نگرفته بود، بروز نیافته بود. حتی مخالفان بعد از برکناری وی از دانشگاه آزاد ساکت شدند و واکنشی نسبت به فعالیت او در مجمع تشخیص مصلحت نظام نشان ندادند.
اما صرف‌نظر از چگونگی اتفاقی که برای وی رخ داد و کنکاش در شخصیتش، او یک سخنرانی در مالزی در سال ۱۳۸۸ به مناسبت فوت آیت‌الله منتظری انجام داده است که فرازی از آن موضوعی مهم در فهم مسائل مربوط به عزل آیت‌الله منتظری از قائم مقامی رهبری است.
او در سخنرانی یاد شده به نقل از عمادالدین باقی مدعی شده است آیت‌الله خمینی قصد کشتن آیت‌الله منتظری و صد نفر از یارانش را داشته است. او منتفی شدن این ماجرا را ناشی از دخالت علی اکبر هاشمی رفسنجانی می‌داند که بعد از اطلاع از قصد آیت‌الله خمینی پیش او رفته و با گریه می‌کوشد او را منصرف سازد و همچنین با آیت‌الله منتظری ملاقات کرده و به او می‌گوید اگر به خودش رحم نمی‌کند به صد نفر نزدیکانش رحم کند و با نوشتن نامه‌ای خشم آیت‌الله خمینی را فرو بنشاند. منظور وی نامه ۷/۱ است که آیت‌الله منتظری نوشت و از عدم تمایل خود به جانشینی آیت‌الله خمینی سخن گفت.
تا زمانی که عماد الدین باقی این سخن را تایید نکرده باشد، قطعیت این انتساب محرز نمی‌شود. اگر چه بخشی از این ادعا با واقعیت تطبیق نمی‌کند اما کلیت آن قابل تامل است. در خاطرات آیت‌الله منتظری و رفسنجانی گمانه‌هایی وجود دارد که می‌توان از آنها نتیجه گرفت که اراده برای کشتن آیت‌الله منتظری و هوادارانش جدی بوده است. البته این مساله در حد یک فرضیه است و صحت قطعی آن با توجه به مدارک و اطلاعات موجود مشخص نیست.
ادعای با واسطه هراتی یک ایراد دارد. رفسنجانی در نوروز ۱۳۶۸ و هنگام عزل آیت‌الله منتظری با وی دیدار نداشت. کسی که رفت و با آیت‌الله منتظری در خصوص نگارش نامه توابانه مذاکره کرد حجت السلام عبدالله نوری بود. شاید هاشمی با واسطه پیغامی را مطرح کرده باشد. اما احتمال آن کم است چون آیت‌الله منتظری در خاطراتش به این مساله اشاره نمی‌کند. رفسنجانی تا فوت آیت‌الله منتظری با او دیدار نکرد.
اما آیت‌الله منتظری در جریان گفتگو با عبدالله نوری از وجود توطئه‌ای برای برخورد امنیتی و صدور حکم اعدام برای وی سخن می‌گوید. البته ایشان موضوع را بر اساس شنیده‌ها مطرح می‌کند که صحت وسقم آن را نمی‌داند. اما موضوع آن قدر از دید وی مهم است که در خاطراتش ذکر کرده است.
آیت‌الله منتظری نقل به مضمون ماجرا را چنین توضیح می‌دهد که «عبدالله نوری پیش‌نویس نامه‌ای را به من داد تا آن را بخوانم و امضا کنم. در آن نامه مضامینی توبه آمیز نوشته و از جمله قید شده بود اما من از این‌که دفترم پایگاه منافقین شده بود از شما معذرت می‌خواهم و…» آیت‌الله منتظری اعتراض کرده و می‌گوید: «دفتر من هیچ‌گاه پایگاه کسی و از جمله سازمان مجاهدین خلق نبوده است.» نوری در پاسخ می‌گوید حتما چیزی بوده که می‌گویند. آیت‌الله منتظری عصبانی شده و می‌گوید: «هر کس… می‌خورد می‌گوید دفتر من این گونه بوده است.» در نهایت آیت‌الله منتظری از پذیرفتن نامه نوشته شده توسط نوری استنکاف ورزیده و نامه خودش که در ۱۳۶۸/۱/۷ در جراید منتشر شد را می‌نویسد. اما ایشان می‌گوید بعدها از کانال‌هایی شنیده که نامه نوری دامی بوده تا وی به ارتباط با سازمان مجاهدین اعتراف کرده و به این اتهام دادگاهی شود.
البته عبدالله نوری این ادعا و توطئه بودن پیشنهادش را قویا تکذیب می‌کند و می‌گوید از سر دل‌سوزی برای کم کردن آسیب‌هایی که متوجه آیت‌الله منتظری بوده است نامه توابانه را پیشنهاد کرده است.
در خاطرات رفسنجانی هم آمده که بعد از شنیدن تصمیم آیت‌الله خمینی به خواندن «نامه موهن» ۱۳۶۸/۱/۶ از صدا و سیما در اعتراض می‌گوید که آقا این نامه خوانده شود عده‌ای می‌ریزند و آیت‌الله منتظری را می‌کشند.
کنار هم قرار دادن این دو خاطره و ادعایی که هراتی مطرح کرده است قطعات پازل طرح قتل آیت‌الله منتظری را پر می‌کند. از آن‌جایی‌که آیت‌الله منتظری تاکید کرده بود که کتاب خاطرات منتشر شده وی شامل همه خاطرات نیست و ناگفته‌هایی هنوز وجود دارد لذا ممکن است شواهد بیشتری دال بر تایید فرضیه یاد شده در خاطرات کامل او مشاهده شود.
از سوی دیگر اگر واقعا طرح قتل آیت‌الله منتظری وجود داشته است رفسنجانی شاید مصلحت ندیده اصل ماجرا را در خاطراتش بازگو کند لذا به صورت کد‌وار قید کرده که عده‌ای ممکن است او را بکشند. در صورتی که در سال ۱۳۶۸ و با توجه به جایگاه آیت‌الله منتظری بدون چراغ سبز حکومت امکان تعرض به آیت‌الله منتظری وجود نداشت.
این فرضیه با توجه به کینه شخص ری شهری نسبت به آیت‌الله منتظری قوت بیشتری می‌یابد. وزارت اطلاعات برای برخورد امنیتی سنگین با آیت‌الله منتظری و هوادارانش آمادگی داشت.
البته مواردی هم وجود دارد که صحت فرضیه فوق را مورد تردید قرار می‌دهد. به عنوان مثال در جریان پرونده مهدی هاشمی تمامی نیرو‌های نزدیک به وی اعدام نشدند و برادر وی نیز تبعید شد و آیت‌الله خمینی خواست وزارت اطلاعات برای برخورد قضائی و امنیتی با هادی هاشمی را نپذیرفت.
اما از سوی دیگر سابقه آیت‌الله خمینی نشان می‌دهد او در استفاده از خشونت حد و قیدی قائل نبود. رحیمیان از اعضاء دفتر وی تعریف کرده است که او حکم قتل نوه‌اش سید حسین خمینی را در صورت مقاومت در برابر نیرو‌های کمیته و انتظامی را داده بود. همچنین از محمد مهدی ربانی املشی عضو سابق و متوفی جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و دادستان کل کشور در سال‌های اولیه دهه شصت و عضو حزب جمهوری اسلامی نیز نقل شده است که آیت‌الله خمینی، احمد پسرش را تهدید کرده بود که اگر به حشر و نشر با اعضاء سازمان مجاهدین خلق ادامه دهد با او برخورد سنگین خواهد کرد.
ممکن است برنامه کشتن احتمالی آیت‌الله منتظری در حالت رسمی و قضائی نبوده و قرار بوده عده‌ای به نام مردم خشمگین و امت حزب الله این کار را انجام دهند.
روشن شدن این موضوع کمک می‌کند تا شدت و دامنه خشونت در نگاه بنیان‌گذار جمهوری اسلامی و منشا خشونت در جمهوری اسلامی بهتر مشخص گردد.
