موضعگیری مبهم خامنه ای بعد از توافق جامع هسته ای این سئوال را در عرصه عمومی پیش آورده است که نگاه واقعی وی به توافق چیست. خامنه ای تاکنون سخنی در تایید مفاد توافق به زبان نیاورده است و همچنین به تاثیر مثبت و ویژه آن در بهبود وضعیت کشور اشاره نکرده است. او تنها از زحمات و فعالیت های تیم مذاکره کننده هسته ای تشکر کرده و در پاسخ به نامه روحانی نیز خواهان ارجاع توافق به مجاری قانونی پیشبینی شده یعنی شورای امنیت ملی و مجلس شورای اسلامی شده است. دولت روحانی و تیم مذاکره کننده مدعی هستند که توافق در چارچوب نظارت کلان و هدایت رهبری انجام شده و خطوط قرمز و نقطه نظرات وی در نظر گرفته شده است. اما در مقابل برخی از اصول گرایان افراطی نظیر حسین شریعتمداری مدعی هستند سکوت خامنه ای به معنای نارضایتی وی از توافقات نهایی بوده و خواهان اهتمام مجلس و شورای امنیت ملی در تغییر ویا مخالفت با جمعبندی مذاکرات وین هست. حساسیت جعفری فرمانده سپاه نسبت به نادیده گرفته شدن برخی از خطوط قرمز نیز باعث شده تا زمزمه های مخالفت رهبری قوت بگیرد.
اما رصد کردن مواضع خامنه ای و سیر تحولات مذاکرات هسته ای با توجه به ساختار حقیقی تصمیم گیری جمهوری اسلامی نشان می دهد بدون موافقت خامنه ای امکان به نتیجه رسیدن مذاکرات توافق جامع در وین وجود نداشت. اما وی در ظاهر می کوشد تا عقب نشینی کنترل شده در پس مذاکرات هسته ای پنهان باقی بماند و اینگونه در افکار عمومی جلوه داده شود که بر روی مواضع خود ایستاده و درصدد حفظ دستاورد های هسته ای است. ادامهی خواندن