تنگنا ها و مضیقه ها بر علیه آیت الله سید محمد شیرازی و جلوگیری از گسترش فعالیت های حوزوی و تشکیلاتی وی تا هنگام فوت آیت الله خمینی ادامه داشت. اما وی در این مدت به فعالیت های انتقادی اش ادامه می داد. اما خط مشی او فرهنگی با تاکید بر آگاه سازی توده مردم مذهبی بود و از فعالیت سیاسی مستقیم احتراز می کرد.
شورا و دموکراسی، آزادی بیان، تکثر گرایی سیاسی، تعدد احزاب وآزادی مطبوعات مواردی بودند که وی در نوشته ها و سخنرانی های خود بدان اشاره می نمود، و آنها را در چارچوب تطبیق با اسلام تبیین می کرد. و همچنین در نزد کسانی از مراجع سنتی و منتقد نیز فعال بود. مجموعه این عوامل باعث حساسیت بیشتر حکومت می شد از این رو حلقه محاصره بر وی تنگ تر شد و او در اعتراض به شبه حصر خانگی کلاس هایش را تعطیل نمود.
با اغاز رهبری خامنه ای فصل جدیدی در روابط آیت الله سید محمد شیرازی با جمهوری اسلامی آغاز شد. در ابتدا خامنه ای در وضعیت موجود آیت الله شیرازی تغییری نداد. البته او نسبت به دیدگاه های ضد اسرائیلی و همچنین اهتمام سید محمد شیرازی در تبلیغ اسلام گرایی و حاکمیت احکام شرع نظر مثبتی داشت اما انتظار داشت که نگاه مثبت متقابلی وجود داشته باشد.
ولی وقتی برخورد مثبتی از سوی آیت الله شیرازی انجام نشد ، سخت گیری ها به تدریج افزایش یافت. نقطه عطف افزایش فشار ها تلاش خامنه ای برای اعلام مرجعیت بعد از درگذشت آیت الله گلپایگانی و آیت الله اراکی بود. با میدان داری جامعه مدرسین و تلاش های پشت پرده وزارت اطلاعات پروژه اعلام مرجعیت خامنه ای کلید خورد وفشار زیادی بر فقهاء و مدرسان برجسته حوزه علمیه قم برای تایید مرجعیت وی اعمال گشت. مقاومت آیت الله سید محمد شیرازی و مخالفت وی با مرجعیت کاذب خامنه ای باعث شد تا برخورد های انقباضی و محدودیت ها بر آیت الله شیرازی به سطح شدید تری ارتقاء یابد.
آیت الله شیرازی در سخنرانی هایش سیاست های خامنه ای را مورد انتقاد قرار داد. این عوامل باعث شد تا فعالیت گروه های فشار بر علیه وی فزونی یابد. نقطه اوج این فعالیت های ایذائی در سخنرانی جریان ساز وی در سال ۱۳۷۱ بود. او در این سخنرانی دو راهکار برای اصلاح امور کشور پیشنهاد نمود که یکی از آنها اجازه تأسیس احزاب آزاد و دیگری تکثر گرایی سیاسی بود. گروه های فشار با حمله تند اجازه ندادند حرف های تمام شود. شیوه آیت الله سید محمد شیرازی در این مواقع جلوگیری از تنش ودرگیری بود. وی از در تقابل وارد نشد و سخنرانی اش را خاتمه بخشید.
از سا ل۱۳۷۲ وی عملا وارد حصر خانگی شد و تا پایان عمر در این وضعیت باقی ماند. فرزندان و شاگردان وی مورد اذیت و آزار قرار می گرفتند. دادگاه ویژه روحانیت و اداره اطلاعات قم افرادی که با بیت آیت الله شیرازی در ارتباط بودند را تحت تعقیب و مراقبت قرار می داد.
د ر پاییز سا ل۱۳۷۴ طی عملیاتی وزارت اطلاعا ت تعداد زیادی از شاگردان ،وکلاء و نزدیکان آیت الله سید شیرازی را بازداشت کرد . بعد از موج او بازداشت های اولیه سید مرتضی شیرازی فرزند پسر دوم آیت الله شیرازی در خیابان ربوده شده وبه زندان ساحلی قم ودر نهایت به زندان اوین در تهران منتقل می شود . در اوین وی تحت شکنجه و بد رفتار قرار می گیرد آنچنانکه آثار سوختگی در سر وی همچنان مشخص است.
در اواخر خرداد ۱۳۷۵ فرزند دیگر وی سید مهدی شیرازی که در آن زمان ۲۰ سال داشت دستگیر ورانه زندان شد وتحت شکنجه قرار گرفت. شکنجه هایی که آثار آن تا به امروز بر روی پشت وکمر او باقی مانده است.
در موج بازداشت های یاد شده همچنین برادر او سید صادق شیرازی، مرجع تقلید کنونی، فرزند ارشدش سید محمد رضا شیرازی وهمچنین سید حسین شیرازی فرزند آیت الله سید صادق شیرازی نیز بازداشت وروانه زندان گشتند.
اسامی چهره های شاخص بازداشت شده منسوب به آیت الله شیرازی عبارت هستند از :
آیت الله رستگاری ، شیخ سعید آل قیس، شیخ مکی کبابی، عباس نخعی، شیخ تقی ذاکری، شیخ محمد علی معاش، حاج یوسف کمال ،سید احمد فعلی
اخبار بازداشت در مطبوعات کشورهای عربی بازتابی گسترده یافت. روزنامه الحیاه چاپ لندن، الشرق الاوسط چاپ لندن، الخلیج چاپ امارات، الشراع چاپ بیروت القبس چاپ کویت در گزارشهای مفصل وجداگانه خبر دستگیری ها را پوشش دادند.
سازمان عفو بین الملل در دو بیانیه جداگانه خواستار آزادی دستگیرشدگان بیت شیرازی شده بود وهمچنین در یک هشدار فوری به موضوع دستگیری وصدور حکم اعدام برای آیت الله سید مرتضی شیرازی پرداخته بود.
سرانجام تحت تأثیر فشارها حکومت تن به محاکمه ومختومه کردن پرونده دستگیر شدگان بیت شیرازی گرفت ودر محاکمه ای صوری در دادگاه ویژه روحانیت دستگیرشدگان به یک تا سه سال زندان محکوم شدند. در این میان سید مرتضی شیرازی به سه سال زندان محکوم شد.
آیت الله شیرازی در دهه هفتاد ارتباطاتی را با نهضت آزادی ایران و رهبران آن چون مهندس مهدی بازرگان و دکتر ابراهیم یزدی و همچنین حزب ملت ایران به رهبری داریوش فروهر برقرار نمود. نهضت آزادی و حزب ملت با صدور بیانیه هایی نسبت به برخورد های امنیتی و سلب حقوق وابستگان به جریان آیت الله شیرازی اعتراض کردند. این ارتباطات که از چشمان نهاد های اطلاعاتی مخفی نمی ماند بر تنش و شکاف بین حکومت و آیت الله سید محمد شیرازی افزود . استمرار مخالفت وی با مرجعیت خامنه ای کماکان مهمترین عامل ناخشنودی حکومت بود.
در کنار بازداشت جلوگیری از تحصیل طلاب و ارتباط مدرسین حوزه علمیه قم ، مصادره موسسات ، تعطیلی نشریات ، ترور شخصیت ، اخراج کارکنان موسسات مصادره شده راهبرد های اصلی حکومت در مهار جریان شیرازی ها بود.
دیگر حوزه منازعه ،فعالیت های جریان شیرازی ها در لبنان ، سوریه ، افغانستان ، کویت ، عراق و عربستان بود که با اهداف و رویکرد حکومت تعارض داشت . این مساله بار ها منجر به تنش های سنگین و درگیری نیرو های طرفین انجامید و به نوبه خود باعث افزایش فشار بر آیت الله سید محمد شیرازی شد تا ملاحظات حکومت را رعایت کند.
ادمه دارد
