سرانجام موعد معرفی وزیر علوم دوم به مجلس نهم فرا رسید و نام جعفر توفیقی در فهرست وزرای پیشنهادی نیست. عمر سرپرستی توفیقی بر وزارت علوم به سه ماه نرسید.
انتخاب توفیقی برای سرپرستی عجیب بود. ابتدا تصور می‌شد روحانی به دلیل مقاومت در برابر مجلس وی را انتخاب کرده و می‌خواهد این پیغام را بدهد که حاضر به عقب‌نشینی نیست ونمانیدگان باید به فردی مانند میلی منفرد رضایت بدهند. روحانی می‌خواست ابتدا وی را به مجلس معرفی کند اما حساسیت‌ها باعث شد جعفر میلی منفرد را جایگزین وی سازد.
بنابراین گمانه زنی‌ها حول این مساله پیش می‌رفت که توفیقی گزینه بعدی برای مجلس نیست بلکه قرار است حضور او باعث شود اصول‌گرایان حاکم بر مجلس به تب راضی شوند. از این‌رو در دوره موقت سرپرستی، توفیقی تغییر و تحولات در وزارت علوم را انجام دهد و تیم احمدی‌نژاد را از دانشگاه‌ها و وزارت علوم تصفیه کند.
اما به مرور معلوم شد این تصور با واقعیت سازگار نبود و روحانی در انتصاب توفیقی به مدیریت دانشگاه‌ها و نهادهای آموزش عالی مصمم بود. لذا توفیقی آهسته حرکت کرد و رای‌زنی‌های زیادی انجام داد اما در نهایت این کوشش‌ها در تغییر نظر منفی اکثریت مجلس کارساز نیافتاد.
توفیقی در شرایط سال ۹۲ گزینه مطلوبی برای وزارت علوم ارزیابی می‌شد. این ارزیابی مبتنی بر نگاه حداقلی است که این روز‌ها بر سپهر سیاست اعتراضی در کشور حاکم است. در اصل شدت خرابکاری مدیران احمدی نژاد وسختی‌های زیادی که دانشگاهیان و دانشجویان در ۸ سال گذشته متحمل شدند، باعث گشت تا توفیقی در نگاه اول امید بخش و گزینه‌ای خوب به نظر بیاید.
اما کارنامه توفیقی در دوران دو ساله مدیریتش بر وزارت علوم در حد تصورات کنونی درخشان نبود. در اصل وقتی دکتر معین حاضر به پذیرش محدودیت‌ها در وزارت علوم نشد و استعفا داد، توقیقی جایگزین شد و در دوره وی نسبت به قبل عقب نشینی‌های آشکاری صورت گرفت.
فشار‌ها بر دانشجویان و احضار فعالان دانشجویی منتقد به کمیته‌های انضباطی از آن دوره شروع شد. اظهارات حداد عادل و غلامحسین الهام در مراسم تودیع وی و معارفه محمد مهدی زاهدی در این خصوص روشنگر است.
حداد عادل در مراسم فوق چنین گفت:
«مدتها بود که وزارت علوم از جایگاه منقطی‌اش دور شده بود و هر زمان که صحبت از وزارت علوم به میان می‌آمد، صحبت از بحران می‌شد. اما آقای توفیقی بدون شعار، هیاهو و با آرامش تلاش کردند تا این وزارتخانه در جایگاه طبیعی‌اش قرار گیرد. در همه جای دنیا دانشجویان در سیاست دخالت می‌کنند. اما همه اینها باید زمانی باشد که دانشگاه معنای واقعی خودش را که کسب دانش و علم است، حفظ کند. در غیر این صورت دانشگاه‌ها به باشگاه‌های هیاهو تبدیل خواهند شد. توفیقی کمترین برخورد و تصادم را با مجلس هفتم داشتند. ویژگی‌های اخلاقی و علمی آقای توفیقی بر کسی پوشیده نیست و ایشان از جایگاه علمی بالایی برخوردار بودند.»
الهام نیز اظهار داشت: «نباید این نکته ی مهم را در دوره ی کوتاه‌مدت ولی پربرکت ایشان فراموش کرد که وی در تندباد مطالبات حزبی توانست موقعیت حساس دانشگاه‌ها را به سمت ملایمت و عقلانیت پیش ببرد، همچنین در بحث وظایف و ساختار وزارت علوم نیز توانست این مساله را با درایت پیش برد و تلاش ایشان در فرهنگ و عرصه ی علمی کشور ماندنی است.»
البته توفیقی بعد از خارج کردن ردای وزارت به تدریج جایگاه بهتری در بین دانشگاهیان پیدا کرد. حمایت وی از مهندس موسوی و بخصوص نطقش در دانشگاه تهران در اوج اعتراضات به تقلب بزرگ انتخاباتی باعث محبوبیت او در جنبش دانشجویی شد. توفیقی بعد از آن هم بر موضعش ایستاد.
توفیقی در جریان انتخابات ریاست جمهوری یازدهم، رئیس ستاد دکتر عارف شد و در آنجا نیز موضع گیری‌های روشنگرانه‌ای داشت. مجموعه این برخورد‌ها باعث شد تا دانشجویان حضور وی در راس وزارت علوم را تحولی مهم به حساب بیاورند.
سوابق علمی و رویکرد معتدلش نیز سبب دلگرمی و امید اساتید دانشگاه نسبت به تغییرات مثبت در مدیریت دانشگاه‌ها و فضای آکادمیک کشور در شرایط کنونی شد.
اما عملکرد توفیقی در دوره سرپرستی کمتر از انتظارات بود. حتی در این اواخر برخی از نیرو‌های معتقد به گفتمان اعتدال نیز زبان به انتقاد گشودند.
وی در وزارت علوم فقط دو معاون و دو مدیر کل را تغییر داد. توفیقی محمد حسین امید را جایگزین متکان در معاونت مالی و اداری و وحید احمدی را به جای مهدی نژاد در معاونت پژوهشی منصوب نمود. همچنین عبدالحسین فریدون را به عنوان مدیر کل حوزه وزارتی و مهدخت بروجردی را به عنوان رئیس روابط عمومی برگزید.
مهم‌ترین کار توفیقی همکاری و اهتمام در تغییر رئیس دانشگاه آزاد بود که میرزاده جایگزین دانشجو شد. همچنین صدر الدین شریعتی رئیس دانشگاه علامه را نیز از کار برکنار کرد.
اما کندی او در تغییر همه مدیران ارشد وزارت علوم و بخصوص پست‌های حساس مربوط به امور دانشجویی و فرهنگی و همچنین تعلل وی در تغییر روسای دانشگاه وابسته به اصول‌گرایان افراطی با انتقادات مواجه شد.
البته جایگاه سرپرستی ظرفیتی برای تغییرات زیاد ندارد. اما توفیقی می‌توانست بیشتر از این، تحولاتی در وزارت علوم ایجاد کند. در دوره کوتاه سرپرستی وی، هسته مرکزی مدیران دوران کامران دانشجو بر سر کار خود باقی ماندند و تحرکات شان را داشتند. این نیرو‌ها تناسبی با گفتمان و برنامه روحانی نداشتند. همچنین انتظار می‌رفت حداقل روسای دانشگاه‌های تهران، پلی تکنیک، اصفهان و شیراز عوض می‌شدند و کسانی که پیام ۲۴ خرداد تناسب داشتند، بر سر کار می‌آمدند.
تیم کامران دانشجو در ۴ سال گذشته با رانت‌خواری، جایگزین کردن روابط به جای ضوابط، نفی شایسته‌سالاری و گسترش فضای پلیسی در دانشگاه‌ها و اتخاذ رویکرد‌های علط فرهنگی و سیاسی مغایر با رسالت نقادی دانشگاه لطمات زیادی به آموزش عالی در کشور زدند.
آخرین اقدام این گروه پشتیبانی از برگزاری شتاب‌زده انتخابات شورای مرکزی دفتر تحکیم وحدت از سوی جریان جعلی بود که این نهاد دانشجویی ریشه دار کشور را با حمایت بیت رهبری و دستگاه امنیتی کشور غصب کرده اند. غلامرضا خواجه سروی معاون دانشجویی و فرهنگی وزارت علوم، نقش مهمی در برگزاری انتخابات مخدوش و غیر قانونی دفتر تحکیم وحدت داشت.
در حالی که این مجموعه به شدت دچار مشکلات داخلی بود وحتی بخشی از نیرو‌های آن نیز که به ناحق در سال‌های گذشته انجمن‌های اسلامی دانشجویان را تصرف کرده اند، به روند انتخابات اعتراض داشتند.
بنابراین در این شرایط جلوگیری از اجرای این انتخابات و یا لااقل عدم تایید آن از سوی وزارت علوم کار سختی نبود.
از دولت یازدهم انتظار می‌رفت و می‌رود که دفتر تحکیم وحدت را به صاحبان اصلی آن بر گرداند و به فعالیت جریان کاذب و جعلی مشروعیت ندهد. همانگونه که وزارت بهداشت، انتخاباتی که به نام دفتر تحکیم وحدت در ۲۶ مهر ماه انجام شد را غیر قانونی اعلام کرد.
مهدی آیتی معاون دانشجویی و فرهنگی وزارت بهداشت در این خصوص گفت: « بنده به عنوان نماینده رییس هیات مرکزی هیات نظارت تشکل‌های وزارت بهداشت یعنی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اعلام می‌کنم این انتخابات از نظر این هیات مرکزی وجاهت قانونی ندارد.»
البته توفیقی دو برنامه مهم را اعلام کرد که عبارت بودند از بازگشت دانشجویان ستاره‌دار به تحصیل و توقف بازنشستگی اجباری اساتید دانشگاه‌ها. اگر چه مهلت اجرای این وعده‌ها را پیدا نکرد.
به هر حال دوران توفیقی در مدیریت ارشد وزارت علوم پایان یافت. او می‌توانست در این فرصت کوتاه، کارنامه بهتری ارائه نماید. حال باید دید جانشین وی چه کسی می‌شود.
توفیقی جزو نیرو‌های اصلاح‌طلب میانه رو و حد وسط است که در محدوده عدم تعارض با بنیاد‌های نظام، دیدگاه‌های اصلاح‌طلبانه را دنبال می‌کند. او زیاد فرد سیاسی نیست و چهره آکادمیک و فن سالارانه وی برجسته‌تر است.
بر اساس شنیده‌ها، رضا فرجی دانا به عنوان وزیر پیشنهادی علوم به مجلس معرفی شده است. فرجی دانا از چهره‌های اصلاح‌طلب است. خاتمی می‌خواست او بعد از مصطفی معین وزیر علوم شود ولی مجلس ششم به وی رای نداد.
فرجی دانا نیز جزو بخش میانه اصلاح‌طلبان است و تمایل زیادی به فعالیت سیاسی ندارد. او در دوران اصلاحات رئیس دانشگاه تهران بود. بر خلاف تصورات غالب، دکتر منفرد از توفیقی هم سیاسی‌تر بود و هم موضع رادیکال‌تری داشت. اما در کل میلی منفرد، توفیقی و دانا در یک دسته می‌گنجند که مواضع میلی منفرد در سمت چپ و دانا در سمت راست توفیقی قرار می‌گیرند.
اصول‌گرایان تند رو قبلا نسبت به فرجی دانا نیز حساسیت نشان داده بودند. حال باید دید سرنوشت وی در مجلس چه می‌شود. در شرایط کنونی کشور و با نگاه حداقلی، فرجی دانا گزینه قابل قبولی برای اداره وزارت علوم است.
