دوره دوم ریاست جمهوری رفسنجانی با گسترش اختلافات بین رهبری و رفسنجانی آغاز شد و مسیر دو همراه قدیمی از هم جدا شد. خامنهای بر خلاف دهه شصت که سعی می‌کرد در موضع مدافع مطلق وضعیت موجود نباشد حال به طرف محافظه‌کاری و پاسداری از سنت رفتاری جمهوری اسلامی رفت.
اما رفسنجانی راهبرد توسعه اقتصادی و آشتی با دنیا و نوسازی فرهنگی محدود را برگزید و از وضع موجود و گذشته خود فاصله گرفت. از زاویه دیگر خامنهای نمی‌خواست قدرت را با رفسنجانی تقسیم کند و در اندیشه تسخیر کامل قدرت بود. لذا برنامه‌اش به حاشیه راندن رفسنجانی و محدود کردن حوزه تاثیرگذاری بعد از پایان ریاست جمهوری بود.
اما رفسنجانی برعکس می‌خواست در صحنه حکومت قدرتمند بماند و حداقل نقش فرد دوم را داشته باشد. این تفاوت انتظارات تنش بین آنها را گسترش داد و منجر به شکل‌گیری رویدادهایی در عرصه سیاسی ایران شد. خامنهای جناح راست را به عنوان ابزار و تکیه‌گاهش در این مقطع بیشتر مورد توجه قرار داد و با کمک آنها پروژه محدودسازی رفسنجانی و دولت سازندگی را پیش برد.
جناح راست که اکثریت مجلس چهارم را در دست داشت بر خلاف دوره ریاست جمهوری اول رفسنجانی که مخالفت با او را مخالفت با پیامبر و انداختن تیر به خیمه امام حسین بشمار می‌آورد به انتقاد از عملکرد دولت در عرصه سیاسی، اقتصادی و فرهنگی پرداخت. با چراغ سبز خامنهای، بر شدت حملات مجلس و مجموعه‌های سیاسی و رسانه‌ای اصولگرایان به دولت رفسنجانی افزوده شد.
عامل دیگری که اگر چه مستقل بود اما تنور منازعه بین دولت سازندگی و بیت رهبری را گرم می‌کرد، شکل‌گیری رویکرد جدیدی در بین بخشی از نیروهای وابسته به جناح چپ بود. خروجی فعالیت‌های آنها در روزنامه سلام و بعد با تاسیس سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی در رسانه آنها «عصر ما» منعکس می‌شد. این نیروها اگر چه در دولت و مجلس حضور پر رنگی نداشتند اما در سطوح میانی و پایینی تاثیرگذار بودند و از همه مهمتر سه وزارتخانه ارشاد، علوم و تا حدی کشور در دست آنها بود.
تحولاتی که سید محمد خاتمی پیدا کرده بود و به دنبال ایجاد فضای باز فرهنگی و رسانه‌ای بود اصلا به مذاق خامنهای خوش نمی‌آمد. از این رو فشار بر خاتمی زیاد شد و حملات احمد جنتی در نماز جمعه تهران اوج آنها بود. در نتیجه خاتمی در سال ۱۳۷۱ استعفا داد.
فشار جناح راست و فعال شدن دوباره گروه‌های فشار باعث شد تا رفسنجانی عبدالله نوری و مصطفی معین را برای دوره دوم به عنوان وزیر انتخاب نکند. در نتیجه سه چهره شاخص وابسته به جناح راست چون میر سلیم ، علی محمد بشارتی و هاشمی گلپایگانی در صدر وزارت‌خانه‌های ارشاد، کشور و علوم قرار گرفتند.
خامنهای در راستای محدود کردن بیشتر رفسنجانی با فشار غیرمستقیم، فضا را به سمتی برد تا حسین مرعشی از ریاست دفتر ریاست جمهوری استعفا دهد.
برنامه تعدیل اقتصادی رفسنجانی نیز توسط مجلس با تغییراتی همراه شد و خود مشمول تعدیل شد. خامنهای در این مقطع کوشید تا با برجسته‌سازی شعار عدالت جلوی گسترش مناسبات اقتصاد آزاد و تقویت بخش خصوصی و فربه شدن طبقه متوسط را بگیرد.
با موافقت او وزارت اطلاعات حیطه فعالیت‌هایش در حوزه‌های اقتصادی را گسترش داد و قوه قضاییه به سراغ برخی از سرمایه‌داران رفت و پرونده‌هایی برای تحت فشار قرار دادن صاحبان سرمایه باز شد. شاخص‌ترین انها پرونده فاضل خداداد و برادران افراشته بود.
خامنه ای در این دوره مرجعیتش را علنی کرد. اگر چه بعد از انتصاب وی به رهبری و تصویب تغییرات در قانون اساسی ادعا شد که مرجعیت و رهبری تفکیک شده است، اما او گام به گام برنامه‌ای را برای ادعای مرجعیت جلو برد. ابتدا جلسات درس فقه وی با آیت‌الله مومن و شاهرودی به عنوان جلسات مباحثه و گفت‌وگو جلوه داده شد.
سپس اظهار نظرهای فقهی وی به مناسبت‌های مختلف در عرصه عمومی انتشار یافت. بعد برخی فتاوی وی برای اولین بار در بیروت منتشر شد و توجیه گشت که آنها برای شیعیان خارج از کشور است که توجه ویژه‌ای به رهبری دارند. از سال ۱۳۶۹ پرداخت شهریه به طلاب داخل و خارج کشور را شروع کرد و همچنین از سال ۱۳۶۹ برای اولین بار درس خارج فقیه را تدریس کرد.
بعد از فوت آیت‌الله خوئی، گلپایگانی و اراکی، وی زمینه را برای اعلام رسمی مرجعیت خود مناسب یافت. بعد از درگذشت اراکی، وزارت اطلاعات نامه‌هایی را از برخی چهره‌های روحانی مبنی بر تایید مرجعیت رهبری در پاسخ به سئوال افرادی که عمدتا ناشناخته بودند گرفت.
جامعه مدرسین حوزه علمیه قم اسامی شش نفر را به عنوان مرجع تقلید اعلام کرد که نام یکی از آنها خامنهای بود. این اتفاق با اعتراض سنگین آیت‌الله منتظری و آذری قمی در داخل و سید محمد حسین فضل الله در خارج از کشور مواجه شد. آذری قمی در این مقطع راهش را عوض کرد و در مقابل خامنهای قرار گرفت. آیت‌الله موسوی اردبیلی نیز به نحوی غیر مستقیم به مرجعیت وی در نماز جمعه تهران اعتراض کرد که بعدا به صورت محترمانه از امامت جمعه تهران کنار گذاشته شد.
در این دوره فشار خامنهای بر آیت‌الله منتظری بیشتر شد و دادگاه ویژه روحانیت سختگیری بر شاگردان وی را افزایش داد و هجوم و توهین گروه‌های فشار به وی افزایش یافت.
خامنهای در این دوره سپاه و بسیج را سازماندهی جدیدی داد و آنها را به صورت متشکل در عرصه سیاسی و اقتصادی فعال کرد. گروه‌های فشار تحت نام حزب‌الله به عنوان بخش غیر رسمی و پنهان خشونت دولتی به کنترل و خنثی‌سازی منتقدان و مخالفان پرداختند قدرت گروه‌های فشار و محافل رسانه‌ای آنها مانند کیهان به قدری افزایش یافت که هیچ نیرویی را جلودار خود نمی‌دیدند.
در این دوره جامعه ایران بعد از جنگ و کاهش محدودیت‌ها وارد فصل جدیدی از حیات خود شده و گرایش‌های تحول‌خواهانه جدیدی بوجود آمده بودند. نخست رشد تجدیدنظرخواهی در جناح چپ بود که پایگاه اصلی آن در مرکز تحقیقات استراتژیک و روزنامه سلام بود.
جریان تازه‌ای نیز تحت نام روشنفکری دینی حول دکتر عبدالکریم سروش و نشریه کیان شکل گرفته بود که رویکرد نوین معرفتی و سیاسی را مطرح می‌ساخت. جریان دیگر جمع شدن چهره‌های ملی مذهبی حول ماهنامه ایران فردا متعلق به مهندس عزت‌الله سحابی و تحرک بیشتر نهضت آزادی بود. جریان‌های سکولار و لائیک نیز در نشریات فرهنگ توسعه، آدینه و کانون نویسندگان تحرکاتی داشتند.
خامنهای در مصاف با این جریان‌های انتقادی سیاست سرکوب را در پیش گرفت. او به این جمع‌بندی رسیده بود که نظام نسبت به تغییرات فرهنگی آسیب‌پذیر است. از این رو با تئوری تهاجم فرهنگی زمینه برخورد با روشنفکران و اهالی فرهنگ را پایه گذارد و تئوری وی که خطر نویسندگان و روشنکفران و متفکران را از گروه‌های اپوزیسیون سنتی و معتقد به مشی مسالمت‌آمیز خطرناک‌تر می‌دانست زمینه را برای فعالیت‌های آشکار و پنهان وزارت اطلاعات در کشتار درمانی و ترور و اذیت و آزار دگراندیشان مساعد ساخت. او همچنین به طور مستقیم به نظریات دکتر عبدالکریم سروش حمله کرد. بعد از حمله وی گروه‌های فشار مانع سخنرانی دکتر سروش در دانشگاه‌ها و مراکز عمومی شدند. در کل وی مسائل فرهنگی را امنیتی ساخت و هر نوع تجدیدنظرطلبی را به استحاله و انحراف از آرمان‌های انقلاب متهم کرد.
ترور جمع زیادی از نویسندگان، شاعران، فعالان سیاسی، رهبران اقلیت‌های مذهبی و فعالان قومیتی و به زندان افکندن بخشی دیگر از مهمترین سیاست‌های کنترلی خامنهای برای خنثی‌سازی اعتراضات و مطالبه برای تغییر بود.
در سیاست خارجی خامنهای سپاه قدس را به بازیگر اصلی در خاورمیانه تبدیل کرد و با نگاه به شرق جایگاه ایران را در ائتلاف ضدآمریکایی قرار داد و با هر حرکتی که ضرورت بهبود رابطه با آمریکا را طرح می‌کرد، برخورد تندی نمود.
او در این مقطع در حالت دفاعی قرار گرفته بود و هم و غمش را در جلوگیری از تحقق خواست گروه‌های مختلف معترض به وضع موجود و حفظ مناسبات فرهنگی و سیاسی قرار داد.
یکی از اتفاقات مهم که بعدا برای خامنهای دردسرساز شد تلاش وی برای استفاده از پتانسیل دانشگاه‌ها علیه دولت رفسنجانی بود. دولت سازندگی سیاست غیرسیاسی کردن دانشجویان را جلو می‌برد و در دوره دوم ریاست جمهوری‌اش فشار بر جنبش دانشجویی افزایش یافته بود. خامنهای در سال ۱۳۷۳ طی پیامی به نشست سالانه دفتر تحکیم وحدت، دست‌هایی را لعنت کرد که دنبال ان هستند دانشجویان را غیر سیاسی نمایند. او می‌پنداشت می‌تواند دانشجویان منتقد را علیه دولت بسیج نماید.
اگر چه جنبش دانشجویی وقت نسبت به عملکرد دولت سازندگی نقد داشت اما این پیام باعث تجدید حیات دفتر تحکیم وحدت شد و گسترش فعالیت‌های آن زمینه را برای تحولات بعدی آن هموار کرد. تضاد دانشجویان منتقد با خامنهای بیشتر از رفسنجانی بود.
رفسنجانی در آستانه انتخابات مجلس پنجم و بعد از اینکه فهمید جناح راست حاضر به اختصاص بخشی از کرسی‌های مجلس به نزدیکان وی نیست، با راه‌اندازی حزبی از سوی آنها موافقت کرد. خامنهای نسبت به این جریان احساس خطر کرد و ابتدا وزراء را از پیوستن به کارگزاران سازندگی منع کرد. اما نتیجه انتخابات بر خلاف تصور وی شد و کارگزاران توانست فراکسیون منسجمی در مجلس پنجم تشکیل دهد.
طرح دیگر نزدیکان رفسنجانی بحث برداشتن محدودیت دو دوره متوالی ریاست جمهوری بود. عبدالله نوری اولین فردی بود که ضرورت مادام‌العمری ریاست جمهوری رفسنجانی را مطرح ساخت. نوری رئیس فراکسیون اقلیت در مجلس پنجم بود. اما خامنهای در همان ابتدا طی سخنرانی علنی با این طرح محکم مخالف کرده و آن را در نطفه خفه کرد.
در فضای فوق خامنهای تصمیم گرفت که با اتکاء به جناح راست و سپاه پاسداران تهدید‌ها را مهار کند و با ریاست جمهوری علی اکبر ناطق نوری حاکمیت یکپارچه‌ای را درست نماید. اما در آن مقطع فکر نمی‌کرد که فضا به سمت دیگری می‌رود و شکاف در قدرت افزایش یافته و جریان‌های تحول‌خواه نیز در جامعه قوی‌تر می‌شوند.
