حرف‌های رفسنجانی در سخنرانی غیر علنی با ائمه جمعه در سا ل ۱۳۶۸ با دیگر مواضع وی و به‌خصوص سخنانش در نماز جمعه بعد از سخنرانی انتقادی آیت‌الله منتظری نسبت به خامنه‌ای در سال ۱۳۷۶ که موجب حصر خانگی ده ساله وی شد، در تعارضی فاحش است. رفسنجانی در این سخنرانی می‌گوید آیت الله خمینی به دلیل معذوریت اسمی از خامنه‌ای نمی‌آورد و به صورت سربسته و با اشاره رهبری وی در آینده را تایید می‌کند؛ به زعم او آیت‌الله خمینی نمی‌خواسته این تلقی به‌وجود آید که او رهبر آینده را تعیین کرده است.
هاشمی رفسنجانی در سخنرانی علنی که تقریبا ۸ سال بعد ایراد شده است می‌گوید آیت الله خمینی چند ماه قبل از نامه‌های معروف ۶ و ۸ فروردین ۱۳۶۸ تصمیم به عزل آیت‌الله منتظری گرفته بوده است. او و دیگر روسای سه قوه در گفتگو به اعتراض به وی می‌گویند کسی غیر از او نیست. هاشمی ماجرا را این‌گونه روایت می‌کند:
«آن حرف‌هایی که ما در حضور امام زدیم، خیلی هم ادب می‌کردیم یعنی همیشه ملاحظه می‌کردیم، چقدر صریح صحبت کردیم واقعا یک موی بدن ما راضی نبود که چنین اتفاقی بیافتد چون تحلیل ما این بود که نباید این موقع این خلأ در کشور به وجود بیاید. اصلا تدبیر کرده بودیم [انتخاب آیت الله منتظری به عنوان قائم مقام] که دشمنان ما بدانند که خلأ نیست، مسأله دوم ما این بود که کسی را نداشتیم. یکی از بحث‌ها همان‌جا همین بود که در آن جلسه اولی که گفتم امام نهی کردند، همین شد که ما گفتیم که خوب چه کسی؟ شما که می‌فرمایید ما که آقایان را می‌شناسیم، ما که علما را می‌شناسیم، ما که همکاران‌مان را می‌شناسیم چنین چیزی نمی‌شود. در آن جلسه بود که ایشان فرمودند که همین آقای خامنه‌ای. به هر حال اولین بار امام فرمودند. ما اصلا چنین تصوری نداشتیم برای ما که غیرمنتظره بود. برای شخص رهبری هم اصلا شوک‌آور بود. حالا آن قسمت بعدی را می‌گویم. خوب از آن به بعد دیگر بحث‌های خصوصی بود مسائل فراوانی هست که لازم نیست الان بگویم که می‌رسیم تا به فاجعه رحلت حضرت امام آن موقع دیگر حالا ما نه جانشین داشتیم و شرایط هم به گونه‌ای بود که نگرانی داشتیم.»
رفسنجانی مورد مشابهی را بار دیگر در همان خطبه نماز جمعه چنین تعریف می‌کند: «در جلسه‌ای که با حضور روسای سه قوه و برخی از آقایان، خدمت امام رسیده و نگرانی خود را از خلأ رهبری بعد از عزل آقای منتظری توسط ایشان ابراز کردیم، امام فرمودند: “خلأ رهبری پیش نمی‌آید، شما آدم دارید.” گفتیم چه کسی؟ ایشان در حضور آقای خامنه‌ای فرمودند: “همین آقای خامنه‌ای،” که بعد از آن، آقای خامنه‌ای خدمت امام عرضه داشتند که نقل مطالب این جلسه را بر ما تحریم کنید و حضرت امام نیز چنین کردند.» در اینجا رفسنجانی می‌گوید آیت الله خمینی صریحا نظرش مبنی بر جانشینی خامنه‌ای را بیان کرده است. اما به دلیل تقاضای خود خامنه ای بیان آن را حرام اعلام کرده است.
اما تناقض در حرف‌های علنی و غیرعلنی رفسنجانی، درستی این ادعا را زیر سوال می‌برد، در صورتی که اگر آیت‌الله خمینی واقعا اصرار بر این موضع داشت، دلیلی نداشت موضوع را به هیات رئیسه خبرگان اطلاع ندهد و یا جریان بیت وی به شیوه متعارفی که داشتند، طرح وی را جلو می بردند بدون اینکه مسوولیت مستقیمی متوجه او شود. در آن مقطع نزدیکان آیت‌الله خمینی نظر منفی نسبت به خامنه‌ای داشتند و او نیز در جمع‌های بسته داخل نظام شکایت می کرد که نقشی در تصمیمات دولت ندارد و اساسا وزن وی در تعیین سیاست های اصلی نظام کم است.
به لحاظ منطقی قابل قبول نیست که آیت‌الله خمینی اگر واقعا خامنه‌ای را برای جانشینی‌اش شابسته و سزاوار می‌دانست آن را با جمع بیشتری از مدیران ارشد نظام و یا حداقل نیرو‌های خودی‌تر خود در میان نگذارد. او همان‌گونه که بر خلاف اختیارات قانونی خود هیات رئیسه خبرگان را موظف به عزل آیت‌الله منتظری می‌کند، در حالی که در شرح وظایف قانونی وی دستور دادن به مجلس خبرگان وجود نداشت، می‌توانست برخورد مشابهی را برای زمینه‌سازی برای رهبری خامنه‌ای انجام دهد و از هیات رئیسه مجلس خبرگان بخواهد مقدمات این امر مهم را مهیا سازند. مگر اینکه سخن وی جنبه خاص و مشخص نداشته و از باب مثال اسم خامنه‌ای را آورده و گفته افرادی مانند وی می‌توانند مورد انتخاب خبرگان قرار بگیرند. در این صورت او نظر به فرد خاصی برای رهبری آینده نداشته است . فقط از ناحیه احساس خطر از تاثیر رهبری آیت‌الله منتظری بر تغییر وضع موجود، تصمیم به کنار گذاشتن غیر قانونی او گرفت و در ادامه پروسه تعیین جانشینی تصمیم می گیرد که دخالت نکند.
اما شروع و زمینه طرح خامنه‌ای با نقل قول رفسنجانی و به شهادت طلبیدن موسوی اردبیلی و دیگر افرادی که این ادعا را تایید کردند، کلید می‌خورد. بدون این نقل قول و مایه گذاشتن از آیت الله خمینی شانس خامنه‌ای برای رهبر شدن پایین بود و چه بسا اصلا ظرفیتی برای این کار وجود نداشت. بنابراین تناقض در ادعاهای رفسنجانی، صحت روایت نظر مثبت آیت‌الله خمینی به جانشینی خامنه‌ای را زیر سوال می‌برد و حتی اگر درست باشد، آن‌را در حد ذکر یک مثال تقلیل می‌دهد و نمی‌توان نظر خاص و قطعی برای توصیه به اعضاء مجلس خبرگان را از آن نتیجه گرفت.
از آنجایی‌که پایه اصلی طرح خامنه‌ای به عنوان گزینه رهبری در مجلس خبرگان، ارجاع به دیدگاه مثبت آیت‌الله خمینی بود، لذا مخدوش بودن این ادعا روشن کننده عدم مشروعیت و ناموجه بودن انتخاب وی به رهبری از ابتدا است.
