مشکلات مربوط به پرداخت برابر یارانه‌ها به حوزه‌های علمیه نیز کشیده شده است. به موازات کسربودجه موجود برای پرداخت فاز نهایی یارانه‌ها در سال جاری، گرایش به سمت حذف دهک‌های پر درآمد جامعه افزایش یافته است. در این میان اکثریت مجلس نیز می‌خواهد با تصویب هدفمند کردن یارانه‌ها و حذف سهم اقشار پر درآمد دولت را مقابل بخشی از جامعه قرار دهد. البته از ابتدا قرار بود لایحه هدفمندی با آزاد سازی قیمت حامل‌های انرژی و رها کردن دولت از بار سوبسید‌ها، منافعی را نثار بخش تولید و اقشار محروم و نیازمند جامعه نماید. اما رویکرد پوپولیستی احمدی نژاد باعث شد تا یارانه بر خلاف روح و فلسفه وجودی قانون مربوطه به صورت یکسان توزیع شود. حسن روحانی در سال نخست نیز با رویکرد مشابه و نبود سازوکاری مناسب برای تشخیص اقشاری که سزاوار دریافت یارانه نیستند، سیاست احمدی‌نژاد را در پیش گرفت. اما با تصویب طرح الزام آور حذف دهک‌های بالای درآمدی جامعه و همچنین مشکل دولت در تامین بودجه یارانه‌ها به نظر می‌رسد در سال ۹۴ گریزی از کاهش چند میلیونی جمعیت یارانه بگیران نیست.
در این میان حجت السلام محمد جواد فاضل لنکرانی رئیس مرکز فقهی ائمه اطهار گفته است: «یارانه با فرهنگ دینی ما سازگار نیست و زمانی که اسلام می‌گوید مال باید منشاء قوام جامعه باشد مساله یارانه از نظر علمی با اقتصاد مقاومتی سازگاری ندارد.»
وی که در همایش «اقتصاد مقاومتی از منظر دین» سخنرانی می‌کرد، با دفاع از خصوصی‌سازی اقتصاد کشور اظهار گفت:
«اسلام با تمرکز ثروت در یک نقطه مخالف است و یکی از اساسی‌ترین مسائل اقتصاد مقاومتی توجه به این نکته است، راکد ماندن ثروت در دست یک گروه و دولت یکی از اصولی است که اسلام مخالف آن است…. یکی از ارکان اقتصاد مقاومتی این است که اقتصاد بر دوش آحاد ملت است که باید به آن توجه کرد هرچند در سال‌های گذشته بر خلاف این اصل اسلامی عمل شده است و از سوی دیگر توزیع کردن ثروت به نام عدالت یک سخن اشتباه است که در این باره پرداخت یارانه امری نادرست بود و با فرهنگ دینی سازگار نیست… در اقتصاد مقاومتی باید ثروت در اختیار گروه عالم قرار بگیرد نه در اختیار جوانانی که هیچ گونه آگاهی از استفاده از این مال عمومی ندارند که متاسفانه پس از پرداخت یارانه برخی از مردم فعالیت‌های تولیدی و کشاورزی را رها کردند».
وی تبذیر و هدر دادن ثروت را یکی از گناهان برشمرد و افزود: «یکی از مولفه‌های اقتصاد مقاومتی هدر ندادن اموال عمومی و صرفه‌جویی در اموال عمومی است و متاسفانه در برخی از مواقع بیت المال به هدر می‌رود.»
اما دیدگاه فاضل لنکرانی در خصوص تعارض یارانه با فرهنگ دینی درست به نظر نمی‌رسد و یا دستکم مساله‌ای چالشی و جدلی است. دیدگاه او بر منطق اقتصادی حاکم بر حوزه‌های علمیه و اسلام فقاهتی تکیه دارد که به مبانی اقتصاد آزاد شباهت دارد. اما در تاریخ اسلام وقایعی وجود دارد که توزیع یارانه و حتی پخش همگانی یکسان آن را تجویز می‌کند. در دوران پیامبر اسلام، ابوبکر و علی اموال بیت المال به سرعت و به نحوی مساوی بین شهروندان جامعه تقسیم می‌شد. آنها قائل به انباشت اموال عمومی شامل انفال، غنائم و مالیات‌های جمع آوری شده نبودند. اما از زمان عمر تقسیم توزیع متفاوت و تفصیلی درآمدهای عمومی آغاز شد و در دوره عثمان تفاوت و تبعیض گسترش زیادی یافت. سنتی که عثمان پایه گذاشت در دوران بنی امیه و بنی عباس پیگیری شد. البته به دلیل آنکه دو حکومت فوق امپراطوری‌های بزرگی بودند ناگزیر به انباشت سرمایه برای اداره جامعه و حکومت نیاز داشتند.
اما ایراد اصلی اظهارات فاضل لنکرانی ارتباط دادن دین و اقتصاد است گویی اسلام نظام و یا توصیه‌های اقتصادی مشخصی برای تمامی ادوار دارد. این دیدگاه با تحلیل تاریخی جوامع اسلامی و گوناگونی مکانی و زمانی شیوه‌های اقتصادی به کار رفته رد می‌شود. اسلام و هر دینی حداکثر ارزش‌ها و یا نظام اخلاقی حاکم بر روابط اقتصادی را مشخص می‌سازند. تاکید اسلام بر عدالت می‌تواند جهت گیری‌هایی را سامان دهد اما از آموزه‌های اسلام نمی‌توان علم و مکتب اقتصادی استخراج کرد.
روش‌های اقتصادی مرسوم در صدر اسلام و قرون بعدی نظام‌های ابدی و همیشگی نبودند بلکه صلاحدید حاکمان و فعالان اقتصادی در چارچوب شرایط تاریخی و اجتماعی ویژه‌ای بودند. ضرورت و یا عدم ضرورت یارانه ونظام مطلوب توزیع آن یک بحث تخصصی و کارشناسی است که باید در چارپوب جدید ترین دستاوردهای علمی و عقلانی و شرایط خاص جامعه هدف مورد بررسی قرار بگیرد.
یارانه فی‌نفسه امر مثبتی نیست. یک اقنصاد شکوفا و قوی باید در چارچوب داد و ستد آزاد سطح مناسبی از رفاه را ایجاد کند و نیازی به توزیع یارانه نباشد. اما وقتی چنین نظام اقتصادی وجود ندارد، در دوره گذار و یا تلاش برای بهبود اقتصادی نباید فشار غیر قابل تحملی بر قشرهای نیازمند و طبقه متوسط رو به پایین جامعه وارد آید، لذا پرداخت یارانه ضرورت پیدا می‌کند. اکثر کشورها نیز انواعی از نظام‌های پرداخت یارانه را دارند. در ایران نیز موضوع بحث خود یارانه نیست، بلکه چگونگی توزیع و پرداخت آن است. حذف اقشار با درآمدهای بالا و کسانی که نیاز به دریافت یارانه ندارند بایستگی دارد. بدون هدفمند کردن توزیع یارانه‌ها، فلسفه وجودی آن زیر سوال می‌رود. فقط بخش‌های نیازمند جامعه باید مورد حمایت دولت در تامین نیازهای اصلی خوراکی و انرژی قرار بگیرند. دلیلی ندارد اموال عمومی به جای آنکه در خدمت توسعه زیر ساخت‌ها و رشد اقتصادی کشور قرار بگیرد، توسط کسانی که قدرت خرید بالایی دارند مصرف شود. در واقع آنها در حق و اموال دیگران تصرف می‌کنند. منتها قانون هدفمندی یارانه‌ها از ابتدا به شیوه درستی اجرا نشد و تحت الشعاع برخورد‌های سیاسی قرار گرفت. تا کنون سهم تولید پرداخت نشده و در نتیجه صنعت و خدمات بدون آنکه مورد حمایت قرار بگیرند، به صورت یک‌طرفه سنگینی آزاد سازی قیمت حامل‌های انرژی را تحمل کرده‌اند.
اختلاف نظر بین دولت و مجلس بر سر میزان و چگونگی توزیع، عملا ماجرای یارانه‌ها را سیاسی کرده است. دولت ترجیح می‌دهد با محافظه‌کاری مانع از تاثیر منفی افزایش قیمت حامل‌های انرژی و حذف بخشی از جمعیت یارانه بگیرها در رقابت‌های انتخاباتی پیش رو شود. اما اکثریت مجلس می‌خواهد در پوشش اصلاح الگوی مصرف و اقتصادی مقاومتی توپ را به زمین دولت بیاندازد.
حرف‌های فاضل لنکرانی به موضوع حساس یارانه‌ها بعد دینی هم می‌دهد و پای مسائلی را به این حوزه می‌کشاند که به لحاظ ذاتی ارتباطی با آن ندارد. البته محمود احمدی‌نژاد با پول امام زمان خواندن یارانه‌ها در شکلی دیگر بعد مذهبی به یارانه بخشیده بود. برخورد وی از جنس باورهای خرافاتی بود که که در رویکرد پوپولیستی آن را به کار می‌گرفت. اما در کل نمی‌توان بین فرهنگ و مفاهیم اسلامی و موضوع یارانه در اقتصاد ارتباط معنا داری برقرار ساخت.
