فراز دیگر مهم چگونگی وقوقع ۱۶ آذر برخورد مقامات است. دکتر علی اکبر سیاسی ماجرای صحبتش با شاه و نخست وزیر وقت سپهبد فضل الله زاهدی را چنین شرح می دهد : « بی‌درنگ با سپهبد زاهدی (نخست‌وزیر) تماس گرفتم و شدیداً اعتراض کردم و گفتم: “با این حرکاتِ وحشیانه مأمورینِ انتظامیِ شما من دیگر نمی توانم اداره امور دانشگاه را عهده‌دار باشم.” گفت: “متأسف خواهم بود، دولت رأسا، از اداره امور آنجا عاجز نخواهد ماند »
« از شاه وقت خواستم و در نظر داشتم نسبت به عمل جنایتکارانه قوای انتظامی اعتراض کنم. شاه مجال نداد و به محض رسیدن من، دست پیش گرفت و گفت: «این چه دسته گلی است که همکاران دانشکده فنی شما به آب داده‌اند، چند صد دانشجو را به جان سه چهار نظامی انداخته‌اید که این نتیجه نامطلوب را به بار آورد؟» گفتم: «معلوم می‌شود جریان را آن طور که خواسته‌اند، ساخته و پرداخته، به عرض رسانده‌اند». شاه گفت: «به دروغ نگفته‌اند عقل هم حکم می‌کند که جریان همین بوده است»[…] گفتم: «هرچه بوده، نتیجه‌اش این است که سه خانواده عزادار شده‌اند و دانشگاهیان ناراحت و سوگوارند…”»
اردشیر زاهدی در کتاب خاطراتش مدعی است شاه بعد از گفتگو با دکتر سیاسی به مسئولین دربار دستور می دهد تا با خانواده شهداء ۱۶ آذر تمس بگیرند و دلجویی نمایند. اما در عین حال مراسم خاکسپاری دانشجویان در شرایط شدید امنیتی و محدودیت های گسترده انجام می شود. خانواده قندچی و بزرگ نیا می گویند در بیمارستان تعمدا از انتقال خون به آنها جلوگیری شده و در نتیجه جان باخته اند. اما دکتر چمران می گوید آنها قبل از رسیدن به بیمارستان مرده بودند.
دکتر سیاسی پیگیری اش را ادامه می دهد و به جلسه هیات دولت می رود. البته اردشیر زاهدی می گوید پدرش به دلیل اهمیتی که به دانشگاه ها می داد از وی دوعوت کرد به هیات دولت برود و با احترام با او برخورد کرد. دکتر سیاسی جریان صحبت هایش در جلسه هیات دولت را چنین توضیح می دهد:
« نخست‌وزیر (فضل‌الله زاهدی) به احترام من از جای برخاست، وزیران به او تأسی کردند[…] معلوم شد گفتگو درباره دانشگاه است[…] نوبت به وزیر جنگ سپهبد (عبداله) هدایت رسید او با حدّت و شدّتی بیشتر به دانشگاه حمله کرد و در پایانِ سخنانش چنین نتیجه گرفت «اگر عضوی از اعضاء بدن فاسد شود آن را قطع می‌کنند تا بدن سالم بماند. دانشگاه را هم در صورت لزوم برای حفظ مملکت باید از بین برد و منحل کرد[…] به آرامی گفتم: نظر تیمسار وزیر جنگ قابل تأمل است؛ اولاً تشبیه دانشگاه به یک عضو بدن و امکان قطع احتمالی آن مانند عضو بدن صحیح نیست، این را «قیاسِ مع الفارق» می‌گویند. عضو بدن را که قطع می‌کنند از خود مقاومت نشان نمی‌دهد و پس از قطع، جسمی می‌شود جامد بی‌جان و بی‌اثر، در صورتی که دانشگاه که از هزاران استاد و دانشجو و کارمند زنده و پویا تشکیل گردیده، اگر مورد حمله قرار گیرد به مقاومت خواهد پرداخت و از خود دفاع خواهد کرد و به فرض اینکه موقتاً خاموش گردد، آتشی خواهد شد زیر خاکستر که سرانجام شعله‌ور خواهد گردید[…] البته دیدها مختلف است هر کس از زاویه مخصوص، احساسات و افکار و ارزشیابی‌های خود به امور می‌نگرد و به قضاوت می‌پردازد[…] فردای آن روز، مأمورین انتظامی که پس از سقوط مصدق در دانشگاه راه یافته بودند آنجا را ترک کردند”.
مهندس روحانی معاون مهندس بازرگان در سازمان آب اظهار می گوید : « «شب قبل که در هیأت وزرا کسانی که خیلی مخالفت کردند، جهانشاه صالح ( وزیر بهداری وقت) و امان الله جهانبانی ( معاون وزیر کشور) ، اینها خیلی علیه دانشجویان نقشه کشیدند و دستور از شب قبل بود که باید کشت، باید کوبید، تکان اگر بخورند بچه‌ها، باید کوبید»
سرلشگر زاهدی منکر طرح و برنامه بود و می گفت افسر فرمانده سربازان بعد از شنیدن شعار های مرگ بر شاه احساساتی شده و دستور شلیک داده است. مهندس بازرگان نیز می گوید تیراندازی به طرف دالانی انجام شد که از آن صدای شعار «مصدق پیروز است، شاه پفیوز است» می‌آمد.
برادر شهید بزرگ نیا می گوید سرهنگ بختیار فرمانده ارتش که دستور شلیک به سمت دانشجویان را صادر کرد بعد ها ارتقاء یافت و فرمانده نظامی تهران شد . او همچنین مدعی است :« بختیار دستور داده بود به تمام سربازان، بخشنامه‌‌اش را آوردند و به ما دادند که «هر سربازی برود امروز در دانشگاه بکشد، ترفیع خواهد گرفت و پاداش می‌گیرد».
چنین سندی بعد از پیروزی انقلاب بدست نیامد و تا کنون مدرکی دال بر اینکه ۱۶ آذر دستوری از سوی دربار شاه ، یا نخست وزیری و یا ارتش برای درگیری با دانشجویان و کشتار آنها بدست نیامده است. همچنین معلوم نیست تشخیص برادر بزرگ نیا در خصوص فرمانده سربازان در ۱۶ آذر درست باشد. چون سرهنگ بختیاری که فرمانده نظامی تهران در دی ماه ۱۳۳۲ شد ،تیمور بختیار معروف است که بعد ها رئیس ساواک گشت. تا کنون در سوابق تیمور بختیار موردی دال بر فرماندهی نیرو های انتظامی در دانشگاه تهران و مسئولیت دستور برای تیر اندازی به سمت دانشجویان عنوان نشده است.
جمع بندی خاطرات و مستندات موجود دو فرضیه را مطرح می کند. نخست تصادفی بودن رویداد فوق و نبود طرح و برنامه قبلی است. این فضیه شواهد تایید کننده بیشتری دارد. بر این مبنا اگر دو دانشجویی که هنوز معلوم نیست چه کسانی بودند ، سربازان را تمسخر و تحریک نکرده بودند ،اساسا واقعه ۱۶ آذر رخ نمی داد. همچنین اگر مسئولین وقت دانشگاه تهران دانشجویان مورد نظر را تحویل می دادند. یا زنگ اضطراری تعطیلی کلاس ها را به صدا در نمی اوردند ، یا دانشجویان علیه شاه شعار نمی دادند ، یا سربازان و فرمانده آنها واکنشی به تحریک دانشجویان نشان نمی دادند ، کسی کشته نمی شد. دستور شلیک نیز بر اساس مسئولیت شخصی فرمانده وقت نیرو های گارد در دانشگاه تهران صادر شده است و نخست وزیری و دربار دخالتی در این اتفاق نداشتند. بنابراین اگر چه فضای پلیسی در دانشگاه تهران سنگین بود و آستانه تحمل رژیم شاه نسبت به اعتراض دانشجویان نیز پایین بود ولی اتفاقی که افتاد حالت تصادفی و غیر منتظره داشت و به هیچ عنوان محتوم نبود.
اما فرضیه دوم که در روایت دکتر چمران ، دکتر رحیم عابدی و خانواده بزرگ نیا برجسته است ، معتقد است حکومت وقت اراده وبرنامه برای کشتن تعدادی از دانشجویان داشت و با تحریک دانشجویان دنبال بهانه بود. دکتر چمران می گوید دانشجویان نهایت هشیاری را با سکوت و بی اعتنایی به رفتار تحقیر آمیز و مغایر با شئونات دانشگاهی به خرج دادند و هیچ کاری که باعث بهانه جویی شود از آنها سر نزد. اما در نهایت که ظلم وستم مامورین نظامی اوج گرفت آنها از موضع دفاعی واکنش نشان دادند. منتها در فرضیه دوم نیز دلایلی برای منتسب کردن حمله به دانشگاه تهران به زاهدی و محمد رضا شاه پهلوی وجود ندارد.
حال اگر حتی فرض کنیم ۱۶ آذر تصادفی بوده و سناریوی اول درست است. اما بررسی و رصد کردن تحولات بعد و قبل از ۱۶ آذر نشان می دهد این رویارویی خونین اجتناب ناپذیر بوده است. از فردای برکناری غیر قانونی و ناموجه دکتر مصدق سربازان وارد دانشگاه تهران شده و عملا دانشگاه در تسخیر نیروی نظامی بود.بازگشت شاه و شکست جنبش ملی صنعت نفت در تابستان رخ داد که دانشگاه ها تعطیل بود. بعد از بازگشایی دانشگاه ها ، حکومت با احساس آسیب پذیری در برابر اعتراضات دانشجویان ، پیشاپیش نیروی نظامی را به دانشگاه آورد.
علی رغم تسلط دولت زاهدی بر کشور و قلع وقمع مخالفان ولی دانشگاه از آزادی نسبی برخوردار بود و دانشجویان در پشت میله های دانشگاه به اعتراض و دفاع از دولت دکتر مصدق پرداختند. پتانسیل اعتراضی در داخل دانشگاه جمع شده بود و شاه و زاهدی برای تثبیت خود باید این پتانسیل مخالفت را مهار می کردند. بنابراین حکومت نمی توانست نسبت به رشد اعتراضات در دانشگاه بی تفاوت بماند واز سوی دیگر دانشجویان نیز به دلیل خصلت آرمان گرایی دانشجویی و سنت روشنگری دانشگاه نمی توانستند نسبت به تثبیت استبداد و خودکامگی سکوت پیشه کنند. بنابراین زمینه برخورد مهیا بود ومنتظر یک جرقه بود.
همانگونه که خاطرات نشان می دهد بسیج نیرو های نظامی و انتظامی به دانشگاه و انجام برخورد های تحقیر آمیز با هدف هشدار به دانشجویان و بالا بردن هزینه اعتراض صورت گرفت . در این میان ایستادگی دانشجویان در برابر برخورد قلدرانه نظامیان و زیر پا گذاشتن اصول آکادمیک و لگد مال کردن کیان دانشگاه ، فرمان حمله موعود به دانشگاه را صادر کرد.
این فرمان درست است که در ۱۶ آذر ۱۳۳۲ و بر اساس تشخیص فرمانده وقت رخ داد ولی نطفه آن بعد از سقوط دولت مردمی و دموکراتیک دکتر مصدق و تصمیم حکومت برای بازسازی مناسبات استبدادی گرفته شده بود.
بنابراین وقتی دانشجویان شاه را به عنوان محور اصلی خودکامگی مورد حمله قرار دادند و خشم خود را نسبت به اراده خودکامه وی آشکار ساختند ، نیرو های نظامی به عنوان اهرم های فشار حکومت استبدادی ، سینه دانشجویان را آماج گلوله های کین کردند. در آن لحظه فرمانده مورد نظر در اراده خودکامه شاه و تصمیم وی در خاموش کردن اعتراضات وحدت یافته و احساس این همانی کرد. مرگ بر شاه نفی نظام و مناسباتی را دنبال می کرد که فرمانده فوق به اندامی از آن سیستم بود و موقعیت و موجودیتش را مدیون آن می دانست . ارتش در دوران شاه به مانند سپاه در زمان جمهوری اسلامی با ایده مرکزی جان نثاری در برابر شاه و ولی فقیه واطاعت محض در برابر راس قدرت و جایگزینی وفاداری به مملکت و کشور با شخص وی سامان یافته بود.
این ارتش نمی توانست تهاجم به فرمانروا و ولی نعمت خود را تحمل نموده و از کنار آن بی تفاوت بگذرد بلکه باید شدید ترین واکنش را نشان دهد .
ازاینرو اگر ۱۶ آذر ۱۳۳۲ اتفاق نیفتاده بود ،در تاریخ دیگری منازعه خونین بین دانشجویان و دستگاه نظامی و امنیتی محمد رضا شاه پهلوی پیش می آمد. کما اینکه حمله به دانشگاه با ۱۶ آذر پایان نیافت و در مقاطع بعدی نیز ادامه یافت. اما ۱۶ آذر نقطه اوج و نمادین تضاد آشتی ناپذیر بین” دانشگاه مستقل و متعهد به روشنگری و نقادی” و “ساخت قدرت مطلقه وخودکامه” شد.
