برنامه خامنهای برای انتخابات ریاست جمهوری هفتم انتقال ریاست جمهوری از حلقه نزدیکان رفسنجانی به جناح راست بود تا حاکمیت بیشتر در چارچوب نظرات وی منسجم گردد. تشکیلات تحت فرماندهی وی برای پیروزی ناطق نوری بسیج شده بودند. بسیج، گروه‌های فشار، ائمه جمعه و جماعات، شورای نگهبان همگی به تبلیغات مستقیم و غیرمستقیم برای رئیس مجلس پنجم پرداختند. پاسخ منفی مهندس میرحسین موسوی به تقاضاها برای کاندیداتوری نیز تحت تاثیر نگاه منفی خامنهای به حضور رقیب جدی در انتخابات بود. اما تردید در رای‌آوری خاتمی باعث شد تا خامنهای با کاندیداتوری او مخالفت نکند.
علی‌رغم کدهای آشکار و پنهانی که خامنهای در حمایت از ناطق نوری صادر کرد اما موج اجتماعی گسترده‌ای در داخل کشور به راه افتاد و در اتفاقی عجیب و غیرقابل پیش‌بینی خاتمی را با کسب بیش از ۲۰ میلیون رای بر مسند ریاست جمهوری نشاند. در واقع بخش منتقد و فرو دست حکومت در پیوند با بخش‌هایی از اپوزیسیون سیاسی و نیروهای معترض به وضع موجود از زاویه فرهنگی و سیاسی پدیده جدیدی را در تاریخ جمهوری اسلامی شکل داد که تا به امروز تداوم پیدا کرده است و رقابت‌های سیاسی از بازی بین خودی‌ها خارج شده و نیرو های اجتماعی مستقل و دگراندیش نیز به عنوان یک متغیر امکان تاثیرگذاری پیدا کرده‌اند.
خامنه ای در مواجه با این پدیده که شوکی برایش و بخش مسلط قدرت بود، خود را نباخت. وی پیشنهاد برخی از بخش‌های تند روی جناح راست مبنی بر عدم تنفیذ حکم خاتمی را نپذیرفت و به جایش راهبرد مهار وی در یک حرکت تدریجی را برگزید. در واقع خامنهای راهبرد تبدیل تهدید به فرصت را انتخاب کرد.
در این دوره خامنهای تصمیم بزرگ دیگری نیز گرفت. شکست فاحش ناطق نوری وی را از جناح راست و نیرو های سنتی آن نا امید ساخت و وی را در فکر انداخت که جریان جدیدی را در بین کارگزاران حکومتی شکل دهد. عامل دیگری که به این پروسه شتاب بخشید، افت روحیه بخش مهمی از نیروهای شناخته شده جناح راست بود که خود را باخته بودند. اما بخشی از نیروهای جوان و لایه‌های میانی آن بر عکس اعتقاد به تقابل داشتند و شرایط را قابل بازگشت ارزیابی می‌کردند. این نیروها هسته اولیه جریانی که بعدا به سوم تیر شهرت یافت را تشکیل دادند. محمود احمدی‌نژاد بر بستر تلاش‌های این گروه بالا آمد.
البته رویکرد جدید خامنهای ریشه‌های قبل‌تری هم داشت. وی تثبیت هر چه بیشتر رهبری خود و حکمرانی فردی را در شکل‌گیری هیات حاکمه‌ای می‌دانست که موقعیتش را کاملا به وی مرهون باشد و فاقد تعلق به جناح‌ها یا شخصیت‌هایی باشد که موقعیتی هم‌طراز و یا نزدیک به خامنهای در جمهوری اسلامی داشتند.
در این دوره راهبرد خامنهای تشکیل جریان جدید در حکومت با شکست دادن دوگانه‌سازی حاکمیت، خنثی‌سازی پیشروی اصلاح‌طلبان و فاصله گرفتن از جناح راست سنتی بود
او فضای بیشتری به سپاه و بسیج در تقابل با جنبش اصلاحی دوم خرداد و ناکامی آن داد.
محسن رضایی جایش را به رحیم صفوی داد. فضای بازمطبوعاتی و نشاطی که در عرصه سیاسی ایجاد شده بود و همچنین تحرک جنبش دانشجویی مهمترین معضلات خامنهای بودند. او در فاز اول تصمیم به مهار خاتمی و ایجاد شکاف در بین اصلاح‌طلبان به تندرو و معتدل و تحریک نیرو های سنتی این جریان پرداخت.
به لحاظ نظری اصلاحات را مبارزه با فقر، فساد و تبعیض نامید و با قلب ماهیت آن وجهه‌ای حکومتی بدان داد. در واقع در گفتمان رسمی حکومت ارتباط بین اصلاح‌طلبی و تغییرات سیاسی و فرهنگی را رد نمود.
فاز دوم فعال کردن گروه‌های فشار و بخش شبه‌دولتی خشونت بود. اما برخورد خاتمی با وقوع قتل‌های زنجیره‌ای محکم بود و موفق شد این پروژه را متوقف سازد اگر چه در جراحی و ریشه‌کن کردن آن از دستگاه امنیتی کشور کامیابی نیافت ولی تفریبا پرونده ترور مخالفان در جمهوری اسلامی بسته شد. خامنهای با قربانی کردن سعید امامی نفر دوم اطلاعات در دوره ریاست فلاحیان و بازی پیچیده نیازی رئیس وقت سازمان قضائی نیروهای مسلح عقب‌نشینی تاکتیکی کرد ولی نگذاشت تحقیقات مسیر درست و طبیعی خود را بپیماید. در نهایت پرونده در دادگاه منحرف شده و آمران و تصمیم‌گیران اصلی از پیگرد قضایی مصون ماندند.
خامنهای در گام دیگر سعی کرد بخش‌هایی در حکومت که در شکل‌گیری دوم خرداد موثر بودند را تصفیه نماید. از این رو کرباسچی و شهرداری تهران آماج حمله قرار گرفت. موج دیگری از تصفیه در سپاه جریان یافت.
فعال شدن قوه قضاییه در برخورد با مفاسد اقتصادی و اداره پرونده شهرام جزایری در چارچوب بدنام‌سازی اصلاح‌طلبان و متهم کردن آنها به آلودگی اقتصادی و یا حمایت مالی جریان‌های آلوده از آنها دیگر برنامه خامنهای در این دوره بود. روند رسیدگی به مفاسد اقتصادی مسیر اصولی را طی نکرد و به یک ابزار تصفیه حساب جناحی تنزل یافت.
نتیجه انتخابات شوراهای شهر خامنهای را در ضرورت مهار نهادهای انتخابی به صورت ساختاری مصمم‌تر ساخت. برخورد با جنبش دانشجویی که به صورت موردی انجام می‌شد در ۱۸ تیر ۱۳۷۸ به اوج رسید و روند رو به رشد آن را با اختلالات جدی مواجه ساخت. خامنهای در جنبش اعتراضی ۱۸ تیر ابتدا خود را باخت ولی با میدان‌داری سپاه و بسیج به سرعت بر اوضاع مسلط شد. این بار خاتمی ضعیف عمل کرد و نه تنها از فرصت ۱۸ تیر برای عقب راندن هر چه بیشتر اقتدارگرایان استفاده نکرد بلکه خود نیز عقب‌تر رفت. از این مقطع به بعد خامنهای گام به گام جلوتر آمد تا در نهایت پرونده جنبش اصلاحی بسته شد.
استیضاح عبدالله نوری نیز با اشاره و هدایت خامنهای صورت گرفت. مهاجرانی نیز تحت فشار‌ها عملا مجبور به کناره‌گیری شد. خامنهای بعد پیروزی خاتمی شخصا مداخله کرد و اجازه نداد عبدالله نوری با ناطق نوری بر سر ریاست مجلس پنجم در سال ۱۳۷۶ رقابت کند. شکست سنگین ناطق نوری و افت روحیه جناح راست زمینه را برای پیروزی عبدلله نوری در انتخابات مساعد ساخته بود.
در سال ۱۳۷۸ رئیس قوه قضاییه عوض شد و خامنهای به این نتیجه رسید تغییر در قوه قضاییه ضروی است و سید محمود شاهرودی که فقیهی برجسته بود را بر این سمت گمارد . اما او نقش اصلی در مدیریت قوه قضاییه را نداشت بلکه شعب خاص و به خصوصی و امثال سعید مرتضوی پرونده‌های سیاسی و خاص را در دست داشتند.
خامنهای در بهار ۱۳۷۹ تصمیم به تعطیلی گسترده مطبوعات گرفت تا یکی از دوره‌های رونق مطبوعاتی ایران به پایان برسد. او در سخنرانی در نماز جمعه حمله سنگینی به مطبوعات اصلاح‌طلب و دگراندیش کرد و آنها را پایگاه دشمن خطاب نمود. بعد از موضعگیری وی دادگستری تهران بیش از ۱۷ روزنامه و نشریه را به صورت فله‌ای بست و تعدادی از روزنامه‌نگاران شاخص دستگیر شدند.
در انتخابات مجلس خامنهای فضای انتخابات را به طور نسبی باز گذاشت اما جلوی حضور نیروهای غیر خودی را گرفت. با شروع به کار مجلس ششم معلوم شد که اراده اکثریت مجلس برای تغییر سیاسی جدی است. خامنهای در گام نخست با صدور حکم حکومتی جلوی اصلاح قانون مطبوعات را گرفت. وی با احساس خطر از عملکرد مجلس راهکارهای مختلفی را برای بازدارندگی تدوین کرد. ایستادگی محکم شورای نگهبان و رد قوانین مصوب مجلس، برخورد قوه قضاییه با نمایندگان آزاد اندیش، تقویت بخش محافظه‌کار اصلاح‌طلبان در مجلس، برخورد دوگانه با مهدی کروبی رئیس مجلس ششم و تهدیدهای پیدا و پنهان سپاه راهکارهای اصلی وی برای عقیم‌سازی مجلس اصلاح‌طلب بودند.
خامنهای در این دوره در راستای محدود کردن نهادهای انتخابی محدوده فعالیت مجمع تشخیص مصلحت نظام را نیز گسترش داد که عملا حوزه مانور دولت و مجلس را کاهش داد.
خامنهای در سا ل ۱۳۷۹ بعد از نا امیدی از وزارت اطلاعات در برقراری فضای پلیسی و ارعاب‌آفرینی، اطلاعات موازی را با استفاده از ظرفیت‌های سپاه، نیروی انتظامی و قوه قضاییه شکل داد. این مجموعه برخورد با گروه‌های ملی‌مذهبی، نزدیکان آیت‌الله منتظری، فعالان جنبش دانشجویی و فعالان عرصه مجازی را در دستور کار قرار داد و فعالیت‌هایش را در پوشش مبارزه با پروژه براندازی خاموش شروع کرد.
در این دوره با هدایت و سیاست‌گذاری خامنهای برنامه‌های هسته‌ای حکومت سرعت زیادی پیدا کرد و حساسیت‌آفرین شد. وی در راستای اهداف امنیتی و بازدارندگی فرمان داد تا آژانس انرژی اتمی به سمت گسترش قابلیت‌های هسته‌ای و دستیابی به فناوری هسته‌ای حرکت کند. سپاه نیز در این مسیر نقش مهمی را ایفا کرد. بعد از برخورد غرب با فعالیت‌های هسته‌ای حکومت با صلاحدید خامنهای شورای امنیت ملی عهده‌دار مدیریت مذاکرات شد. او ابتدا پذیرفت که ایران با تروئیکای اروپا به توافقی دست پیدا کند و غنی‌سازی اورانیوم موقتا تعلیق شود. اما در پایان دوره ریاست جمهوری خاتمی نظرش را تغییر داد و از دولت اصلاحات خواست تا تاسیسات نطنز و اصفهان را فک پلمپ نماید.
در این دوره خامنهای کماکان نظر به حاشیه‌ای کردن رفسنجانی داشت منتها در نیمه اول دوران اصلاحات از رفسنجانی به صورت تاکتیکی در کنترل اصلاحات استفاده کرد و این دو اهداف مشترکی داشتند. اما در پایان دوره که رفسنجانی قصد حضور دوباره در ریاست جمهوری را داشت در مقابل او ایستاد.
در آستانه دومین دوره ریاست جمهوری خاتمی عرصه بر اصلاح‌طلبان تنگ شده بود. شکاف سپاه و قوه قضاییه با دولت و مجلس شدت یافت. خامنهای جلوی ریاست جمهوری مجدد خاتمی را نگرفت اما حوزه فعالیت وی را بیشتر محدود ساخت. کابینه دوم خاتمی در حالی که اکثریت مجلس با آن همراه بود به مراتب محافظه‌کارتر بود و فاصله‌اش با برنامه اصلاحی بیشتر بود.
خامنهای در دومین دوره انتخابات شوراها با تایید صلاحیت اعضاء نهضت آزادی و ملی‌مذهبی‌ها برخورد منفی کرد. اما پیروزی آبادگران باعث قوت قلب وی برای ایجاد حاکمیت یکپارچه و تشکیل دولت مطلوبش شد. از نیمه دوم جریان اصلاحات تحت هدایت خامنهای جریان جدیدی در بخش محافظه‌کار حکومت شکل گرفت که متکی به نیروهای پرورش یافته درنهادهای اطلاعاتی و امنیتی بود. در این دوره بسیج گسترش تشکیلاتی بیشتری پیدا کرد .
شهردار شدن محمود احمدی‌نژاد آغاز رشد نیروهای جدید مورد نظر بیت بود که قرار بود در نهایت جایگزین دو جناح قدیمی شوند و جریانی فرا حزبی و جناحی تحت اطاعت از ولی فقیه شکل دهند. البته برخی از این نیروها چون احمدی‌نژاد وابسته به جناح راست بودند اما رشد و بر کشیدن آنها خارج از مناسبات جناح راست صورت گرفت.
در سیاست خارجی خامنهای بعد از کشته شدن دیپلمات‌های ایرانی توسط طالبان حاضر به جنگ با طالبان نشد. وی ابتدا بعد از حمله آمریکا به افعانستان عقب‌نشینی کرد و همکاری تاکتیکی با امریکا در افغانستان را برگزید. اما در ادامه کوشید ضمن تقابل با سیاست نظامی‌گری آمریکا در خاور میانه مخالفت کرده و خلاء قدرت بوجود آمده در عراق و افغانستان را پر کرد. در این دوره وی گسترش بیداری اسلامی در خاورمیانه را طرح کرد و سعی نمود خود را در قالب رهبری این حرکت نشان دهد. گسترش فعالیت‌های سپاه قدس ابزار اصلی برتری‌طلبی وی در منطقه بود.
در این دوره خامنهای بیشتر خود را در هیات مرجع تقلید برجسته ساخت. فشار بیشتری به به حوزه‌های علمیه اعمال کرد. وی در این دوره جریان جدیدی را در حوزه‌های علمیه بوجود آورد که ضمن مطالعه مباحث جدید و مبانی معرفتی مدرن اما آنها را در خدمت سنت‌گرایی قرار دهند. همچنین با چراغ سبز وی سپاه فعالیت‌هایش در حوزه‌های علمیه را گسترش داد و مدارس دینی تاسیس کرد.
خامنه ای واکنشی تند به سخنرانی انتقادی آیت‌الله منتظری نشان داد و وی را حصر خانگی کرد. در عین حال ارتباطاش را با آیت الله بهجت گسترش داد. اما در این دوره فضای زیادی به را به مصباح یزدی داد تا او در مقام تئوریسن گروه‌های خشونت‌طلب، خوراک نظری برای تقابل با تجدید نظر طلبی در درون نظام را تامین نماید.
بر خلاف مجلس ششم شورای نگهبان تحت فرمان خامنهای اکثریت قریب به اتفاق اصلاح‌طلبان و نیرو های مستقل را در انتخابات مجلس هفتم رد صلاحیت کرد. اصولگرایان در میدان بدون رقیب کرسی‌های مجلس را در اختیار گرفتند. خامنهای با هشدار به دولت خاتمی هم جلوی استعفای استاندارها را گرفت و هم برگزاری انتخابات مهندسی شده را به دولت اصلاحات تحمیل کرد.
در پایان دوره اصلاحات خامنهای در موقعیت قدرتمندی قرار گرفت. وی توانست با کارشکنی و حرکتی سازمان‌یافته و تدریجی اصلاحات را به شکست بکشاند. در عین حال نیروی سیاسی مورد نظرش را در درون نظام شکل دهد و در منطقه نیز موقعیتش را ارتقاء دهد. او تهدیدات داخلی و خارجی را در این دوره خنثی ساخت.
