مهندسی یازدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری، طلیعه این دوره بود که انتخاباتی غیر عادی بود؛ رقابت های انتخاباتی به روز آخر کشیده شد و تا آن موقع معلوم نبود چه کسی وارد ساختمان ریاست جمهوری می‌شود.
آیت‌الله خامنهای با هدایت شورای نگهبان نقش مهمی را در مهندسی انتخابات تا تعیین کاندیداهای نهایی ایفا کرد. اما بعد از آن دیگر اجازه داد انتخابات مسیر طبیعی خود را طی کند. اطمینان حسن روحانی به رای دهندگان که مسائل انتخابات گذشته این دوره تکرار نمی‌شود در روزهای تبلیغات انتخاباتی، اشاره‌ای غیر مستقیم به این واقعیت بود.
خامنهای در مهندسی فضای انتخابات اجازه رقابت به اکبر هاشمی رفسنجانی، اسفندیار رحیم مشایی و کامران لنکرانی، کاندیدای مورد حمایت مصباح یزدی و علیرضا زاکانی کاندیدای جبهه ایثار گران و رهپویان انقلاب اسلامی، نداد.
ارزیابی شواهد نشان می‌دهد وی در روزهای آخر فهمیده بود روحانی رای می‌آورد و مواضعش را با توجه به این واقعیت تنظیم کرد و از مخالفان نیز خواست تا رای بدهند.
مزیت‌های روحانی برای وی ترمیم مشروعیت، ایجاد قدرت نرم، به حاشیه راندن راهبرد میرحسین موسوی و مهدی کروبی، تخلیه کم‌خطر پتانسیل انباشته شده اعتراضی، عملی ساختن تاکتیک «نرمش قهرمانانه» در پرونده هسته‌ای، آرام کردن فضا، مدیریت و کاهش تحریم‌ها و انتقال بار مشکلات اقتصادی بر سر دولت بود.
در نهایت ارزیابی خامنهای این بود که فرصت‌های ریاست جمهوری روحانی بر تهدیدهایش برتری دارد و او قابل مهار است.
بعد از انتخابات، خامنهای نخست از پیروزی روحانی تجلیل کرد و دیگر کاندیداها و همه جریان‌های اصول‌گرا و نهادهای حاکمیتی را سوق داد تا برخورد مثبت با پیروزی روحانی داشته باشند. هدف او تخطئه موسوی و کروبی بود که نتیجه انتخابات را نپذیرفتند.
همچنین وی خواست وانمود کند که نظام اهل تقلب نیست وگرنه اجازه نمی‌داد روحانی که اندکی بیش از پنجاه درصد آراء ماخوذه را به دست آورده بود، در مرحله اول برنده شود.
خامنهای دست دولت را در زمینه سیاست خارجی و اقتصاد باز گذاشت اما در سیاست داخلی و فرهنگ برخورد انقباضی انجام داد. خط قرمز وی بازگشت دولتمردان درجه یک اصلاح طلب بود. همچنین بر عدم تغییرات زیاد در روسای دانشگاه‌ها تاکید کرد.
وی در سخنرانی با اعلام «نرمش قهرمانانه» رسما اجازه داد تا دولت روحانی ادمه مسیر مخفیانه مذاکرات هسته‌ای را در فاز علنی جلو ببرد.
وی علی رغم اعتماد به ظریف و روحانی، عراقچی را در ترکیب مذاکره‌کنندگان هسته‌ای قرار داد تا دیدبان ملاحظاتش باشد.
او برای مدتی حضور در مجامع عمومی را کاهش داد.
خامنهای ناخشنودی خود را از گفت‌وگوی تلفنی روحانی با باراک اوباما، رئیس‌جمهوری آمریکا، آشکار کرد. اما بعد از نوروز ۱۳۹۳ با اعلام راهبرد اقتصادی به نحو فعالی وارد عرصه عمومی شد و هدایت مسائل کلیدی کشور را در دست گرفت.
او با اقدام مشترک شش ماهه ژنو موافقت کرد اما برای توافقنامه جامعه شرایط را سخت‌تر کرد و حوزه مانور و انعطاف مذاکره‌کنندگان را محدود ساخت. خامنهای در مقطع فعلی به دنبال تثبیت وضع موجود در سیاست داخلی و امور فرهنگی است تا گفتمان‌های بدیل نتوانند تغییراتی را ایجاد نمایند.
در حوزه اقتصادی او کماکان نگاه به افزایش توان داخلی و دور کردن اقتصاد ایران از پیوند با شبکه بین‌المللی است. اما از دیدگاه سابق خود فاصله گرفته و به روش‌های شناخته شده اقتصادی تا حدی روی خوش نشان می‌دهد.
در سیاست خارجی به دنبال مصالحه تاکتیکی با غرب در ازاء حفظ زیر ساخت‌های هسته‌ای و توانایی انجام فعالیت‌های حساس در صورت لزوم است. اما در عین حال بهای زیادی برای مصالحه هسته‌ای طلب می‌کند که می‌تواند دستیابی به توافق جامعه و دراز مدت را دشوار سازد.
او قویا مراقب است که مصالحه احتمالی منجر به تغییر استراتژیک روابط خصمانه جمهوری اسلامی با غرب نشود.
کنار زدن محمد مرسی و افول اسلام گرایان در کشور های عربی از دید وی نامطلوب است اما به دنبال نزدیکی به نیروهای اسلام‌گرا برای تشکیل بلوکی بزرگ در خاورمیانه است. خامنهای توانست رقابت منطقه‌ای و جهانی در سوریه را ببرد. اکنون اعتماد به نفس وی بالا است و همچنین در پی تیره شدن روابط روسیه و غرب، تمایل بیشتری برای تقابل با آمریکا و افزایش قدرت منطقه‌ای ایران دارد.
در حال حاضر سیاست مهار روحانی را دنبال می‌کند اما در صدد تقابل تند با وی نیست و مشکلی با تداوم ریاست جمهوری او ندارد. او ضمن اینکه مسئولیت خاصی به محمود احمدی‌نژاد نداد اما وارد برخورد با حلقه یاران او نشد. کند پیش رفتن پرونده تخلفات اقتصادی دولت‌های نهم و دهم با توجه به انگیز ه بالای رئیس قوه قضائیه نشانگر مخالفت خامنهای با رسیدگی جدی به این پرونده‌ها است. او در پرونده اختلاس سه هزار میلیارد تومانی نیز به میدان آمد و با توصیه به اینکه «کش ندهید»، نگذاشت پیگرد قضائی وارد مراحل بالاتری شود.
رصد کردن موضع‌گیری‌های وی روشن می‌سازد در حال بازسازی نیروها و مجموعه‌های تحت نظرش است.
اگر چه شباهت مواضعش با اصول‌گرایان افراطی و مدافع گفتمان سوم تیر بیشتر است اما در ظاهر برخورد انتقادی با همه دارد. بین مواضع ظاهری رهبری و روحانی در زمینه‌های فرهنگی، سیاست داخلی، نوع نگاه به غرب و سیاست داخلی تقاوت‌های غیر قابل انکاری وجود دارد. اما فرضیه‌ای وجود دارد که در پس پرده رشته روابط بین آن‌ها مستحکم است.
اما بررسی الگوی رفتار خامنهای تردیدی در درستی این فرضیه ایجاد می‌کند. هشدار خامنهای به اصول‌گرایان افراطی که مرتب بر طبل پیروی از فرامین ولی فقیه می‌کوبند و هویت آن‌ها به این مساله گره خورده نوعی تعارض را بازتاب می‌دهد. رصد کردن واقعیت‌های سیاسی ایران تصور اینکه این گروه‌ها بدون موافقت تلویحی رهبری چنین به روحانی حمله کنند و علیه وی بولتن تهیه کنند را دور از واقعیت جلوه می‌دهد. حملات سنگین و بی‌پرده مصباح یزدی، محسنی اژه‌ای و احمد خاتمی نیز تقویت‌کننده رضایت خامنهای است.
فرضیه دیگری که بیشتر قابل تامل است برخورد پیچیده او است تا از خود سلب مسئولیت کند و هشدار‌های ظاهری وی و حملات اصول‌گرایان افراطی بخشی‌هایی از یک سناریو باشد. در عین حال این سناریو را نیز نمی‌توان از نظر دور نگاه داشت که کنترل بخش‌های تندرو از دست خامنهای خارج شده و آن‌ها نیز سیاست فشار از پایین را در دستورکار قرار داده‌اند. البته نارضایتی وی از خروج تحرکات تندرو از محدوده‌های تعیین شده فقط در سیاست خارجی و مذاکرات اتمی است.
خامنهای در این دوره تصمیم جدی دارد که نرخ رشد جمعیت افزایش یابد. همچنین او در صدد جا انداختن خود به عنوان مرجع اعلم و سیطره کامل بر حوزه‌ها است. منتها باید توجه داشت که این فصل از رهبری خامنهای تازه شروع شده است و هنوز زود است تا به ارزیابی نهایی پرداخت.
