تغییر نخست وزیر در عراق و کناره گیری مالکی امر مهم و در عین حال دشواری بود. اما این رویداد مهم به نحو غیر منتظره ای رخ داد. بن بست سیاسی در حدود نزدیک به دو ماه پایان یافت که در سیاست خاور میانه زمان کوتاهی محسوب می شود. فعالیت های مصرانه آیت الله سیستانی اگر مهمترین عامل نباشد یکی از مهمترین دلایل ناگزیری کناره گیری نوری المالکی و پایان هشت ساله نخست وزیری وی بود.
آیت الله سیستانی در پیامی که توسط نماینده اش “سید احمد الصافی” در خطبه های نماز جمعه قرائت شد حمایتش از حیدر العبادی نخست وزیر جدید عراق را اعلام کرد و از همه گروه های سیاسی این کشور خواست با او در زمینه تشکیل کابینه در راستای تاسیس دولت قوی و توانمند همکاری کنند. او انتخاب رؤسای سه قوه را فرصتی مثبت و بی نظیر برای کشورش برشمرد.
شیخ الصافی از طرف آیت الله سیستانی از نیرو های نظامی عراق خواست از بالا بردن و یا الصاق هر گونه عکس، پرچم و پلاکارد سیاسی و گرو.هی بر خودروهای زرهی نظامی پرهیز کنند. صافی تصریح کرد نیروهای مسلحی که با تروریسم مبارزه می‌کنند، باید از ایجاد هر گونه آزار و اذیتی برای شهروندان بیگناه با هر رویکرد سیاسی و مذهبی که داشته باشند، به پرهیزند.
وی همچنین تاکید کرد که نیروهای مسلح عراق، تنها باید پرچم ملی این کشور را بر خودروهای زرهی خود نصب کنند.آیت الله سیستانی همچنین بر تسریع مبارزه با فساد و جلوگیری از تخلفات مالی و اقتصادی توسط دولت جدید تاکید کرد. او همچنین از نوری الملکی به خاطر انتقال قدرت و کناره گیری تشکر کرد. آیت الله سیستانی در پیامی که در خطبه نماز جمعه نجف فرستاد ، خطا های بزرگ در مدیریت سیاسی و نظامی عراق در گذشته را مسبب مشکلات کنونی توصیف کرد که باید جبران شوند.
مواضع آیت الله سیستانی در خصوص ضرورت بی طرفی سیاسی نظامیان و نیرو های امنیتی عراق ،مبارزه با تروریسم، فساد زدایی و رعایت حقوق مردم کمک بزرگی برای دولت العبادی است که با مشکلات زیادی باید دست و پنجه نرم کند.
مواضع آقای سیستانی جنبه خاص مذهبی و یا شیعی ندارد. اما در عین حال طرح آنها توسط بزرگ ترین شخصیت دینی به آنان مشروعیت و وجاهت مذهبی هم می دهد. از آنجاییکه سیستانی خواهان تشکیل حکومت روحانیت و امتیاز ویژه برای شیعیان نیست، برآیند مواضع سیاسی وی حکمرانی عرفی را تقویت می نماید و تعارض بین حضور اجتماعی و سیاسی مذهب شیعه و سکولاریسم به معنای جدایی نهادی دین و دولت را در عمل بر طرف می سازد. البته این مزیت تا زمانی است که سیستانی و پیروانش خواهان موقعیت ویژه برای خود و دینداران شیعه نگردند.
آیت الله سیستانی تا کنون این چنین عمل نکرده و امیدها نسبت به تداوم این مشی مثبت را افزایش داده است. البته او بعد از بحران اخیر عراق و قدرت گرفتن داعش به دخالت در سیاست پرداخت. پیش از آن وی از موضعگیری سیاسی پرهیز می کرد و اکنون نیز به نظر می رسد رویکرد سیاسی او حالت مقطعی دارد تا به مسئولیتش در زمینه حفظ آرامش به عراق و پایان بخشیدن به بحران خونین خاتمه بخشد.
او بعد از پایان انتخابات پارلمانی در عراق از منتخبین دعوت کرد تا هر چه سریعتر مسئولان بلند پایه را برگزینند. او به مالکی نیز توصیه کرد تا برنامه و تدبیری برای حل مشکلات ارائه کند. اما وقتی از او نا امید شد نفوذ خود را به کار گرفت تا مالکی از نخست وزیری کناره گیری نماید . او نیز مانند اکثر سیاستمداران ، شخصیت های اجتماعی و رهبران مذهبی عراق معتقد بود تشکیل دولت جدید نقطه عزیمت هر گونه اصلاح و حل مشکلات عراق است و تداوم نخست وزیری مالکی فضای سیاسی را قفل خواهد کرد.
او در رایزنی های پشت پرده بر استعفای مالکی تاکید می کرد. اخیرا فاش شده است او در پاسخ یکی از اعضاء حزب الدعوه گفته بود : « سرعت بخشیدن به تعیین نخست وزیر جدید مسئله ای است که ضرورت دارد. … : نخست وزیر باید مورد قبول اکثریت جامعه باشد و بتواند همراه با دیگر گروه های سیاسی کشور را از خطر تروریسم و جنگ طایفه ای نجات دهد.»
پس از اینکه پارلمان عراق برای انتخاب رئیس دولت دچار بن بست شد آیت الله سیستانی به نکوهش سیاست مدارانی پرداخت که به جای مصالح ملی موقعیت فردی خود را در نظر می گیرند. او تلویحا آدرس مالکی را دارد. اما در روزهای آخر به صراحت نظر مخالف خود را نسبت به نخست وزیری مالکی ابراز داشت. بعد از اینکه العبادی توسط فواد معصوم معرفی شد ، به حمایت از وی پرداخت و خواستار استعفای مالکی شد. سرانجام تلاش های وی همسو با دیگر تلاش ها جواب داد و مالکی سمت نخست وزیری را ترک کرد.
آیت الله سیستانی به مسئولیت سیاسی خود تا کنون خوب عمل کرده و الگوی مناسبی برای سیاست ورزی صحیح ارائه داده است. این الگو برای مراجع سنتی در ایران که تمایلی به فعالیت سیاسی حزبی ندارند آموزنده و مفید است.
