انتشار فیلم سخنان آیت الله العظمی منتظری در دیدار با نمایندگان خود در دانشگاه ها در سال ۱۳۶۳ رویداد مهمی بود که بارتاب مناسبی در افکار عمومی نیافت. در این دیدار آیت الله منتظری در زمانه تثبیت گزینش سیاسی و ایدئولوژیک با محدود کردن حق تحصیل مخالفت کرده و خواهان برداشته شدن محدودیت های سیاسی و غیر علمی در نظام گزینش دانشجو می شود. این سخنان در شرایطی بیان می شود که دو سال از بازگشایی دانشگاه ها بعد از انقلاب فرهنگی می گذرد و نهاد گزیتش دانشجو کاملا در مدیریت دانشگاه ها تثبیت شده و در عرصه رسمی به عنوان یک ضرورت خدشه ناپذیر و ضامن بقای انقلاب تبلیغ می شود.
در واقع مخالفت با گزینش عقیدتی و سیاسی دانشجو در آن دوره موضع اپوزیسیون تلقی می شد. اما آیت الله منتظری به عنوان یک از مسئولان طراز اول نظام به صراحت مخالفت خود را بیان می کند. شجاعت در بیان این مواضع و هزینه های مربوطه در چهره های نگران نمایندگانش بخصوص آیت الله محمدی گیلانی کاملا هویدا است.
آیت الله منتظری در صحبت هایش توضیح می دهد که تحصیلات نیابد در انحصار گروه خاصی باشد و به لحاظ شرعی همگان باید از حق تحصیل برابر برخوردار باشند. وی تضویح می دهد حتی در ابتدا هم با محروم کردن دانشجویان مخالف از تحصیل مخالف بوده است اما ان را علنی نساخته است. وی توضیح می دهد که در سال ۱۳۵۹مشکل از دید وی فعالیت سازمان یافته گروه های مخالف و تبدیل دانشگاه به پایگاه تبلیغاتی بوده و قرار نبوده که آموزش در دانشگاه ها به امتیازی برای موافقان حکومت و یا افرادی که موضع سیاسی ندارند، تبدیل شود. وی در ادامه به پیامد های منفی این محرومیت و بدبین شدن جوانان نسبت به نظام هشدار می دهد. این مرجع آزاده اعتراض می کند چرا یک فرد سمپات گروه های مخالف که حداکثر یک نشریه و یا پلاکارد توزیع کرده اکنون باید از تحصیل در دانشگاه علی رغم احراز شایستگی علمی و آموزشی محروم شود!
این سخنان انتقادی در زمانه ای که مخالفت با آنها از دید بخش مسلط قدرت تبلیغ علیه نظام تفسیر شده و اقتدار نظام در دانشگاه ها را به چالش می کشد، دریچه ای به روی مشی اصلاح طلبی آیت الله منتظری و چگونگی زاویه پیدا کردن وی با مسئولان می گشاید. تجدید نظر طلبی آیت الله منتظری از سال ۱۳۶۱ شروع می شود و به تدریج فاصله گسترده ای با وضعیت موجود سیاسی پیدا می کند. بر خلاف تصور غالب تنها مخالفت آیت الله منتظری با اعدام های دسته جمعی ۶۷ و پرونده مهدی هاشمی باعث جدا شدن مسیر او با آیت الله خمینی و نظام تحت ولایت وی نمی شود، بلکه اختلافات نظری و سیاسی حوزه ای به مراتب گسترده تر داشته است. آیت الله منتظری از مقطعی که ضرورت تجدید نظر در رفتار و نحوه حکمرانی در جمهوری اسلامی را طرح می کند در عرصه های متفاوتی با دیدگاه بخش مسلط قدرت و نظرات آیت الله خمینی زاویه پیدا می نماید. نوع نگاه به مدیریت دانشگاه ها و آزادی های آکادمیک یکی از این عرصه ها است. آیت الله خمینی بر خلاف نظر آیت الله منتظری متاخر تا پایان عمر از نحوه مدیریت ایئولوژیک و کنترل دانشگاه ها از سوی نظام و تنزل آنها به ماشین تبلیغاتی نظام دفاع مطلق می کرد.
آیت الله منتظری به شهادت اظهارات برخی از عاملان انقلاب فرهنگی از ان اقدام و تعطیلی دانشگاه حمایت کرده است. البته حمایت ایشان عمدتا بر تغییر نظام آموزشی و محتوی دروس علوم انسانی متمرکز بوده و ضرورت ارتباط سازمان یافته روحانیت و دانشگاهیان و نظارت اسلامی بر دانشگاه ها را دنبال می کرده است. برقراری رابطه مناسب به حوزه و دانشگاه که مکمل یکدیگر باشند و تبادل فکری و فرهنگی بین دو قشر روحانی و بهره بردن از از تجربیات و آموزش های مثبت یکدیگر دغدغه اصلی وی بوده است. نگاه آیت الله منتظری به اسلامی کردن دانشگاه ها در حکمی که برای آیت الله محمدی گیلانی در پاییز ۱۳۶۲ صادر کرده هویدا است. بخشی از مفاد این پیام بشرح زیر است:
« جناب مستطاب حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محمد محمدی گیلانی دامت افاضاته، پیرو اجرای مصوبه ستاد انقلاب فرهنگی مبنی بر اعزام نمایندگانی از طرف اینجانب به دانشگاهها جهت تشکیل کلاس های معارف اسلامی و نظارت بر خط فکری و عقیدتی دانشگاهها، در رابطه با مشخص نمودن حدود وظائف نمایندگان اعزامی طی نشست های متعددی که نمایندگان وزارت علوم و ستاد انقلاب فرهنگی و جهاد دانشگاهی و فضلای اعزامی به دانشگاهها ترتیب دادند، قرار بر این شد که یک دفتر مرکزی متشکل از یکی از علما و فضلای متعهد و سه مشاور لایق از وزارت علوم، نمایندگان اعزامی و مرکزیت جهاد دانشگاهی جهت انجام مسئولیت های مندرجه در ٱئین نامه تعیین گردد. لذا با توجه به مراتب فضل و لیاقت حضرت عالی، مقتضی است جنابعالی مسئولیت سرپرستی این دفتر را بپذیرید و سعی کنید ضمن حفظ هماهنگی کامل بین نمایندگان اعزامی به دانشگاهها با وزارت علوم و ستاد انقلاب فرهنگی و جهاد دانشگاهی، دروس و مباحث معارف اسلامی دانشگاهها را از هر نظر غنی و پر محتوا بنمائید. واگر احیانا شبهات و نارسائی هائی از نظر علمی و فلسفی احساس کردید به نحو احسن مرتفع فرمائید.»
البته آیت الله منتظری در همان زمان نیز انتظارات حکومت و بخصوص شورای عالی انقلاب فرهنگی را به شکل کامل محقق نمی کند. ستاد انقلاب فرهنگی در تاریخ ۲۵/۸/۱۳۶۱ مقررات مربوط به مدیریت آموزش عالی و سازماندهی دانشگاهها را به نحوی تصویب کرد که در فصل اول نظامنامه مربوط به سازمان درون دانشگاهها، قسمت مدیریت دانشگاه در ماده پنجم ، معرفی معاون فرهنگی هر دانشگاه را به آیت الله منتظری سپرده بود.
اما آیت الله منتظری با رد دخالت در امور مدیریتی توضیح دادند: « رئیس دانشگاه مسوول اجرائی دانشگاه است، چه لزومی دارد این [روحانیون] به عنوان معاون او باشند. این شخص بایستی هم خودش و هم افرادی که معین می کند کسانی باشند که بتوانند معارف اسلامی را تدریس کنند.»
در نهایت درخواست شورای عالی انقلاب فرهنگی و انجمن های اسلامی دانشجویان باعث شد تا تعدادی از روحانیون را به عنوان مسئولان کمیته اسلامی دانشگاه ها معرفی کنند که به نمایندگان وی مشهور شدند. آنها وظیفه نظارت و آموزش معارف اسلامی در دانشگاه ها را نیز بر عهده داشتند.
اما از همان زمان آیت الله منتظری نگرانی از افتادن روحانیون حاضر در دانشگاه ها به ورطه برخورد های سیاسی و جناحی را داشته است و ازاینرو طی پیامی از آنها می خواهد که «در دانشگاهها سعی کنند در کانال گرو خاص قرار نگیرند و جنبه روحانیت خود و بی طرفی نسبت به همه افراد و اقشار اسلامی دانشگاهها را حفظ کنند و هیچگاه خود را درگیر اختلافات گروهی نکنند»
البته این واقعیت را مستقل از اهداف آیت الله منتظری نمی توان نادیده گرفت که معرفی نمایندگان عملا حضور روحانیت در دانشگاه ها را نهادینه ساخته و به عنوان ابزاری در خدمت بسط نفوذ نهاد ولایت فقیه قرار گرفت. خامنه ای همین تشکیلات را در دانشگاه تحت عنوان نماینده ولی فقیه حفظ کرده و گسترش داد.
به نظر می رسد آیت الله منتظری از سال ۶۳ به بعد در خصوص کنترل ایدئولوژیک و سیاسی دانشگاه ها دچار تردید شده و به مرور نظرش تغییر می یابد. این فقیه آزاده که بنیانگذار اصلاحات ( رفورم) در معنای درست و مصطلح خود مبنی بر تغییر رویه ها و روند های سیاسی و حاکمیتی در ایران بعد از انقلاب با تاکید بر دمکراسی است، در کتابی تحت عنوان انتقاد از خود به موضوع تاسیس شورای عالی انقلاب فرهنگی پرداخته و همسویی با این نهاد را عنوان اشتباهات خود بر شمرده است.
در مجموع می توان نتیجه گرفت که موضع گیری های آیت الله منتظری در خصوص دانشگاه ها و بخصوص استقلال آنها متغیر بوده و از موضع دفاع از “دانشگاه ایدئولوژیک و مقید به تبعیت از موازین اسلام فقاهتی” به پشتیبانی از دانشگاه به مثابه مرکزی آزاد ، مستقل و متعهد به نقادی گفتمان های مستقل و آزادی تحصیل تغییر رویه داده است. صرف نظر از همدلی و یا مخالفت با باور ها و نظرات ایشان، شجاعت مدنی و فضیلت اخلاقی در بیان نظرات حق طلبانه و نقد مواضع و اشتباهات گذشته ستودنی است و سجایای بالای شخصیتی و عظمت وجودی اش را روشن می سازد.