۲۵ سال از رهبری خامنه‌ای گذشت و وی قدم در بیست و شش سالگی جلوس بر مسند ولایت فقیه می‌گذارد. در سال ۱۳۶۸ او بدون برنامه‌ریزی قبلی و کاملا تصادفی در جلسه ای که فشار زیادی بر روی اعضاء مجلس خبرگان برای تصمیم گیری سریع وجود داشت، به عنوان جانشین آیت‌الله خمینی انتخاب شد.
تا پیش از آن هیچکس باور نمی‌کرد کسی که در راس جناح راست بود و از آیت‌الله خمینی تذکر علنی گرفته بود، دومین ولی فقیه جمهوری اسلامی شود. آیت‌الله خمینی در پیامی که در رسانه‌ها منتشر شد رسما به خامنه‌ای عتاب کرد که فهم و برداشت وی از نظریه ولایت فقیه مطلقه درست نیست. اگر چه در پاسخ به عقب‌نشینی خامنه‌ای از او دلجویی کرد.
اما در کل آیت‌الله خمینی میانه خوبی با جناح راست نداشت با آنها تعامل می‌کرد و توزیع کرسی‌های قدرت سهمی متوازن برای آنها در نظر می‌گرفت ولی جریان خودی و مطلوب وی جناح چپ (خط امام ) بود در سالیان آخر عمر آیت‌الله خمینی خط اصلی تبلیغاتی نزدیکان وی در جلوه دادن خامنه‌ای به عنوان نیرویی در مقابل خط امام و نظرات آیت‌الله خمینی بود. در کل آیت‌الله خمینی رابطه خاصی با خامنه‌ای نداشت.
او از شاگردان ویژه و نزدیک بنیانگذار جمهوری اسلامی نبود. در هنگام معرفی خامنه‌ای به شورای انقلاب ابتدا آیت‌الله خمینی او را رد می‌کند و می‌گوید نمی‌شناسم. سرانجام با پا فشاری آیت‌الله منتظری به جمع اعضاء روحانی شورای انقلاب می‌پیوندد.
هچ نشانه و علامتی نیز وجود ندارد که آیت‌الله خمینی به ریاست جمهوری او راضی بوده است. در اصل پذیرش ریاست جمهوری خامنه‌ای که تا پیش از استیضاح بنی صدر عضو عادی مجلس بود بیشتر ناشی از یک اجبار بود. آیت‌الله خمینی موافق تشکیل حزب جمهوری اسلامی نبود و در نهایت نیز با نظر وی حزب تعطیل شد. در زمان تعطیلی حزب، خامنه‌ای دبیر کل حزب بود و این مساله نیز دلیل دیگری دال بر فاصله بین خامنه‌ای و آیت‌الله خمینی است.
تحمیل معرفی میر حسین موسوی به عنوان نخست‌وزیر در دوره دوم ریاست جمهوری نیز با دخالت مستقیم آیت‌الله خمینی صورت گرفت. مجموعه این قرائن و مستندات نشانگر آن است که خامنه‌ای اگر چه در جمع کارگزاران ارشد و حلقه نزدیکان به آیت‌الله خمینی بود اما در جرگه خواص وی نمی‌گنجید.
هنوز ابعاد کامل آن جلسه و چگونگی انتخاب خامنه‌ای روشن نشده است. ممکن است انتشار اطلاعات تازه باعث شود حقایق نامکشوفی روشن گردد. اما بر اساس اطلاعات موجود رهبری خامنه‌ای در مجلس خبرگان کاملا تصادفی بوقوع پیوست. او قرار بود بعد از پایان دوره ریاست جمهوری جایگزین موسوی اردبیلی در ریاست قوه قضائیه گردد.
ابتدا گزینه شورایی شدن ولی فقیه مورد بررسی قرار گرفت. خود خامنه‌ای به عنوان مدافع این طرح نطق کرد. اما طرح رای نیاورد. وی از جمله کسانی بود که در صورت تصویب شورا در آن عضویت می‌یافت. نام‌های دیگری چون علی مشکینی، عبدالله جوادی آملی ، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و احمد جنتی نیز برای شورا مطرح بود. اما کار به بررسی مصادیق نرسید و پرونده طرح شورایی شدن رهبری همان ابتدا با بیست رای بسته شد.
طرح بعدی رهبری آیت‌الله گلپایگانی بود که شیخ محمد یزدی مدافع اصلی آن بود. او نیز بیش از انگشتان دو دست رای نیاورد. زمینه‌ای نیز برای طرح ری شهری در رهبر کردن علی مشکینی نیز وجود نداشت. در چنین فضایی رفسنجانی به میدان آمد و از موسوی اردبیلی خواست تا خاطره خود مبنی بر رضایت آیت‌الله خمینی به رهبری خامنه‌ای را بازگو کند. ذکر خاطره مشابهی از سوی سید احمد خمینی نیز فضا را به سمتی برد تا اکثریت خبرگان که در استیصال برای انتخاب فوری جانشین آیت‌الله خمینی بودند به رهبری خامنه‌ای رضایت بدهند.
احمد آذری قمی نیز در گرم کردن بازار رهبری خامنه‌ای نقش زیادی داشت البته در آن جلسه تصویب شد تا دوره رهبری محدود به ۱۰ سال شود اما این مصوبه هیچوقت عملی نشد.
اکثریت اعضاء خبرگان در حالی به خامنه‌ای بر مبنای خاطرات موسوی اردبیلی، هاشمی و سید احمد خمینی رای دادند که ساعاتی پیش از آن وصیت نامه آیت‌الله خمینی توسط خود خامنه‌ای قرائت شده بود. در مقدمه وصیت نامه به صراحت ذکر شده بود به جز مواضعی که در زمان حیات وی در جرائد و صدا و سیما پخش شده است انتساب هیچ مطلب دیگری به وی اعتبار و سندیت ندارد. او حتی خانواده و پسرش را نیز به عنوان مرجع تعیین نظرات و سخنان مخفی و آشکار خود اعلام نکرد.
این مسئله نخستین ایراد بزرگ انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بود که بر اساس ادعایی غیر مستند و ناسازگار با وصیت‌نامه بنیانگذار جمهوری اسلامی شکل گرفت.
اما تخلف بزرگتر که رهبری وی و پوشیدن ردای ولایت فقیه را غیر قانونی و ناموجه می‌سازد، فقدان شرایط لازم بر طبق قانون اساسی قبلی بود. طبق قانون اساسی پیش از بازنگری مرجعیت شرط رهبری بود. خامنه‌ای نه تنها مرجع نبود بلکه فقاهت وی نیز زیر سئوال بود. او خود نیز به این ضعف واقف بود و به همین دلیل به مجرد رهبر شدن، سید محمود شاهرودی معلم خصوصی فقه او گشت.
تبعات غیر قانونی بودن انتخاب خبرگان و تخلف آنها فقط محدود به آن رویداد تاریخی نمی‌شود بلکه کلیت تصمیمات و عملکرد جمهوری اسلامی از خرداد ۱۳۶۸ به بعد بر مبنای چارچوب قانونی، رویه حقوقی و ساختار تصمیم‌گیری خود حکومت باطل و فاقد وجاهت قانونی است. چون تصمیمات کلان توسط فردی گرفته شده یا تنفیذ شده است که صلاحیت قانونی حقوقی لازم برای تصدی مقام مربوطه را نداشته است.
اما ساختار حقیقی قدرت ساختار حقوقی را کنار زد و اراده‌اش را همچون گذشته با نفی قانون‌گرایی جلو برد. کسی دومین ولی فقیه در جمهوری اسلامی شد که در ماه‌های آخر حکومت پهلوی به یکی از چهره‌های انقلابی مشهد خصوصی گفته بود نظریه ولایت فقیه آیت‌الله خمینی مایه شرمساری است.
در ادامه در یک دسته‌بندی کلی رهبری خامنه‌ای در پنج فصل ریاست جمهوری اول رفسنجانی، ریاست جمهوری دوم رفسنجانی، دوران اصلاحات، دوران دولت مهروزی و دوره دولت اعتدال مورد بررسی قرار گرفته و ویژگی‌های آن تبیین می‌گردد.
دوره نخست ریاست جمهوری رفسنجانی
این دوره از سال ۱۳۶۸ شروع شده و در سال ۱۳۷۲ پایان می‌‌یابد. رهبری خامنه‌ای ابتدا با استقبال نسبی در جامعه مواجه شد. او در بین زمامداران وقت جمهوری اسلامی به اعتدال و میانه‌روی مشهور بود و سابقه حشر و نشر با روشنفکران نیز مقبولیتی برای وی ایجاد کرده بود. همچنین در بین مقامات درجه یک جمهوری اسلامی نزدیک‌ترین رابطه را با آیت‌الله منتظری داشت.
اما افکار عمومی توجه نداشت که وی در حوزه قانونگذاری، فرهنگی و اقتصادی همسو با جناح راست مواضع محافظه‌کارانه داشت و در حوزه سیاست نیز آنچنانکه بعدها معلوم شد مخالفت مبنایی با ولایت مطلقه فقیه و انحصار قدرت نداشت بلکه از بهره‌برداری جریان رقیب از این امتیاز ناخرسند بود.
در این دوره او پایه‌های رهبری‌اش را استوار ساخت. ضعف او در جایگاه ریاست جمهوری باعث شده بود تا نیروهای اصلی حکومت فکر کنند که رهبری وی حالت تشریفاتی خواهد داشت. در این میان اکبر هاشمی رفسنجانی و سید احمد خمینی تصور می‌کردند در توزیع قدرت نقش موثر خواهند داشت.
اما خامنه‌ای خیلی زود تصورات جناح چپ را نقش بر آب ساخت. منتها او نیاز به متحدی برای حاشیه‌ای کردن جناح چپ داشت که هنوز اکثریت مجلس سوم بود و برخی از اعضایش انتخاب خامنه‌ای به رهبری را قبول نداشتند بنابراین با رفسنجانی ائتلاف کرد و در دور اول پذیرفت نقش رفسنجانی پر رنگ باشد.
منتها از دید وی این جایگاه موقتی بود و با پایان ریاست جمهوری رفسنجانی خاتمه می‌یافت. اما رفسنجانی چنین چیزی را نمی‌خواست و باورش نمی‌شد که خامنه‌ای قادر باشد چنین طرحی را جلو ببرد.
خامنه‌ای در اولین گام مدیریت و هدایت نهادهای نظامی را از رفسنجانی گرفت و برخلاف آیت‌الله خمینی به شخص دیگری واگذار نکرد. اقدام بعدی خانه‌نشین کردن مهندس موسوی بود. قبلا توافق شده بود مهندس موسوی ریاست بنیاد مستضعفان را در دست بگیرد اما محسن رفیقدوست سریع و بدون مقدمه قبلی با لباس نظامی وارد بنیاد شد و مدیریت آنجا را در دست گرفت.
خامنه‌ای از حمایت جناح راست نیز برخوردار بود. در این دوره وی جناح راست را به بخش مسلط قدرت تبدیل نمود. رهبران جناح راست و بخصوص ناطق نوری و مهدوی کنی وظیفه پاسخگویی به شبهات در خصوص شایستگی وی به رهبری و اجتهادش را بر عهده گرفتند. البته جامعه مدرسین حوزه علیمه قم نیز حامی رهبری وی بود. با استفاده از حربه نظارت استصوابی و رد صلاحیت برخی از کاندیداهای جناح چپ، جناح راست اکثریت مجلس را در دست گرفت و ناطق نوری رئیس مجلس چهارم شد.
خامنه‌ای در این دوره جناح راست را به عنوان نیروی اصلی حکومت برگزید و به آن باور داشت. بنیادهای انقلابی کاملا از دست قوه مجریه خارج شدند. تغییرات در قانون اساسی نیز قدرت ولی فقیه را افزایش داد و کنترل وی بر منابع قدرت را نیز توسعه بخشید. از همین دوره فرماندهان سپاه وارد سیاست شدند و نقش مهمی در تحقق برنامه‌های خامنه‌ای ایفا کردند.
خامنه‌ای این بار با پشت کردن به تمامی گرایش‌های شبه‌روشنفکری خود هویت بنیادگرایی سنت‌گرا را برگزید. هویت سیاسی و عقیدتی او در گذشته با فراز و نشیب‌هایی همراه بود امااو کاملا در سنت‌گرای تجددستیز در آمد که آراء سید قطب و ایدئولوژی غرب‌ستیزی را با چاشنی فقه شیعه دنبال می‌نماید.
او در این مقطع ادعای مرجعیت نکرد اما زمینه‌های آن را فراهم ساخت. سفید شدن به یکباره محاسن وی و همچنین اظهار نظرهای فقهی و حشر و نشر با مراجعی چون آیت‌الله بهجت و جوادی آملی و جذب مشکینی، شیخ محمد یزدی و احمد جنتی قدم‌های آگاهانه‌ای بودند که وی برای کسب مرجعیت برداشت.
او بی‌اعتنا به تبریک آیت‌الله منتظری در صدد محدود کردن استاد سابق خویش برآمد که از ناحیه انتقادات او احساس خطر می‌کرد. گروه‌های فشار در این دوره در قالبی متفاوت با گذشته سازمان‌دهی شدند.
خامنه‌ای بر خلاف آیت‌الله خمینی کوشید دستگاه ولایت فقیه را از حالت هیاتی اداره شدن به صورت یک تشکیلات منظم متحول گردد. او روحانی و مرجع سنتی نبود بلکه یک روحانی ایدئولوژیک بود که حالا روزگار فرصتی برای وی ایجاد کرده بود تا در قالبی رهبری بنیادگرا آرزو‌هایش در ایران و جهان را تحقق بخشد.
ضعف موقعیت روحانی و فقهی باعث شد تا او بیشتر به نیروهای امنیتی و نظامی تکیه کند و سختگیری بر روحانیت از طریق دادگاه‌های ویژه را افزایش دهد. البته در حوزه سیاست داخلی او نسبت به سلفش به طور نسبی معتدل‌تر برخورد کرد و خشونت حکومت در مقایسه با دهه شصت کاهش یافت. منتها این کاهش باعث تعطیلی جباریت سیاسی و اقتدارگرایی نشد و کماکان استبداد دینی با اتکاء به خشونت دولتی و شبه‌دولتی استمرار یافت.
خامنه ای همچنین کوشید برخی از چهره های روحانی که در دوره آیت الله خمینی معضوب بوده یا مورد توجه نبودند را ارتقاء داده و بدین ترتیب آنها را مدیون خود سازد. محمدتقی مصباح یزدی ،سید محمود شاهرودی ، سید محمد خامنه‌ای، استادی ، جواد لاریجانی ، شیخ محمد یزدی از این دسته هستند.
او همچنین اسدالله لاجوردی را نیز به مدیریت سازمان زندان‌ها برگرداند. اما دیگر زمانه زمانه‌ای نبود که لاجوردی بتواند اقدامات پلیدش در سالیان نخست دهه شصت را عملی سازد.
در پایان این دوره کم کم شکاف بین او و رفسنجانی علنی شد. رفسنجانی بر خلاف او به سمت تجدد و توسعه اقتصادی منهای توسعه سیاسی حرکت کرد و دو همراه قدیمی در مسیرهای جدیدی قرار گفتند که آنها را از متحد استراتژیک به سمت رقابتی سرسخت در چارچوب نظام برد.
