نوع برخورد با جنگ ایران وعراق دیگر حوزه اختلاف نظر بین آیت الله سید محمد شیرازی و جمهوری اسلامی بود. نظر آیت الله شیرازی به دو دوره متفاوت تقسیم می شود. در آغاز جنگ و با توجه به تجارب حضورش در عراق و ارتباطاتی که داشت راهکار حمایت از مردم عراق ومسلح کردن عشایر عراق برای جنگ با حکومت مرکزی به جای درگیر شدن مستقیم ایران در جنگ با صدام را مطرح کرد.
وی به حکومت ایران پیشنهاد داده بود تا به جای رویارویی مستقیم با صدام به تحریک مردم عراق برای انقلاب و مسلح کردن عشایر بپردازند وحاضر شده بود در این مسیر واسطه میان حکومت ایران و بزرگان قبایل وعشایر عراق باشد.
اما حکومت ایران این طرح را نپذیرفت . البته معلوم نیست این طرح چگونه می توانست موجب خروج ارتش عراق از خاک ایران و مناطقی که اشغال کرده بود بشود.
آیت الله شیرازی در آغاز جنگ فتوا به ضرورت دفاع از کشور وجهاد با صدام داد و مردم را تشویق کرد تا در جنگ حضو رپیدا کرده وبا نیرو های عراقی بجنگند. اما در ادامه و بخصوص بعد از فتح خرمشهر نظرش تغییر پیدا کرد وبر ضرورت آتش بس تاکید نمود. وی استدلال می کرد جنگ بعد از فتح خرمشهر و دفع تجاوز ، جنگی دو سر بازنده و تنها وتنها جنگی فرسایشی خواهد بود. این مسأله بر تنش بین وی و حکومت افزود.
مسأله مناقشه برانگیز دیگر دیدگاه اقتصادی آیت الله شیرازی بود که بشدت با سیاست اقتصادی چپ گرایانه آیت الله خمینی وجناح چپ جمهوری اسلامی زاویه داشت. آزادی تجارت و بازار رقابتی آزاد از دید آیت الله شیرازی مفاهیمی کلیدی در منظومه اقتصادی اسلامی بشمار می آمدند. او حامی سنت حوزه های علمیه در زمینه اقتصاد بود که با دیدگاه های راست قرابت بیشتری داشت. از این زوایه آیت الله شیرازی بیشتر با جناح راست حکومت نزدیک بود.
از این رو بخش دیگری از دروس خود را به مسأله اقتصاد در اسلام اختصاص داد. انتقادات وی از روش های اقتصادی حکومت و منتسب کردن آنها به تعارض با اسلام حکومت را به خشم آورد که برخی از طلبه های حامی حکومت برخی از جلسات درس وی را بر هم زده و شعار مرگ بر ضد ولایت فقیه سر می دادند.
مخالفت با مصادره اموال نقطه اختلاف برانگیز دیگری بود که آیت الله شیرازی موضع تندی بر علیه این اقدام حکومت داشت. از دید وی حکومت شرعا مجاز نبود به مصادره اموال افرادی بپردازد که به اتهامات سیاسی محکوم شده بودند. از دید وی اقدام حکومت غصب اموال مردم و خود گناه بزرگی بود.
افزایش تنش بین آیت الله سید کاظم شریعتمداری و حکومت و همچنین دیگر مراجع چون آیت الله سید حسن قمی باعث شد تا آیت الله شیرازی به حمایت از آنها پرداخته و بدینترتیب روابط وی و نظام تیره تر گردد. آیت الله شیرازی به صراحت به جانبداری از آیت الله شریعتمداری پرداخت وبه منزل وی رفت و آمد می کرد و نسبت به سختگیری ها بر وی معترض بود و علنا نظر منفی اش را بیان می کرد.
خلع مرجعیت آیت الله شریعتمداری توسط جامعه مدرسین حوزه علمیه قم ، اسائه ادب و مصادره مدارس و اموال وی اعتراض آیت الله شیرازی را به اوج رساند. وی با ارسال پیام هایی از سوی برخی واسطه ها ، آیت الله خمینی را شخصا مسئول این هتک حرمت به ساحت مرجعیت شیعه دانسته بود.
از این زاویه آیت الله شیرازی انتقاد از برخورد حاکمیت با حوزه ها ومراجع تقلید را گسترش داد. وی از ابتدای حاکمیت خط امام در سال ۱۳۶۰ نسبت به این مساله معترض بود. اما بعد از فشار حکومت بر آیت الله شریعتمداری وخلع مرجعیت وی انتقاداتش حادتر شد و درنهایت به رویارویی کشیده شد.
آیت الله شیرازی بر ضرورت حفظ حرمت مرجعیت شیعه واستقلال حوزه ها پای می فشرد ، مسأله ای که تا پایان عمرش بر روی آن تاکید داشت . این موضع خوشایند حکومت نبود که استقلال حوزه های علمیه را بر نمی تافت.
اما آنچه تنش وی را و حکومت تشدید می کرد فعالیتهای برون مرزی برادر سید محمد، سید حسن شیرازی بود. وی در لبنان و سوریه بشدت فعال بود ونقش بسزائی در ترویج مرجعیت برادر وجذب مقلدین داشت. او بر علیه حکومت عراق هم فعالیت زیادی داشت. از سوی دیگر روابط حسنه او با حکومت وقت سوریه و نیز روابط حسنه با احزاب وگروهها دسته جات سیاسی در لبنان عملا چالشی برای گسترش نفوذ حکومت ایران در این مناطق حساس بود . این مساله در نهایت با ترور وی پایان یافت. در خصوص ترور یاد شده دو نظر مختلف وجود دارد که تا کنون به صورت قطعی معلوم نشده کدامیک درست هستند. در نظر اول ترور وی به عوامل حزب بعث عراق نسبت داده می شود. در نظر دوم منسوبین به جمهوری اسلامی ایران در مظان اتهام قرار دارند.
مسأله کادر سازی برای حوزه و نگاه کلان به این مسأله و اهتمام به تربیت شاگردان و گسترش تعداد مقلدان سبب شد تا حساسیت های حکومت افزایش پیدا کند. حسسایت بیشتر حکومت بر روی دروس اختصاصی او درباره آزادی در اسلام واقتصاد اسلامی بود.
انتقادات وی نسبت به عملکرد حکومت ، دخالت در حوزه ها و تداوم جنگ باعث شد تا حملات به وی از ناحیه نیرو ها و نهاد های حکومتی افزایش یابد. در جریان جنگ ومهاجرت او به مشهد برای مدتی ، حجت الاسلام عبائی حراسانی از نربیون نماز جمعه مشهد بشدت به ایشان جمله کرد هرچند بعدها از وی عذرخواست وبه نشانه معذرت خواهی در مجموعه تفاسیر قرآن کریم از تفسیر تقریب القرآن سید محمد شیرازی بعنوان یکی از مهمترین سی تفسیر برجسته قرآن کریم یاد کرد.
سید محمد شیرازی در دهه شصت یکی از نخستین کسانی بود که توجه ویژه به مبارزه بی خشونت نشان داد و این نظریه در مجموعه دیدگاه های وی جایگاه ویژه ای یافت. وی یکی از نخستین شخصیت های دینی بود که از ضرورت اتخاذ مشی اصلاح طلبانه در برخورد با حکومت وتغییر آن سخت گفت.
مجموعه عوامل تنش زا بین او و حکومت باعث شد تا آزادی وی تحمل نشود و حکومت به سمت ایجاد محدودیت وسختگیری بر وی پیش برود.
بطور کلی سه دیدگاه در حاکمیت وقت نسبت به برخورد با آیت الله سید محمد شیرازی وجود داشت. دیدگاه اول حامی برخورد تمام عیار ،بستن درب بیت ایشان و خلع مرجعیت وی را خواستار بود. آیت الله علی مشکینی از برجسته ترین نمایندگان این طیف بود. گروه دوم فقط خواستار محدود کردن فعالیت های ایشان بود . جریان سوم نیز اساسا برخورد با ایشان را به زیان اعتبار نظام بویژه در میان شیعیان خلیج فارس ، لبنان و سوریه می دانست و آنرا تجویز نمی کرد.
در نهایت دیدگاه دوم حاکم شد.نحوه برخورد مانند دیگر پرونده های امنیتی و سیاسی حکومت ابتدا با تحرکات گروه های فشار و اعتراضات شبه مردمی شروع شد. جمعی از طلبه ها و نیرو هایی که حزب الله خوانده می شدند در بیت وی حضور یافته و شعار بر علیه او سر می دادند و آیت الله شیرازی را به ضدیت با ولی فقیه متهم می کردند.
فشارهای حکومت به تدریج افزایش یافت تا آنکه در نهایت آیت الله شیرازی مجبور به تعطیلی درس خارج فقه وپس از آن درس خارج اصول ودرنهایت حتی درس اخلاق خود شد. کلاس های آزادی واقتصاد در اسلام وی نیز پیشتر تعطیل شده بودند. این اتافات بر اثر فشار های غیر رسمی بود و مراجع رسمی مربوطه حکمی صادر نکردند.
فشار بر طلاب و نزدیکان وی ، مصادره حسینه های ومؤسسات اجتماعی، بکار گرفتن تریبونهای رسمی نظام برای حمله و جوسازی ها از جمله راهکارهای حکومت در برخورد با وی بود. حسینیه رسول اعظم در قم ونیز مسجد امام زین العابدین که مجل برگزاری درس وی بود مصادره و توقیف شدند .
جمع آوری کتب آیت الله شیرازی و نابود کردن برخی کتابهای محتوی نقد آشکار از جمله دیگر اقدامات تحدید کننده بود. برای نمونه کتاب های شورای فقهاء ایشان ، تعدد احزاب و کتاب آزادی در اسلام تألیف ایشان از کتابخانه ها وکتابفروشی ها جمع آوری شد.
کتاب ” امام علی علیه السلام ،خورشیدی در افق بشریت” که در آن آیت الله شیرازی به تشریح سیره سیاسی پیامبر اکرم و حضرت علی پرداخته بود توسط وزارت ارشاد وقت جزو کتاب های مضله و مستوجب نابودی تشخصیص داده شد و نسخه های آن از چاپخانه مصادره و خمیر گشت.
در مجموع اختلافات دیدگاه آیت الله شیرازی با آیت الله خمینی را به صورت کلی در چند محور بشرح زیر می توان دسته بندی کرد :
ولایت مطلقه فردی فقیه که در مقابل آیت الله شیرازی مجدانه پشتیبان نظریه شورای فقها بود
تعدد احزاب وتکثر گرایی سیاسی
آزادیهای اجتماعی وسیاسی البته درچهارچوب اسلامی که دست کم در بعد آزادی های اجتماعی چندان واضح نبود و تفاوت ملموسی با نظرات آیت الله خمینی نداشت.
نفی خشونت وپرهیز از برخورد خشونت بار با منتقدان ومخالفان
استقلال حوزه وضرورت عدم دخالت حکومت در حوزه وبرخورد با مراجع تقلید ونهاد دین
جنگ ایران وعراق واعتقاد به بیهوده بودن وفرسایشی بودن جنگ
برخورد با مراجع تقلید منتقد
آیت الله شیرازی از سال ۱۳۶۴ وارد یک دوره شبه حصر خانگی شد که تا سال ۱۳۷۲ تداوم یافت این دوه شبه حصر شامل فشار برای تعطیلی کلاس های درس و محدودیت در ارتباطات بود.
ادامه دارد